产氢细菌Ethanoligenens harbinense YUAN-3基因文库构建及分析
赵鑫, 邢德峰, 王静怡, 张璐, 任南琪
哈尔滨工业大学城市水资源与水环境国家重点实验室
摘要:
以高效产氢细菌哈尔滨产乙醇杆菌的模式菌株YUAN-3作为出发菌株,提取细菌总DNA,经过Sau3AI的不完全酶切,将2.5～5.0kb的片段连接入用BamHI酶切的pUC19质粒,转化入E.ColiDH5α中,构建菌株YUAN-3的基因组文库,得到克隆数接近9×103个,以最相近的梭菌属已报道的基因组平均大小4.6Mb计算,概括了其99%以上的基因组,达到了建库的理论值.随机挑取200个白色菌落进行测序,经分析得到的结果大多数与已经过全序列分析的产氢细菌的假想蛋白相近,其中有49个与其他菌株功能蛋白相似性超过70%的片段,包括叶酰聚谷氨酸合成酶、DNA拓扑异构酶、乙酰转移酶等,同时获得了7个功能蛋白或基因的完整开放阅读框.
关键词: 生物制氢 基因文库 产氢细菌 哈尔滨产乙醇杆菌
DOI：10.11918/j.issn.0367-6234.2010.10.015
分类号:TQ116.2
基金项目:国家自然科学基金资助项目(30870037);城市水资源与水环境国家重点实验室(哈尔滨工业大学)开放课题(HCK201018)
Construction and analysis of gene library from H2-producing bacterium Ethanoligenens harbinense YUAN-3
ZHAO Xin, XING De-feng, WANG Jing-yi, ZHANG Lu, REN Nan-qi
State Key Laboratory of Urban Water Resource and Environment,Harbin Institute of Technology,Harbin 150090,China
Abstract:
The genomic DNA of H2-producing bacterium Ethanoligenens harbinense YUAN-3 was isolated and partially digested by Sau 3A I.The fragments of 2.5-5.0 kb were selected and inserted into BamH I digested plasmid pUC 19.The genomic clone library of strain YUAN-3 was constructed with 9 × 103 recombinants,indicating the coverage of clone library tends to be the theoretical value based on a 4.6 Mb average chromosome size of Clostridium,closest to Ethanoligenens harbinense.200 colonies were picked stochastically for sequencing and aligned with the database.The results imply that most of the sequences are similar with the hypothetical protein of hydrogen-producing bacterium whose complete genomes are sequenced,among which 49 sequences have the similarity over 70%,including folylpolyglutamate synthetase,DNA topoisomerase,acetyltransferase and so on,and 7 open reading frames (ORFs) of functional proteins or genes can be obtained.
Key words: biohydrogen gene library H2-producing bacterium Ethanoligenens harbinense
删除或更新信息，请邮件至freekaoyan#163.com(#换成@)
产氢细菌Ethanoligenens harbinense YUAN-3基因文库构建及分析
本站小编 哈尔滨工业大学/2019-10-24
相关话题/基因 哈尔滨工业大学 城市 阅读 序列
领限时大额优惠券,享本站正版考研考试资料!
优惠券领取后72小时内有效，10万种最新考研考试考证类电子打印资料任你选。涵盖全国500余所院校考研专业课、200多种职业资格考试、1100多种经典教材，产品类型包含电子书、题库、全套资料以及视频，无论您是考研复习、考证刷题，还是考前冲刺等，不同类型的产品可满足您学习上的不同需求。 ...考试优惠券 本站小编 Free壹佰分学习网 2022-09-19合成生物学基因设计软件:iGEM设计综述
合成生物学基因设计软件:iGEM设计综述伍克煜1,刘峰江1,许浩1,张浩天1,王贝贝1,2(1.电子科技大学生命科学与技术学院,成都611731;2.电子科技大学信息生物学研究中心,成都611731)摘要:随着基因回路规模的扩大,和应用范围的拓展,传统的合成基因回路的设计思路面临着新的挑战。新合成基 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05蒺藜苜蓿多聚半乳糖醛酸酶基因家族的全基因组分析
蒺藜苜蓿多聚半乳糖醛酸酶基因家族的全基因组分析胡龄予,伊霖晟,刘冬雪,王阳,杨欢欢,张鑫茹,杨爽,束永俊(哈尔滨师范大学生命科学与技术学院,哈尔滨150025)摘要:多聚半乳糖醛酸酶(Polygalacturonases,PGs)是一种果胶水解酶,参与果实成熟、器官脱落、花粉成熟等多个植物发育过程。 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因
生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤的核心基因柯帅,王文波,廖红展,彭志柱,邱县生,唐慧敏,李清华,夏学巍(桂林医学院附属医院神经外科,广西桂林541000)摘要:多形性胶质母细胞瘤(GBM)是成人最常见的恶性神经上皮肿瘤,关于其诊断和治疗的靶点研究一直是困扰研究者的难题。采用生物信息学的方法对GBM的基 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05医学遗传学2.0:导致人类慢病的主因可能首先是人体共生微生物基因异常,其次才是人类基因异常
医学遗传学2.0:导致人类慢病的主因可能首先是人体共生微生物基因异常,其次才是人类基因异常张成岗(军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所,全军军事认知与心理卫生研究中心,北京100850)摘要:当前慢病高发的现实对“健康中国2030”战略目标的实现提出了巨大挑战。虽然众多医疗机构和政府管理部门付出巨 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05Hsa-miR-210-5p靶基因预测及其相关信号通路的生物信息学分析
Hsa-miR-210-5p靶基因预测及其相关信号通路的生物信息学分析蔡丹平,龙鼎新(南华大学船山学院,湖南衡阳421001)摘要:为深入研究miR-210-5p的调控机制及生物学功能提供理论机制,应用生物信息学方法分析miR-210-5p序列,预测其靶基因,用Veney2.1.0绘制韦恩图得到靶基 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析
mRNA序列与相应内含子序列匹配的普适性分析张强1,赵小庆3,薄素玲2,曹艳娟1,苏文霞1(1．内蒙古农业大学理学院,呼和浩特010018;2．内蒙古医科大学计算机信息学院,呼和浩特010110;3．内蒙古自治区农牧业科学院,呼和浩特010031)摘要:剪切后的内含子在基因表达和调控过程中发挥重要作 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05大鼠颅脑损伤后差异表达基因及miRNA研究
大鼠颅脑损伤后差异表达基因及miRNA研究王家昕,王晓霞,李洁,苗泽远,倪爽,王子钰,苏立宁(河北北方学院基础医学院,河北张家口075000)摘要:研究背景创伤性脑损伤(Traumaticbraininjury,TBI)是致死率和致残率极高的外科疾患,我国在对于TBI的判断、治疗等方面还处于薄弱阶段 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序
MutPrimerDesign:用于人类基因编码区域突变位点的引物设计程序曹英豪,彭公信(中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础医学院,北京100730)摘要:位于基因编码区的DNA突变与基因的功能密切相关。在已知人类基因编码区的突变位点时,如何在基因组上设计引物验证该突变是一个重要的问题 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析
毛竹SWEET基因家族的全基因组鉴定与分析李新然1,2,张智俊1,2,喻珮瑶1,2,陈家璐1,2,马瑞芳1,2,刘笑雨1,2(1.浙江农林大学省部共建亚热带森林培育国家重点实验室,杭州311300;2.浙江农林大学林业与生物技术学院,杭州311300)摘要:糖外排转运蛋白(Sugarswillev ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05基于全基因组序列的弯曲菌特征分析
基于全基因组序列的弯曲菌特征分析孙磊1,2,3,杨臻辉1,2,恽茜3,4,黄金林3,4(1.扬州大学信息工程学院,江苏扬州225127;2.扬州大学人工智能学院,江苏扬州225127;3.江苏省人兽共患病学重点实验室,江苏扬州225009;4.江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心,江苏扬州 ...哈尔滨工业大学科研学术 本站小编 哈尔滨工业大学 2020-12-05
