哈尔滨医科大学基础医学学院现设有国家理科（医药学）基础科学研究和教学人才培养基地、基础医学一级学科博士授权点、基础医学博士后流动站、生物学博士后流动站、黑龙江省医学分子生物学重点实验室、黑龙江省医学细胞生物工程重点实验室、重点实验室、黑龙江省普通高校BSL-3重点实验室、卫生部俄语培训中心；下设普通高校三个学部、二十一个教研室，其中包括七个博士授权点、十二个硕士授权点和七个省级重点学科。黑龙江省基础医学研究所设有十三个研究室。

　　多年来，在学科建设和队伍培养上，学院坚持了基础医学与临床医学相结合、数理化计算机与基础医学相结合、理论与实践相结合的原则，注重加强学生外语能力和计算机应用能力的培养，建立了行之有效的7年制学生科研能力培养模式，开展了以发展学生综合素质为中心的综合教育改革试验，多次获得国家和省优秀教学成果奖。目前，正承担世界银行贷款的21世纪初高等教育教学改革项目，主要以《七年制基础专业（理科基地）学生PBL教学法的研究与实践》和《实验教学研究和实践》为主。

　　在科学研究方面，加强了基础理论与应用基础的研究。目前主要开展了淋巴管与癌、人体组织工程、人类基因组计划、恶性肿瘤相关基因克隆、肿瘤转移、肿瘤的生物治疗与临床应用、大分子结构与功能关系、病毒与细菌、镇痛机制、生殖内分泌、离子通道、神经生物学及寄生虫病等方面的研究。至2003年9月，基础医学学院共承担科研项目190项，总资助金额为1941余万元。其中参加国家973、863课题各1项，担任子项目负责人；国家自然科学基金28项；省、部级课题73项；厅、局级课题9项；其它课题81项；国际合作项目7项；横向合作课题8项。

　　学院科技开发事业正处在发展之中，新生物技术公司、医学高技术临床检测中心、基础医学科技咨询服务公司等经济实体已取得了较好的经济效益和社会效益，学院正在寻找新的经济生长点，创造更大的效益，以便更有力地支持教学和科研工作，促进学院全面发展。