中国科学院数学物理联合实验室于2006年3月1日在武汉正式宣布成立。该联合实验室是在中国科学院基础科学局的支持下，由中科院武汉物理与数学研究所数学物理研究室、中国科技大学数学系、中科院数学与系统科学研究院应用数学研究所共同组建的。主要研究领域涉及：数学物理、偏微分方程、多复变调和分析与函数空间理论、几何分析以及量子纠缠理论和非线性动力学（动力系统）等数学与物理的交叉研究。联合实验室成立以来，先后共同承担了中科院重要方向性项目、国家自然科学基金重点项目。联合组织召开了多次大型国际学术会议和学术研讨班。以联合实验室为平台，先后接待了大批国内外知名学者的来访，并吸引了部分中高级人才全职来我院工作。