最具代表东北农业大学特色与优势的农学院成立于1996年，是东北农业大学骨干学院。其前身是1948年东北农学院建院时成立的三系之一——农艺系，王金陵任首任系主任。1956年增设了土地整理专业并招生，1958年2月土地整理专业从农学系分出成立土地规划系。1958年农学系在农学专业基础上又增设了果蔬、植物保护、土壤农化3个专业并招生。1976年园艺专业从农学系分出，建立了园艺系。1989年植保专业从农学系分出，建立了植保系。1994年农学系设立农业环境保护专业并招生。1996年6月学校决定由农学系、园艺系、植保系三系合并组建农学院。2000年10月农学院又一分为三，园艺系分出建立园艺学院；土壤农化专业、农业环保专业、农业气象教研室、农业生态教研室、农业微生物教研室从农学院分出共同组建成立资源与环境学院。
　　目前农学院为研究教学型学院。现设农学、植保、种子科学与工程3个系，农学、植保2个教学实验中心。还设有院办公室、辅导员办公室、农业部寒地作物生理生态重点开放实验室、大豆生物学教育部重点实验室、省部共建有害生物防治基础实验室、省教育厅寒地作物品种改良与生理生态重点实验室、黑龙江省农学实验教学示范中心、植物科学与技术国家级实验教学示范中心、校作物品质分析中心、大豆研究所、玉米研究所、水稻研究所、小麦研究所、马铃薯研究所、农药研究所、经济与杂粮作物研究中心。
　　学院开设农学、植保、种子科学与工程3个专业及5个专业方向，其中农学和植保专业为省级重点专业。2007年农学专业被评为国家特色专业。农学院拥有作物学省级重点一级学科，北方寒地作物科学与技术省级重点学科群，作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学、农业昆虫与害虫防治、植物病理学、农药学5个省级重点二级学科，作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学、植物病理学、农业昆虫与害虫防治4个省级重点学科梯队，作物学博士后流动站。作物学为一级博士点学科，植物保护为一级硕士点学科。5个二级学科均为硕士点学科，其中作物遗传育种学、作物栽培学与耕作学是二级博士点学科，作物遗传育种学科还为省特聘教授岗位学科。
　　农学院现有在职教工96人，其中教师53人，科研人员21人，教辅人员10人，党政管理干部8人，实验工人4人。教学与科研人员中具有博士学位的55人，在读博士10人。教职工中有硕士学位的80人， 45岁以下的专任教师中具有硕士学位的达100%。
　　学院员工中有正高职称34人，副高职称26人，中级职称30人，初级职称2人，技师4人。博士生导师25人，硕士生导师47人。龙江学者1人，有突出贡献国家级和省级中青年专家2人。
　　农学院共有在校全日制本科生560余名，博士研究生60余名、硕士研究生300余名、农业推广硕士研究生150余名。
　　学院还是全国马铃薯专业委员会挂靠单位、《中国马铃薯》杂志承办单位和黑龙江省植物病理学会挂靠单位、国家农业部农药登记田间药效试验认证单位、农业部除草剂活性室内检测资质单位。
　　农学院现有办公实验楼一栋，建筑面积12 700平方米，全部为教学、科研、专业实验室、标本室、部重点实验室、行政办公、学生活动用房。拥有两栋教学用日光温室，试验用地50余公顷。
　　农学院每年为国家培养博士研究生、硕士研究生及本专科生各类专业人才400余名，毕业生分布在全国各地的农业管理部门、科研院所、大专院校、农业企事业单位和农业推广部门，从事管理、科研、教学和推广工作。
　　近年来，农学院为黑龙江省“科教兴省”和“富民强省”战略实施作出了巨大贡献，1997年农学院荣获中共中央宣传部、国家教委、团中央和全国学联授予的“暑期三下乡活动优秀志愿服务队”称号，2000年农学院荣获国家科技部、中科院、中国科协联合颁发的“科技扶贫先进集体”称号。2008年农学院被学校破格授予“文明学院标兵”称号。
　　在新形势下，农学院正继承传统、发挥优势，向着更高更强的目标奋进。