黑龙江省中医研究院的前身是成立于1957年的“黑龙江省祖国医药研究所”（俗称“祖研”），是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。随着规模的发展和功能的不断健全，1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。为了充分发挥我院的中医医疗优势，1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构，2001年先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市的城镇职工医疗保险定点医院。2004年获得卫生部、人事部、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”和黑龙江省委授予的“全省小康建设百面红旗集体”荣誉称号。2008年被国家中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。
     我院占地面积20000平方米，建筑面积50000平方米，资产总值1.5亿元。我院现有在编职工552人，其中专业技术人员和研究人员448人，占职工总数的81 %。专业技术人员中有正、副高级职称专家187人，其中享受政府津贴的25人（享受国务院津贴的20人），国家级名中医和省级名中医19人。我院现有国家中医重点专科(专病)4个，国家中医重点研究室1、国家三级实验室5个，省政府重点学科7个，省级重点实验室2个，省卫生厅重点学科6个。同时我院下设中药、中医临床和针灸经络研究所3个，国家中药剂型改革基地设在我院。
     我院医疗部分编制床位1000张,设内、外、妇、儿、骨、针灸、推拿、口腔、眼科等一级临床科室16个，设CT、DR、彩超、检验等医技科室18个，其中肾病科、心血管科、针灸科、皮肤科为国家中医重点专科；内分泌科、消化科为省政府重点学科。“全国中医肾病重点专科”在全国所有中医重点专科中规模最大，拥有固定床位350张，肾病免疫实验室为国家三级实验室；针灸科设床位200张，并配有功能齐全的现代化康复中心。
     在研究生教育方面，我院拥有一级学科中药学，二级学科中医内科、针灸推拿和中西医结合临床4个专业的硕士学位授予权，博士研究生导师6名，硕士研究生导师33名，现在院研究生105名。1999年我院被人事部批准为博士后科研工作站，现已有6名博士后出站，有3名博士后在站工作。
      建院以来，我院共取得科研成果270多项，其中获得部省级以上科技进步奖70多项，目前我院承担部省级以上重大科技攻关课题74项，其中国家级7项，部省级34项，省级行业33项。共研制出中药新产品40多个投放市场，其中包括“刺五加”、“满山红”、“注射用双黄连粉针剂”等具有里程碑意义的名牌产品，为我省医药工业、经济建设和人民健康事业做出了突出贡献