2006年，在原国防科工委的支持下，燕山大学整合强势特色学科和优质科研资源，本着“源于军工、情系军工、回归军工、服务军工”的宗旨组建了国防科学技术学院。2006年11月30日，陈求发副主任和龙庄伟副省长分别代表国防科工委和河北省人民政府签署了共建燕山大学协议书，并共同为燕山大学国防科学技术学院揭牌。
　　2010年11月23日，燕山大学党委书记孟卫东、校长刘宏民、副校长孔祥东等校领导出席了河北省人民政府、国家国防科技工业局共建燕山大学协议签字仪式。该协议是河北省人民政府与国家国防科技工业局为充分发挥燕山大学的学科专业优势，从而使我校更好地服务于国防科技工业和河北省经济社会发展而签署的“十二五”共建协议。
　　根据协议，“十二五”期间，省政府将把燕山大学的发展建设纳入全省经济建设和军民结合产业发展总体规划；支持和鼓励燕山大学发挥学科特色和优势，积极承担国家国防科技工业系统相关科研和建设项目；进一步加强国防特色重点学科建设，积极推进燕山大学建设国防科技工业中高级人才培训基地。国家国防科工局将支持燕山大学进一步强化国防特色，指导和支持国防特色学科和专业建设。
　　2010年8月2日，在国家921工程任务规划专家王文魁研究员的推动下，副校长孔祥东代表我校与中国航天员科研训练中心签订合作协议。双方将本着平等互利、优势互补的原则，共同建设“中国航天员中心/燕山大学航天人机环境工程技术试验研究基地”，开展载人航天在轨材料试验、月球环境模拟试验与训练、航天员康复训练、科普教育、人才培养等方面合作。
　　“十五”以来，国防科学技术学院发挥学校特色专长承担了多项高技术研究任务，包括863项目、973项目和921载人航天预研项目等，以及为国内多家企业及院校提供技术开发服务。在空间材料设计与制备、空间有效载荷技术、特种材料空间应用、空间环境探测、空间环境效应与分析技术和其它相关应用技术方面，具有较强的科研实力。
　　学院主要为国家重点企业、科研院所、大专院校等企事业单位培养基础理论知识扎实、专业知识宽广的创新型人才和特色专业（工种）紧缺技能人才，开展空间总体技术、特种材料技术和空间环境效应等高技术研究。
　　学院建有航天高技术研究中心、极端条件下材料服役行为实验室和材料分析测试中心等。
　　学院拥有一支以国家高技术研究发展计划（863计划）专家、****特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国务院政府特殊津贴专家、博士生导师和教授为骨干的教学科研队伍，建立了具有特色的科研创新团队。