专项论证会由中国水产科学研究院组织，采用线上线下结合形式召开，来自中国科学院水生生物研究所、中国农业科学院、中国科学院动物研究所、华中农业大学、中国水产科学研究院东海水产研究所、长江水产研究所的相关专家共同组成了论证专家组，组长由桂建芳院士担任。农业农村部渔业渔政管理局局长张显良、农业农村部计划财务司副调研员于泽、农业农村部工程建设服务中心处长黄洁、新疆农业农村厅副厅长吴晗、中国水产科学研究院副院长王莉茜、副院长刘英杰、黑龙江水产研究所党委书记王玉梅及项目建议单位的主要领导和专家共50余人参加会议。会议由中国水产科学研究院刘英杰副院长主持。
西北专项二期建议是在一期调查结果上形成的。通过两年的一期工作，基本摸清了西北地区重点水域鱼类种类组成和水体环境及饵料生物现状，初步评估了湖库的鱼类资源现状，初步查明了多种珍稀鱼类重要栖息地的分布。同时，也在西北地区重要水域珍稀鱼类迁地保护和原种保育工作中发挥了积极作用。针对一期调查中的不足及初步发现的水生态环境问题，二期扩大调查范围，重点开展渔业资源、鱼类种群生物学、珍稀濒危和土著经济鱼类种质资源、水生生境要素、重要鱼类关键栖息地、大水面增殖放流效果调查，重要鱼类种质资源收集与保存、大水面渔业资源结构优化等方面工作。通过专项的滚动实施，掌握西北地区重点水域渔业资源与环境现状和变化趋势，为西北地区重点水域渔业资源评估与生态环境保护管理提供科学依据。
专项执行专家组组长王玉梅研究员首先介绍了专项的总体思路和规划布局。黑龙江所霍堂斌副研究员代表项目组从一期工作进展、二期工作思路、预期目标、重点任务、重点问题凝练、经费预算等方面汇报了西北专项二期总体建议方案。专家组对一期的工作给予了充分的肯定，一致认为：项目组较好地完成了一期工作，阶段性成果显著，专项设计合理、重点突出、目标明确、研究队伍能力强、具有可操作性、可望取得预期成果；建议项目组根据专家意见，修改完善建议书，上报主管部门审批实施。
张显良局长强调了西北渔业资源保护工作的重要性及任务的艰巨性，指出水生生物资源调查为科学有效的制定渔业水域资源养护和生态环境保护决策起到重要的科技支撑。王莉茜副院长指出项目组要继续执行好一期的项目工作，重视数据的集成和共享，做好专项预算，认真完善建议书文本，细化并明确绩效考核目标。吴晗副厅长指出，项目的实施对新疆渔业渔政管理及产业发展发挥了重要作用。希望通过项目的滚动实施，为新疆珍稀水生生物永续利用和渔业绿色高质量发展提供更多帮助。刘英杰副院长在总结时指出，要从科学的层面看待专项的实施，提升科学认知，以专项工作为契机，建立全国性的渔业监测体系，及科技人才队伍和人才储备制度，为应对国际国内新形势挑战做好准备。
