依据世界湿地科学发展的前沿与热点，结合湖北省湿地生态系统的结构与功能特点、受威胁情况，以及生物多样性保护的特点，拟设定以下研究方向：

　　（1）湿地生态系统的自然历史过程与动态监测

　　综合利用地理学、地质学、物理、化学与生物学等多学科交叉及多种古环境代用指标交叉研究，以江汉平原地区为重点区域，重建该地区不同时间尺度（以近10000年来、近100年来与近50年来3个时间尺度为重点）湿地生态系统的动态变化序列；重点探讨流域地下水与地表水的演变与湿地形成、演化的关系，以国家重点水利工程，如三峡工程、南水北调中线工程为例，研究流域调水对下游湿地的影响。重点研究点源和非点源污染对湿地水环境的影响，包括人类活动引起了湖泊湿地重金属增高、农业有机农药和工业废水等引起的持续性有机污染物增高等；以湿地生态系统中的物质转化过程为基础，研究典型污染物在湿地生态系统中的行为与动力学规律，阐述湿地的污染物净化机制。

　　（2）湿地生态系统保护的生物学和生态学基础

　　以湿地生态系统的可持续发展为目标，深入研究湿地生态系统的多样性与维持机制，完善湿地生态系统保护的理论与方法，为湿地自然保护地（区）规划、管理与监测提供理论与技术支撑；以典型湿地生态系统的生态过程与生态功能的动态变化研究为基础，阐述湿地生态系统与全球变化、流域水文过程、人类活动的关系，为湿地生态系统的保护和科学管理提供基础。

　　（3）受损湿地生态系统恢复与重建的理论与方法

　　以湿地生态系统结构与功能稳定性评价研究为基础，建立与完善湿地生态系统服务与健康评价体系；针对受损湿地生态系统的结构与功能特征，建立以恢复目标为导向的湿地生态系统恢复重建的理论与方法体系。