俞丹　副研究员博士研究生

职　　称： 副研究员
学　　历： 博士研究生
联系方式： 86-
电子邮件： yudan#ihb.ac.cn(请改#为@)
办公室： 标本馆306
个人网页：


教育经历
2003.9-2007.6 南京农业大学 水产养殖学专业 本科
2007.9-2012.6中国科学院水生生物研究所 水生生物学专业 博士（硕博连读）


主要职历
2012.6-2018.12 中国科学院水生生物研究所 助理研究员
2019.1-至今 中国科学院水生生物研究所 副研究员


招生专业
动物学（硕士生）


研究方向
1.气候变化对鱼类种群历史动态及分布格局的影响
气候变化对生物的影响及生物对气候变化的响应是国际研究热点。以全球气候变化重要指示物种--尖头鱥为例，通过生物地理学过程的分析解读历史气候变化如上新世气候波动、第四纪冰期及间冰期的旋回对其种群历史动态及分布的影响；通过临界温度法和转录组测序分析研究尖头鱥不同地理种群的耐热性差异及对当前温度适应的分子机制；基于生态位模型分析，预测全球气候变化对尖头鱥分布格局的影响，为气候变化背景下鱼类的温度适应机制研究提供了资料和例证。
2.东亚淡水鱼类鱼类进化生物学
生物多样性的形成与维持机制研究，是具有挑战意义的重大科学问题。通过整合分子和形态学数据，并借助新的基因组学技术，采用分子系统发育分析及系统发育比较方法，重建东亚淡水鱼类尤其是鲤形目鱼类的系统发育关系，并深入开展鲤形目鱼类关键革新特征的演化历史及生态适应研究，解析淡水鱼类新近物种分化模式及分子机制。
3.利用环境DNA（eDNA）的水生生物多样性研究
水生生物不断释放DNA到水环境中，通过对其特定DNA片段或基因组进行PCR扩增和高通量测序，结合生物信息学分析，便可以快速获得水生生物物种分布、群落结构及相对丰度等重要信息。特别是在目标物种生物密度较低的情况下，该技术依然可以很灵敏地检测到目标物种DNA，且不会对生物及环境造成损伤，是生物多样性研究的前沿领域。目前，我们对该技术涉及的环境DNA富集及提取方法等实验流程进行了优化和标准化，并在金沙江、长江、鄱阳湖等水域开展了鱼类多样性监测的应用。


承担项目情况
1. 2020.01-2021.10 中国长江三峡集团有限公司三峡工程鱼类资源保护湖北省重点实验室主任基金2019年度开放课题，环境DNA样本快速处理与保存优化研究，8.97万元，主持
2. 2019.01-2022.12 国家自然科学基金委员会面上项目，尖头鱥种群遗传多样性偏低时的近交回避机制研究，57万元，主持
3. 2019.01-2021.12国家自然科学基金委员会青年基金项目，四大家鱼早期生活史阶段的传播模式、途径及其对环境条件的响应机制研究，26万元，参加
4. 2019.03-2020.03水利部（三峡工程管理司）三峡工程后续工作资助，三峡水运新通道附建过鱼设施必要性研究，440万元，参加
5. 2018.12-2022.12科技部国家重点研发计划“蓝色粮仓科技创新”重点专项子课题，梁子湖群生境与生物多样性修复及保护研究，41万元，主持
6. 2018.06-2023.05中国科学院战略性先导科技专项（B类）子课题，长江中、下游代表性鱼类类群演化历史及生态适应研究，492.2万元，参加
7. 2017.07-2018.07中国科学院，战略性先导科技专项培育项目（B类）子课题，长江中、下游代表性鱼类类群演化历史及生态适应研究，65万元，参加
8. 2016.01-2018.12西南野生动植物资源保护教育部重点实验室开放课题，Dlx2基因在鲤科鱼类咽齿发育中的作用及机制研究，5万元，主持
9. 2015.09-2016.12中国电建集团成都勘测设计研究院有限公司专题研究子课题，80万元，主持
10. 2015.01-2017.12国家自然科学基金委员会青年科学基金项目，尖头鱥不同地理种群对温度适应的分子机制研究，24万元，主持
11. 2015.01-2016.12中国科学院水生生物研究所知识创新工程青年人才领域前沿项目，鱼类中低遗传多样性种群的生存机制研究，8万元，主持
12. 2013.01-2016.12国家自然科学基金委员会面上项目，鳅超科鱼类体色体斑的演化及相关基因的进化分析， 79万元，参加
13. 2010.01-2012.12国家自然科学基金委员会面上项目，鳑鲏鱼类繁殖行为生态学研究，33万元，参加


科研成果
目前已发表论文30篇，其中SCI收录论文18篇，10篇为第一作者或通讯作者。代表性论文如下：

1. 唐瑞, 代元兴, 刘焕章, 艾祖军, 欧阳冬冬, 彭勇, 汤勇, 俞丹^*. 赤水河外来鱼类尖头鱥和董氏须鳅的引种溯源及生态适应性分析. 动物学杂志, 2021, 56(2): 214-228.
2. 陈沙, 刘焕章, 曹文宣, 俞丹^*. 10种鲤形目鱼类ZP2基因的克隆及特征分析. 四川动物, 2021, 40(3): 241-253.
3. 程佩琳, 俞丹, 刘焕章, 杜浩, 危起伟^*. 基于线粒体基因组全序列的鲟形目鱼类（Pisces_ Acipenseriformes）的分子系统发育重建. 2021. 45(3): 487-494.
4. 杨婷越, 俞丹, 高欣, 刘焕章^*. 长江中游干流鱼类群落构建机制分析. 水生生物学报, 2020, 44(5): 1045-1054.
5. Zhang Z., Yu D., Liu F., Chen S., Liu H.^* Gene Flow and Individual Relatedness Suggest Population Spatial Connectivity of Sinogastromyzon sichangensis (Cypriniformes: Balitoridae) in the Chishui River, China. Zoological Science, 2020, 37: 434-443.
6. Zhang Z., Yu D., Zhai D., Liu F., Liu, H.^* Morphological trophic variation of the cyprinid Megalobrama pellegrini (Tchang, 1930) with different keratinized beaks from upper reaches of the Yangtze River, China. Environmental biology of fishes, 2020, 103:115-123.
7. Shen Z., Yu D., Gao X., Zhang F., Liu H.^* Genetic diversity and reproductive success of a wild population of Chinese sturgeon (Acipenser sinensis) from the Yangtze River inferred from juveniles born in 2014. Zoological Research, 2020, 41(4): 423-430.
8. 朱兰, 俞丹, 刘焕章^*. 中国北方属鱼类一新种——中华(鲤形目:鲤科). 四川动物, 2020, 39(2): 168-176.
9. 张智, 俞丹, 刘飞, 刘焕章. 西昌华吸鳅的微卫星引物筛选及赤水河四个地理种群的遗传多样性分析. 水生生物学报, 2019, 43(6): 1224-1230.
10. Wang X., Liu F., Yu D., Liu H. Mitochondrial divergence suggests unexpected high species diversity in the Opsariichthine fishes (Teleostei: Cyprinidae) and the revalidation of Opsariichthys macrolepis. Ecology and Evolution, 2019, 9: 2664-2677.
11. 俞 丹, 张 智, 张 健, 林鹏程, 熊淑蓉, 唐芬莲, 刘焕章. 基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析. 水生生物学报, 2019, 43(5): 923-930.
12. Yu D., Zhang Z., Shen Z., Zhang C., Liu H. Regional differences in thermal adaptation of a cold-water fish Rhynchocypris oxycephalus revealed by thermal tolerance and transcriptomic responses. Scientific Reports, 2018, 8: 11703.
13. Tang Q., Li X., Yu D., Zhu Y., Ding B., Liu H., Danley P. Saurogobio punctatus sp. nov., a new cyprinid gudgeon (Teleostei: Cypriniformes) from the Yangtze River, based on both morphological and molecular data. Journal of Fish Biology, 2018, 92: 347-364.
14. Methling C., Douda K., Liu H., Rouchet R., Bartáková, V., Yu D., Carl Smith C., Reichard, M. Energetic costs in the relationship between bitterling and mussels in East Asia. Biological Journal of the Linnean Society, 2018, 125(4): 750-759.
15. 李小兵，唐琼英，俞丹，刘焕章. 基于线粒体Cyt b基因序列探讨长江流域斑点蛇鮈种群遗传结构和地理分化. 四川动物, 2018, 37(3): 251-259.
16. 俞丹, 沈中源, 张智, 张晨, 唐琼英, 刘焕章. 温度驯化对尖头鱥热耐受特征的影响. 水生生物学报, 2017, 41(3): 538-542.
17. Douda K, Liu H., Yu D., Rouchet R., Liu F., Tang Q., Methling C., Smith C., Reichard M. The role of local adaptation in shaping fish-mussel coevolution. Freshwater Biology. 2017, 62: 1858-1868.
18. Tang Q., Shi L., Liu F., Yu D., Liu H. Evolution and phylogenetic application of the MC1R gene in the Cobitoidea (Teleostei: Cypriniformes). Zoological Research, 2016, 37(5): 281-289.
19. 李小兵，唐琼英，俞 丹，刘焕章. 长江上游干流及赤水河蛇鮈遗传多样性与种群历史分析. 动物学杂志, 2016, 51(5): 833-843.
20. Yu D., He R., Tang Q. The complete mitochondrial genome sequence of Sinogastromyzon sichangensis (Cypriniformes, Balitoridae), Mitochondrial DNA, 2015, 26(6): 859-860.
21. Yu D., Chen M., Tang Q., Li X., Liu H. Geological events and Pliocene climate fluctuations explain the phylogeographical pattern of the cold water fish Rhynchocypris oxycephalus (Cypriniformes: Cyprinidae) in China. BMC Evolutionary Biology, 2014, 14:225.
22. Cheng P, Yu D., Liu S., Tang Q., Liu H. Molecular Phylogeny and Conservation Priorities of the Subfamily Acheilognathinae (Teleostei: Cyprinidae). Zoological Science, 2014, 31: 300-308.
23. Liao C., Yu D., Chen Y., Reichard M., Liu H. Reproductive behaviour of female rosy bitterling Rhodeus ocellatus in response to a female-biased operational sex ratio, Behaviour, 2014, 151: 755-768. (co-first author)
24. Yu D., Chen M., Zhou Z, Eric R., Tang Q., Liu H. Global climate change will severely decrease potential distribution of the East Asian coldwater fish Rhynchocypris oxycephalus (Actinopterygii, Cyprinidae), Hydrobiologia, 2013, 700: 23-32.
25. Liao C., Yu D., Chen Y., Liu H. Reproductive behavior of the male rose bitterling Rhodeus ocellatus as influenced by the operational sex ratio. Zoological Studies, 2013, 52: 21.
26. Tang Q., Liu S., Yu D., Liu H. Mitochondrial capture and incomplete lineage sorting in balitorinae loaches (Cypriniformes: Balitoridae) revealed by mitochondrial and nuclear gene sequences. Zoologica Scripta, 2012, 41: 233-247.
27. Liu S., Mayden R., Zhang J., Yu D., Tang Q., Deng X., Liu, H. Phylogenetic relationships among Cobitoidea (Teleostei; Cypriniformes) inferred from nuclear and mitochondrial genes and analyses of gene evolution. Gene, 2012, 508: 60-72.
28. 唐琼英，俞丹，杨金权，刘焕章. 犁头鳅属鱼类物种地理分化过程. 动 物 学 研 究 2010, 31(3): 230-238.
29. Yu D., Ding B., Liu H. Isolation and characterization of 11 polymorphic microsatellite loci for Saurogobio dabryi (Teleostei: Cyprinidae). Conservation Genetics Resources, 2009, 1: 471-473.
30. 唐琼英，俞丹，刘焕章. 斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)应该为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra). 动物学研究, 2008, 29(1): 1-9.


指导研究生情况
在读研究生：
吴雅涵（2020级硕士）

毕业研究生：
唐瑞（联培硕士，2021年毕业）
陈沙（联培硕士，2021年毕业）


备注
欢迎有生物学和生态学背景的考生报考。