教师介绍


刘元盛，博士，助理教授，岳麓****，硕士生导师。
2021年1月进入湖南大学信息科学与工程学院工作。
2020年在悉尼科技大学进行博士后研究。
2016年9月-2019年11月在悉尼科技大学攻读并取得哲学博士学位。
2015年3月-5月香港城市大学担任研究助理。
在生物信息学顶级期刊Bioinformatics、BriefingsinBioinformatics和PLoSComputationalBiology上发表多篇论文。

招收硕士生2名，有意者请邮件联系。

PhDThesis:DataMiningforHighPerformanceCompressionofGenomicReadsandSequences


中文名： 刘元盛 英文名：
学历： 博士 职称： 助理教授
联系电话： 电子邮件： yuanshengliu@hnu.edu.cn
研究方向： 人工智能、数据挖掘、生物信息学、药物发现
联系地址：
所属机构： 学院教师 计算机科学系




科研项目
1. 2021-2023年，高通量测序数据的处理及压缩算法研究，中央高校基本科研业务费（主持）

学术论文
主要论文 (^*为通讯作者)
Yu Cheng, Yongshun Gong, Yuansheng Liu^*, Bosheng Song^*, Quan Zou, Molecular design in drug discovery: a comprehensive review of deep generative models, Briefings in Bioinformatics, 2021, in press.(中科院一区)
Bosheng Song, Fen Li, Yuansheng Liu^*, Xiangxiang Zeng^*.Deep learning methods for biomedical named entityrecognition: a survey and qualitative comparison. Briefings in Bioinformatics, 2021, https://doi.org/10.1093/bib/bbab282.(中科院一区)
Yuansheng Liu, Jinyan Li. Hamming-Shifting graph of genomic short reads: efficient construction and its application for compression.PLOS Computational Biology, 2021,https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.**.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Linhui Yu, Yansen Su, Yuansheng Liu^*, Xiangxiang Zeng.Review of unsupervised pre-training strategies for molecules.Briefings in Functional Genomics, 2021, https://doi.org/10.1093/bfgp/elab036.
Yuansheng Liu, Xiaocai Zhang, Quan Zou, Xiangxiang Zeng. Minirmd: accurate and fast duplicate removal tool for short reads via multiple minimizers. Bioinformatics, 2020, DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa915.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Yuansheng Liu, Limsoon Wong, Jinyan Li. Allowing mutations in maximal matches boosts genome compression performance.Bioinformatics, 2020, 36(18): 4675-4681.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Yuansheng Liu, Zuguo Yu, Marcel E. Dinger, Jinyan Li. Index suffix-prefix overlaps by (w, k)-minimizer to generate long contigs for reads compression. Bioinformatics, 2019, 35(12):2066-2074.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Yuansheng Liu, Leo Yu Zhang, Jinyan Li. Fast detection of maximal exact matches via fixed sampling of query k-mers and Bloom filtering of index k-mers. Bioinformatics, 2019, 35(22):4560-4567.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Yuansheng Liu, Hui Peng, Limsoon Wong, Jinyan Li. High-speed and high-ratio referential genome compression. Bioinformatics, 2017, 33(21):3364-3372.(生物信息学顶刊，中科院小类一区)
Yuansheng Liu, Xiangxiang Zeng, Zengyou He, Quan Zou. Inferring MicroRNA-Disease Associations by Random Walk on a Heterogeneous Network with MultipleData Sources. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2017,14(4):905–915.(CCF B类, ESI高被引论文)

Yuansheng Liu, Chaowang Lan, Michael Blumenstein, Jinyan Li. Bi-level error correction for PacBio long reads. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17(3):899-905.(CCF B类)