哈尔滨工程大学船舶博物馆于2006年设立，2013年改建。该馆共设共九大展区，以船舶的发展史为主线，以海运、海洋、海防、核能运用为方向，以中国“十大名船”为亮点，全面介绍船舶发展史、船舶科技史，重点展示我国船舶工业在船舶运输、海洋开发及核能应用等方面的重大成果，集收藏、展览、教育、研究、宣传等功能为一体，具有历史性、科技性、科普性与知识性。
自2006年开馆以来，船舶博物馆先后获批中国青年科技创新行动示范基地，全省青少年爱国主义教育基地，（2010-2014年）全国科普教育基地，全国海洋科普教育基地，2019年“科创嘉年华活动”获评“全国科普日优秀活动”。近五年，以船舶博物馆为核心的科普教育基地共接待社会公众逾8万人次，其中青少年约占48%，走进中小学开展科普教育活动百余次，累计受益近万人。
在加快建设交通强国的新形势下，船舶博物馆将充分发挥其特色优势，积极开展交通运输科普工作，不断提升交通运输科普工作的质量效益，促进交通运输科技创新和科学技术普及工作协调发展。
