基础医学院（原中医系）成立于1958年，是河南中医学院最大的基础教学单位，也是全院基础课教学的主体。下设12个学科，7个硕士点，1个基础医学实验室（包括5个课程实验室），1个分子生物学实验室，师资力量雄厚，拥有教师114人，其中教授16人，副教授38人，具有博士学历者8人、硕士学位者40余人。

　　多年来，基础医学院一直承担着《中医基础理论》、《方剂学》、《中医诊断学》、《解剖学》、《生理学》、《病理学》、《药理学》、《人体寄生虫》、《微生物与免疫学》、《内经》、《伤寒论》、《温病学》等40多门中西医基础课程的教学任务。授课层次包括研究生、本科生、专科生、留学生、成人教育学生及自考、函授生等。教师教学经验丰富，教学成就显著，多年来为学校培养了万余名优秀中医药人才。12个学科中的方剂学科，是被国家较早批准的硕士学位授予点之一，2001年被评为省级重点学科，并于同年晋升为国家中医药管理局重点学科建设单位。学科目前有“古今名方作用机理暨新药开发研究”等四个研究方向，先后获得省级研究成果奖多项，在研省级课题6项，拥有科研经费数十万元。中医基础理论和中医临床基础学科是院级重点学科。中医基础理论学科现有硕士研究生导师8人，目前承担国家级、省部级科研项目14项，科研经费150余万元。近5年来，该学科主持参与的科研成果获省部级3等奖以上的共有14项，出版学术专著47部，发表学术论文86篇。中医临床基础学科现有教师11人，其中教授3人，副教授6人。近5年来，在国家级、省级学术刊物发表论文110余篇，出版学术专著16部，完成科研课题26项，其中获省部级2等奖12项、3等奖6项。目前承担省部级科研课题6项。

　　中医基础理论、方剂学、中医临床基础、中医诊断学、中西医结合基础、中医医史文献、病理与病理生理学七个专业面向全国招收硕士研究生。

　　基础医学实验室包括显微形态实验室、机能实验室、生化实验室、解剖实验室和临床技能实验室。实验室拥有一支结构合理、技术力量雄厚的实验队伍，现有专职实验人员23人，其中高级职称7人，中级职称11人。实验室共有实验设备2972台件。承担着学院中西医结合、中医、药学、骨伤、针推、护理等不同专业中本科、专科、研究生、留学生等不同层次的基础课的实验教学和科研任务。近5年来共完成国家级和省厅级科研课题56项，获奖项目31项，发表论文105篇，出版专著19部，为学院基础课实验教学和科研做出了巨大贡献。