坚持教学与科研并重，加强科研机构建设，创新科研管理机制，广泛开展多渠道、多层次的科研活动。现有科技部国际科技合作基地、国家中医临床研究基地、国家中医药管理局中医药国际合作基地、河南省高校人文社科基地、河南省高校重点实验室培育基地、河南省非物质文化遗产研究基地、博士后科研工作站、河南省高校人文社科重点研究基地、河南省全科医生培养基地、世界针灸联合会教育基地等大型研究平台，2个国家中医药管理局重点研究室，6个国家中医药管理局三级实验室，2个河南省重点实验室，2个河南省工程技术中心，3个河南省高校工程技术研究中心，3个河南省高校重点学科开放实验室，3个郑州市重点实验室，60个校级研究所（中心）和13个校级研究室。学校有分析测试中心、药理药效实验中心、中医药分子生物实验中心、病理实验中心、动物实验中心、医学免疫学重点实验室等6个公共科研平台及中医内科重点学科开放实验室。近5年来，学校在科学研究方面取得了较大进步，5年来共承担科研项目801项，其中“十一五”国家科技支撑计划、“十二五”国家科技支撑计划、国家自然科学基金重点项目、国家软科学等国家级项目84项，省部级项目237项；获国家科学技术进步二等奖3项，省部级科研奖励86项；获国家授权专利217项；发表学术论文8909篇，被SCI、EI、ISTP等收录160篇；出版学术专著（译著）、教材共计584部。
　　学校主办有《河南中医》和《中医学报》两种学术期刊，国内外公开发行。《河南中医》为河南省一级期刊、全国中医药优秀期刊、全国高校优秀科技期刊、河南省优秀科技期刊；《中医学报》为国家级杂志、中国科技核心期刊、中国科技论文统计源期刊、中国高校特色科技期刊、全国中医药优秀期刊、河南省一级期刊、河南省自然科学“二十佳期刊”。两刊均为中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊、中国学术期刊（光盘版）全文收录期刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、美国乌利希期刊指南收录期刊。
　　开展国际合作与交流逾30年。目前与世界近50个大学、科研院所、医院等进行教学、科研、医疗等合作，取得了明显效果。近年来，适应中医药国际化的需求，在中医药科学研究、人才培养、文化传播等方面开发了一系列中外合作项目，在国际中医药推广方面形成了显著的特色和优势。
　　大力开展校地合作、校企合作，加大产学研结合和协同创新力度，服务地方经济社会发展，在卢氏、济源、西峡等地建有14个中药材规范化种植示范基地，承担全省30多个、70余万亩中药材规范化种植基地的技术指导任务，带动了近30万药农致富。其中11种中药材规范化种植技术通过国家和省组织的验收，4个种植基地通过了国家GAP认证，15种药材获得国家地理标志性产品保护。分别与宛西制药、羚锐制药、辅仁药业、天方药业、太龙药业、“好想你”集团、华润三九药业、郑州瑞龙制药等企业合作，共同致力于有关中药标本馆建设、中药饮片研究，其中宛西制药设立了“张仲景奖学金和助学金”，羚锐制药设立了“诚信自强之星奖学金”，华润三九药业设立了“华润三九医药创新创业奖学金”，瑞龙制药设立了中药传承班奖学金和助学金，增强了办学活力；研制新产品10余项，获批新产品1项，获临床批件2项，品种保护4项，并获批国家技术中心。与济源市、新乡市人民政府等分别签订了合作协议，在人才培养、医院建设与医疗服务、中医药资源开发、打造中医药产业等方面开展合作，目前战略合作协议正在强力推进。