建所初期由于基础较弱，错过了80年代初期学位申请的较好时机，经历了一段长期无学位授予权的坎坷道路。但研究所没有在原地“等、靠、要”，而是通过努力发展、壮大自己，立足国家和本所需求培养研究生。一方面通过挂靠兄弟院校、研究所培养研究生，一方面坚持不懈地申报学位授予权。从1982年开始，研究所分别与中科院南京土壤所和北京师范大学合作培养土壤农业化学和经济地理硕士研究生。到1991年，以老一辈科学家何电源和项国荣研究员为首的导师培养了17名高质量的硕士研究生。

　　1991年以后，研究生培养开始了新一轮合作培养途径。分别与中科院动物所（动物学专业）、中科院遗传所（遗传育种专业）和有关高校合作培养研究生。不但进行硕士研究生的培养，还合作培养了研究所的在职博士研究生。到1999年，李达模、陈安国、邢廷铣研究员和年轻的导师又合作培养了9名硕士研究生和5名博士研究生。特别是针对研究所在职科研人员学位层次较低的实际，按需培养的5名博士研究生，对提高研究所科研队伍水平和竞争力，起了较大的作用。这些毕业的博士研究生已成为研究所各学科学术带头人和优秀的青年科学家。

　　2、研究生教育发展阶段（1999—　  ）

　　在立足国家需求和研究所需要合作培养高质量研究生的过程中，还不失时机地、坚持不懈地向国务院学位委员会申报学位授予权。通过3次申报后，终于在1998年6月获得了硕士学位授予单位和生态学专业硕士授予点，并于1999年招收了第一批独立培养的硕士研究生。第一批年轻的硕士研究生导师先后走上了研究生培养岗位，他们是王克林研究员、吴金水研究员、印遇龙研究员、王凯荣研究员、郭聪研究员、李阳生研究员和刘新平研究员；2001年起，谭支良研究员、苏以荣研究员、王勇副研究员、谢小立副研究员、范明哲研究员等先后成为硕士研究生导师。

　　2003年6月，我所获得生态学博士授予权，并同时新增动物营养与饲料科学硕士授予点。2004年9月招收了第一批博士研究生。王克林研究员、吴金水研究员、印遇龙研究员、王凯荣研究员、谭支良研究员、范明哲研究员成为我所第一批博士研究生导师。

　　目前，研究所有博士研究生导师17名（其中中外合作博士生导师8名），硕士研究生导师9名。他们分别从生态学专业7个研究方向培养博士研究生，从生态学专业8个研究方向和动物营养与饲料科学专业2个研究方向培养硕士研究生。每年自主招收博士研究生15名左右，招收硕士研究生25名左右，每年还联合培养招收博士研究生5名左右，硕士研究生10名左右。截至2008年10月，已培养毕业研究生221名（其中联合培养62名）；目前有在读研究生148名，其中博士研究生55名，硕士研究生93名。研究生发表的科研论文已占全所科研论文总数的65%以上，在科技创新中发挥了生力军的作用。流动人员与在编在岗人员的比例已接近2：1。