彭友松
副教授,博士生导师
E-mail:
pys2013@hnu.edu.cn

qq:







基本信息
彭友松，男，湖南浏阳人。教育与工作经历如下：2016年3月至今，湖南大学生物学院助理教授，副教授；2013年5月～2016年3月，湖南大学信息科学与工程学院计算机科学系助理研究员；2007年9月～2012年12月，中国科学院生物物理研究所，生物信息学专业，博士.导师，蒋太交教授. 2003年9月～2007年7月，山东大学生命科学学院，生物技术专业，学士。
本实验室主要是生物信息学研究。以流感病毒，冠状病毒，非洲猪瘟病毒等作为研究对象，发展基于机器学习，数据挖掘和进化生物学的计算方法和软件，对病毒性传染病的起源，演化，致病性和跨物种传播等问题进行研究，辅助传染病的监控与预测预警。目前已经开发了十余个基于基因序列对病毒进行预测预警的数据库，计算模型和在线软件；以第一作者或通讯作者在生物信息学权威期刊Briefings in Bioinformatics, Bioinformatics, PLOS Computational Biology, Database以及病毒学权威期刊Cell Host & Microbe, Journal of Virology, Vaccine等发表SCI论文二十余篇，主持和参与国家自然科学基金和国家重点研发计划4项，获得湖南省自然科学一等奖一项（排名第三）。


课程名称：数据统计与分析 课程英文名：
学时/学分：32/ 适合专业：
专业性质：研究生课程 课程编号：0
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课程名称：生物信息学 课程英文名：
学时/学分：64/3 适合专业：
专业性质：专业核心 课程编号：0
课程简介：本科生包括48学时的理论课程与16学时的实验课程。 进入课程主页


课程名称：生物信息学综合实践 课程英文名：
学时/学分：32/1 适合专业：
专业性质：专业选修课 课程编号：0
课程简介：生物信息学是一门实践性较强的课程。为了提高学生的生信实战能力，本课程在《生物信息学》理论课程基础上，着重提高学生使用常用软件和数据库，以及使用生信技能解决生物学问题的能力。 进入课程主页




教育背景
2007年9月-2012年12月，中国科学院生物物理研究所，生物信息学专业，博士.导师，蒋太交教授.
2003年9月-2007年7月，山东大学生命科学学院，生物技术专业，学士


工作履历
2013年5月-2016年3月，湖南大学信息科学与工程学院计算机科学系助理研究员；
2016年3月-2017年12月，湖南大学生物学院助理教授；
2018年1月至今，湖南大学生物学院 副教授。
研究领域
本实验室主要从事病毒性传染病的生物信息学研究，目前主要有两个大的研究方向：
1 传染病的预测预警

最近的禽流感H7N9疫情，埃博拉疫情以及新冠疫情表明，传染病仍然是全人类持续不断的巨大威胁。传统的传染病监测和防控方法具有一定的弊端，而基于大数据的信息学方法对于它们是很好的补充。本实验室一直致力于发展计算方法研究新发传染病的溯源、病毒进化和跟踪、病毒感染机制等等，为传染病的预测预警提供方法学与科学依据。该方向主要用到的方法是统计学，机器学习，数学建模等。


2 计算病毒组学
病毒多样性极大，估计有几百万种，但人类对病毒的认识非常少。全球病毒组计划估计有60~80万种病毒可能感染人，但目前已知的感染人的病毒不到1千种。本实验室致力于通过计算生物学的方法研究病毒组的产生与演化机制，病毒组的遗传与功能多样性，及其与宿主的相互作用，促进人体健康与生态和谐。该方向主要用到组学的方法，主要是基因组学与转录组学，以及统计学和机器学习方法。


欢迎有志于生物信息学，病毒学，大数据分析与挖掘，系统生物学的同学加入本人团队！关于本实验室的更多具体信息，请查看本实验室网站http://www.computationalbiology.cn/penglab/index.html


科研项目
1基于基因序列的高致病性禽流感H5N1病毒抗原进化计算研究，国家自然科学青年基金，2016年1月～2018年12月，23.6万，主持
2 发展整合的方法系统地分析流感病毒基因复制的结构基础和分子机理，国家自然科学基金，2014年1月～2017年12月，24万，任务负责人
3 季节性人流感病毒的疫苗推荐方法研究，湖南大学青年教师成长计划，2013年～2017年，20万，主持
4 重大突发动物源性人兽共患病跨种感染与传播机制研究，国家重点研发计划，2016年～2020年，84万，任务负责人
5 重要新发突发病原体发生与播散机制研究，国家重点研发计划，2016年～2018年，45万，任务负责人。
学术成果
发表论文（#，共同第一；*，通讯作者）：

2020

Cai Zena#, Fan Yunshi#, Zhang Zheng, Lu Congyu, Zhu Zhaozhong, Jiang Taijiao, Shan Tongling, Peng Yousong*. VirusCircBase: a database of virus circular RNAs.Briefings in Bioinformatics, 2020，doi: 10.1093/bib/bbaa052
Yousong Peng, Aiping Wu, Jing Meng, Lei Yang, Dayan Wang*, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*. Automated recommendation of the seasonal influenza vaccine strain with PREDAC.Biosafety and Health, 2020, https://doi.org/10.1016/j.bsheal.2020.04.002
Zhaozhong Zhu#, Yunshi Fan#, Yang Liu, Taijiao Jiang, Yang Cao*, Yousong Peng*.Prediction of antiviral drugs against African Swine Fever Viruses based on protein-protein interaction analysis. 2020,PeerJ, https://peerj.com/articles/8855/
Zheng Zhang#, Sifan Ye#, Aiping Wu, Taijiao Jiang, Yousong Peng*.Prediction of receptorome for human-infecting virome.bioRxiv, 2020, doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.27.967885
Yousong Peng#*, Wenfei Zhu#, Zhaomin Feng, Zhaozhong Zhu, Zheng Zhang, Yongkun Chen, Suli Liu, Aiping Wu, Dayan Wang, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*, Identification of genome-wide nucleotide sites associated with mammalian virulence in influenza A viruses,Biosafety and Health, 2020, https://doi.org/10.1016/j.bsheal.2020.02.006.
Zheng Zhang#, Fen Yu#, Yuanqiang Zou, Ye Qiu, Aiping Wu, Taijiao Jiang, Yousong Peng*. Phage protein receptors have multiple interaction partners and high expressions,Bioinformatics, 2020, btaa123, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa123
Aiping Wu#, Yousong Peng#, Baoying Huang#, Xiao Ding#, Xianyue Wang, Peihua Niu, Jing Meng, Zhaozhong Zhu, Zheng Zhang, Jiangyuan Wang, Jie Sheng, Lijun Quan, Zanxian Xia, Wenjie Tan*, Genhong Cheng*, Taijiao Jiang*. Genome composition and divergence of the novel coronavirus (2019-nCoV) originating in China.Cell Host & Microbe, 2020, DOI:https://doi.org/10.1016/j.chom.2020.02.001
Congyu Lu#, Zena Cai#, Yuanqiang Zou, Zheng Zhang, Wenjun Chen, Lizong Deng, Xiangjun Du, Aiping Wu, Lei Yang, Dayan Wang, Yuelong Shu, Taijiao Jiang *, Yousong Peng*. FluPhenotype - a one-stop platform for early warnings of the influenza A virus.Bioinformatics, 2020, btaa083,https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa083


2019
Gao S#, Zhang W#, Lu CY, Cao MN, Cen S, Peng YS, Deng Tao*. Identification of a Type-Specific Promoter Element That Differentiates between Influenza A and B Viruses.Journal of Virology, 2019,93(23), doi: 10.1128/JVI.01164-19
Zhang HH, Qiu QG, Liu SJ, Hu WQ, Li JY, Liu TN, Peng YS, Ge XY, Xiao CT*. Genomic characterization of a novel astrovirus identified in Amur tigers from a zoo in China.Archives of Virology, 2019, DOI :10.1007/s00705-019-04435-2
Lijun Quan,Chengyang Ji,Xiao Ding,Yousong Peng,Mi Liu,Jiya Sun,Taijiao Jiang,Aiping Wu. Cluster-Transition Determining Sites Underlying the Antigenic Evolution of Seasonal Influenza Viruses.Mol Biol Evol. 2019 Jun 1;36(6):1172-1186
Zhaozhong Zhu#,Chao-Ting Xiao#,Yunshi Fan,Zena Cai,Congyu Lu,Gaihua Zhang,Taijiao Jiang,Yongjun Tan,Yousong Peng*, Homologous Recombination as an Evolutionary Force in African Swine Fever Viruses,Veterinary Microbiology, 2019,doi:10.1016/j.vetmic.2019.08.003
Zheng Zhang#, Zhaozhong Zhu#, Wenjun Chen, Zena Cai, Beibei Xu, Zhiying Tan, Aiping Wu, Xingyi Ge, Xinhong Guo, Zhongyang Tan, Zanxian Xia, Haizhen Zhu*, Taijiao Jiang*, Yousong Peng*; Cell membrane proteins with high N-glycosylation, high expression and multiple interaction partners are preferred by mammalian viruses as receptors,Bioinformatics, 2019, 35(5):723–728
Zheng Zhang#,Zena Cai#,Zhiying Tan,Congyu Lu,Taijiao Jiang,Gaihua Zhang,Yousong Peng*. Rapid identification of human‐infecting viruses.Transboundary and Emerging Diseases, 2019,https://doi.org/10.1111/tbed.13314



2018
Zena Cai#, Ya Cui#, Zhiying Tan, Gaihua Zhang, Zhongyang Tan, Xinlei Zhang*, Yousong Peng* RAEdb: a database of enhancers identified by high-throughput reporter assays.Database. bay148
Lu Congyu #, Liu Mi #, Wu Aiping , Shu Yuelong , Peng Yousong*, Jiang Taijiao*. (2018). PREDAV-H1: a user-friendly web server for predicting antigenic variants of influenza H1N1 viruses.SCIENCE CHINA Life Sciences, 61
Zhaozhong Zhu#, Zheng Zhang#, Wenjun Chen, Zena Cai, Xingyi Ge, Haizhen Zhu, Taijiao Jiang, Wenjie Tan*, Yousong Peng*. Predicting the receptor-binding domain usage of the coronavirus based on kmer frequency on spike protein.Infection, Genetics & Evolution, 2018, 61:183-184.


2017
Zhiying Tan, Beibei Xu, Kenli Li,Taijiao Jiang*, Yousong Peng*. (2017) Predicting the Antigenic Variant of Human Influenza A(H3N2) Virus with a Stacked Auto-Encoder Model. In: Zou B., Han Q., Sun G., Jing W., Peng X., Lu Z. (eds) Data Science.ICPCSEE 2017. Communications in Computer and Information Science, vol 728. Springer, Singaporefirst
Xu Beibei, Tan Zhiying, Li Kenli, Jiang Taijiao*, Peng Yousong* (2017), Predicting the host of influenza viruses based on the word vector. PeerJ 5:e3579; DOI10.7717/peerj.3579
Zou Yuanqiang, Li Kenli, Jiang Taijiao*, Peng Yousong*. (2017) Prediction of Cell Specific O-GalNAc Glycosylation in Human. In: Zou B., Han Q., Sun G., Jing W., Peng X., Lu Z. (eds) Data Science.ICPCSEE 2017. Communications in Computer and Information Science, vol 728. Springer, Singapore
Yousong Peng#, Xiaodan Li#, Hongbo Zhou, Aiping Wu, Libo Dong, Ye Zhang, Rongbao Gao, Hong Bo, Lei Yang, Dayan Wang, Xian Lin, Meilin Jin*, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*. Continual Antigenic Diversification in China leads to global antigenic complexity of Avian Influenza H5N1 Viruses.Scientific Reports,2017,7:43566,DOI: 10.1038/srep43566
Yuanqiang Zou, Zhiqiang Wu, Lizong Deng, Aiping Wu, Fan Wu, Kenli Li, Taijiao Jiang*, Yousong Peng*; cooccurNet: an R package for co-occurrence network construction and analysis.Bioinformatics, 2017, 33 (12): 1881-1882.
Yousong Peng*, Dayan Wang, Jianhong Wang, Kenli Li, Zhongyang Tan, Yuelong Shu, Taijiao Jiang*. A universal computational model for predicting antigenic variants of influenza A virus based on conserved antigenic structures.Scientific Reports, 2017, 7:42051 | DOI: 10.1038/srep42051


2016
Yousong Peng, Dayan Wang, Yuelong Shu, Taijiao Jiang. Large discrepancy between the two-way rNHT distances in hemagglutinin-inhibition assay[J].Virologica Sinica, 2016: 1-3.
Youson Peng#, Lei Yang#, Honglei Li, Yuanqiang Zou, Lizong Deng, Aiping Wu, Xiangjun Du, Dayan Wang, Yuelong Shu*, Taijiao Jiang*. PREDAC-H3: A user-friendly platform for antigenic surveillance of human influenza A(H3N2) virus based on hemagglutinin sequence.Bioinformatics2016 32: 2526-2527 (IF=5.7)
Wang Jianhong, Peng Yousong*, Liu Bin, Wu Zhiqiang, Deng Lizong & Jiang Taijiao*. Extracting Clinical entities and their assertions from Chinese Electronic Medical Records Based on Machine Learning[J]. 2016.
鲁力，邹远强，彭友松*，李肯立，蒋太交，百度指数和微指数在流感监测中的比较研究，《计算机应用研究》, 2016年第33卷第2期


2015年以及之前
2015Yuanqiang Zou, Lizong Deng, Li Lu, Yousong Peng*, Taijiao Jiang*. Prediction of influenza epidemics at the province level in China using search query from “Haosou”.The 2015 12th International Conference on Fuzzy Systems and Knowledge Discovery,IEEE, 2015: 1450-1454.
Yuanqiang Zou, Yousong Peng, Lizong Deng and Taijiao Jiang*. Monitoring infectious diseases in the big data era.Science Bulletin, 2015, 10.1007/s11434-014-0696-5. (IF=1.6)
Hua Sha, Li Xiyan, Liu Mi, Cheng Yanhui, Peng Yousong, Huang Weijuan, Tan Minju, Wei Hejiang, Guo Junfeng, Wang Dayan, Wu Aiping*, Shu Yuelong*, Jiang Taijiao*. Antigenic variation of the human influenza A (H3N2) virus during the 2014-2015 winter season.SCIENCE CHINA Life Sciences, 2015. (IF=1.7)
Bin Liu, Yousong Peng*, Yuanqiang Zou, Jianhong Wang, Taijiao Jiang. Web-Weka Meets D3. js in Web Based Medical Data Mining[C]//2015 8th International Symposium on Computational Intelligence and Design(ISCID). IEEE, 2015, 2: 180-183.
Lizong Deng#, Mi Liu#, Sha Hua#, Yousong Peng, Aiping Wu, F Xiao-Feng Qin, Genhong Cheng and Taijiao Jiang. Network of co-mutations in Ebola virus genome predicts the disease lethality.Cell Research(2015) 25:753–756. doi:10.1038/cr.2015.54. (IF=12.4)
MiLiu#,XiangZhao#,ShaHua#,XiangjunDu,YousongPeng,XiyanLi,YuLan,DayanWang,AipingWu*, YuelongShu*, Taijiao Jiang*. AntigenicPatternsandEvolutionoftheHumanInfluenzaA(H1N1)Virus.ScientificReports2015, 5. (IF=5.6)
王晶晶，邹远强，彭友松*，李肯立，蒋太交，基于百度指数的登革热疫情预测研究，《计算机应用与软件》，2015

2014Chunfeng Li#, Aiping Wu#, Yousong Peng, Jingfeng Wang, Yang Guo, Zhigao Chen, Hong Zhang, Yongqiang Wang, Jiuhong Dong, Lulan Wang, F. Xiao-Feng Qin, Genhong Cheng, Tao Deng& Taijiao Jiang*. Integrating computational modeling and functional assays to decipher the structure-function relationship of influenza virus PB1 protein.Scientific Reports4,2014, doi:10.1038/srep07192 (IF=5.6)
Jingfeng Wang, Yousong Peng, Lili Zhao, Mengmeng Cao, Tao Hung and Tao Deng*. Influenza A virus Utilizes a Suboptimal Kozak Sequence to Fine-tune Virus Replication and Host Response.J Gen Virol,2014,doi: 10.1099/vir.0.000030. (IF=3.2)
Li Honglei#, Peng Yousong#*, Zou Yuanqiang, Huang Zechi, Wu Aiping, Li Kenli, Jiang Taijiao*, PREDAC-H5: A User-friendly Tool for the Automated Surveillance of Antigenic Variants for the HPAI H5N1 Virus,Infection, Genetics and Evolution(2014), doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2014.08.030 (IF=3.0)
Lili Zhao#, Yongsong Peng#, Kai Zhou#, Mengmeng Cao, Jing-feng Wang, Xue Wang, Taijiao Jiang, and Tao Deng*. New insights into the non-conserved non-coding region of the subtype-determinant HA and NA segments of influenza A viruses.J Virol. 2014 Oct;88(19):11493-503. doi: 10.1128 (IF=4.4)
Yousong Peng#, Yuanqiang Zou#, Honglei Li, Kenli Li, Taijiao Jiang*. Inferring the antigenic epitopes for highly pathogenic avian influenza H5N1 viruses.Vaccine, 2014, 32(6):671-676 (IF=3.6)

2013Aiping Wu#, Chunhu Su#, Dayan Wang#, Yousong Peng#, Mi Liu, Sha Hua, Tianxian Li, George F. Gao, Hong Tang, Jianzhu Chen, Xiufan Liu, Yuelong Shu, Daxin Peng, and Taijiao Jiang*. Sequential Reassortments Underlie Diverse Influenza H7N9 Genotypes in China.Cell Host & Microbe. 19 September 2013. doi:10.1016/j.chom.2013.09.001. (IF=12.3)

2012Xiangjun Du#, Libo Dong#, Yu Lan, Yousong Peng, Aiping Wu, Ye Zhang, Weijuan Huang, Dayan Wang, Min Wang, Yuanji Guo, Yuelong Shu* & Taijiao Jiang* (2012). Mapping of H3N2 influenza antigenic evolution in China reveals a strategy for vaccine strain recommendation.Nature communications|3:709| DOI: 10.1038/ncomms1710 (IF=11.5)

2010Yu Lan, Ye Zhang, Libo Dong, Dayan Wang, Weijuan Huang, Li Xin, Limei Yang, Xiang Zhao, Zi Li, Wei Wang, Xiyan Li, Cuilin Xu, Lei Yang, Junfeng Guo, Min Wang, Yousong Peng, Yan Gao, Yuanji Guo, Leying Wen, Taijiao Jiang, Yuelong Shu* (2010). A comprehensive surveillance of adamantane resistance among human influenza A virus isolated from mainland China between 1956 and 2009.Antiviral Therapy15:853–859 (doi: 10.3851/IMP1656) (IF=3.0)
Aiping Wu#, Yousong Peng#, Xiangjun Du, Yuelong Shu, Taijiao Jiang* (2010). Correlation of Influenza Virus Excess Mortality with Antigenic Variation: Application to Rapid Estimation of Influenza Mortality Burden.PLoS Comput Biol6(8): e**. doi:10.1371/journal.pcbi.** (IF=4.6)


开发软件与数据库
（具体链接见本实验室网站http://www.computationalbiology.cn/penglab/architecture.html）


MGFC: 在线非洲猪瘟病毒MGF蛋白分类服务器
PhageHostPredictor: 噬菌体宿主预测服务器
RAEdb: 增强子数据库
ViruscircBase: 病毒环状RNA数据库
phageReceptor: 噬菌体受体数据库
FluPhenotype: 甲型流感病毒预警一站式平台
ViralReceptor: 病毒受体数据库
metaVHost:基于基因组序列预测病毒宿主的软件平台
DLPAV-H3：基于深度学习的H3N2病毒抗原变异预测软件
PREDAV-FluA: A型流感病毒通用型抗原变异预测软件
cooccurNet:共出现网络构建与位点共进化计算软件包（R语言）
PREDAC-H5：高致病性禽流感H5N1病毒的抗原变异预测平台（新）
PREDAV-H5: 高致病性禽流感H5N1病毒的抗原变异预测平台
PREDAC-H3：人流感H3N2病毒的抗原变异预测与监测平台


奖励与荣誉
1 湖南省自然科学一等奖（2016年）。郭新红，谭钟扬，彭友松，舒小宝。基于基因组序列数据的分子遗传进化机制及方法。
2 2018年湖南省普通高校教师课堂教学竞赛三等奖