中国科学院水生植物与流域生态重点实验室(Key Laboratory of Aquatic Botany and Watershed Ecology, Chinese Academy of Sciences)成立于2008年12月，依托于中国科学院武汉植物园。实验室主任为张全发研究员，学术委员会名誉主任刘建康院士，主任韩兴国研究员。实验室立足于我国水资源保护的重大国家需求，系统研究流域复合生态系统内的物质、能量、信息流动及水域、水陆交错带、湿地和陆地子系统之间的耦合机制，揭示流域生态环境的时空格局及演化规律，开展植物资源利用的环境可持续性、退化植被恢复与生态工程重建及水资源保护的技术创新。

　　实验室下设生态中心、水生植物研究中心、园艺中心三大中心，并依托武汉植物园良好的水生植物资源圃、水生实验温室、新建的科研温室、及在三峡库区和南水北调水源地布置的野外研究试验基地等相关资源及设施平台，利用园内相关研究单元和学科组的科研及设备优势，优化人才队伍结构，重视人才培养，目前已拥有一支优秀的、结构合理的研究队伍。实验室现有固定人员59名，研究员8名，其中博士生导师7名，中国科学院“百人计划”4名，在读博士24名，在读硕士37名。技术人员7名，管理人员2名，是一支中青年相结合的、高水平、高素质的科研团队。

　　水生植物与流域生态重点实验室的发展目标基于生态学、保护生物学和系统科学的发展趋势，和我国社会经济发展对植物资源保护、退化生态系统恢复及水资源安全保障的重大需求，以流域为基本单元，开展水生植物的抗逆机理和生态系统功能、流域生态过程与水资源保护、资源利用和退化生态系统恢复与重建、流域生态安全与可持续发展的研究，以及流域内陆地、水陆交错区、湿地和水域等各子系统生态过程的耦合；促进我国流域科学的发展，为植物资源利用的环境可持续性、流域生态系统恢复和水资源安全提供理论基础和技术支撑。通过8-10年的运行，争取把实验室建设成为相关领域国际一流的实验室。