谢尚潜
谢尚潜
出生年月：1985年10月
籍 贯：浙江
职 称：教授
联系电话：
联系邮箱：sqianxie@foxmail.com
研究方向：林木基因组学、生物信息学林木基因组学
实验室主页：www.xieslab.org
教育背景：
（1）2003年9月-2007年6月湖北大学，计算机科学与技术，本科
（2）2007年9月-2010年6月湖北大学，遗传学，硕士
（3）2010年9月-2013年9月南京农业大学，作物遗传育种，博士
学历：研究生；学位：博士
工作简历：
2017年1月-至今海南大学教授
2014年7月-2016年12月中山大学中山眼科中心博士后
社会兼职及荣誉称号
国家自然科学基金委员会基金评议专家
教学情况
主要承担《生物信息学》《生物统计学》等课程教学任务
本科生课程：热带园艺植物研究法研究生课程：生物信息学

科研概况
长期从事生物信息学与数据分析研究工作。本科毕业于计算机专业，硕士和博士分别进行数量遗传学和统计基因组学领域研究，并于眼科学国家重点实验室开展生物信息学方向的博士后研究，研究成果入选为“2015年度中国眼科学十大成就之一”。目前已在Nature Methods (IF=27)，Nucleic Acids Research (IF=11)等高水平杂志发表SCI论文十余篇，累计影响因子近100；主持国家级科研项目2项，科研经费100多万元，申请和授权国家发明专利2项，软件著作权2项。近年来主要开展基于基因组学和生物信息学研究，研究方向为：(1)高通量测序数据分析方法开发和应用；(2)热带植物重要功能性状的基因组学研究。详情可见实验室主页：www.xieslab.org
科研项目
（1） 国家自然科学基金，基于三代测序全长转录组的特异性Isoform识别方法研究及特征分析(**), 2018.01-2021.12，主持
（2） 国家自然科学基金，基于多组学先验信息的串联质谱数据库搜索方法研究及应用(**), 2017.01-2019.12，主持
（3） 海南大学科研启动基金，三代测序数据高效校正方法及应用(KYQD(ZR)1721), 2017.01-2022.01，主持
（4） 海南大学青年基金，三代测序全长转录组的基因表达丰度评估方法研究(hdkyxj201702), 2017.1-2018.12，主持
（5） 中国博士后科学基金，融入核糖体谱丰度信息的质谱数据库搜索方法研究(2015M582460), 2015.10-2016.10，主持
（6） 海南省重大科技计划项目，热带花卉（三角梅、文心兰）优质高效生产技术研究与示范(zdkj201815)，2018.5-2020.5，参加
代表性学术论文
2019
(1)Shang-Qian Xie#, Jian-Feng Xing#, Xiao-Ming Zhang#, Zhao-Yu Liu, Mei-Wei Luan, Jie Zhu, Peng Ling, Chuan-Le Xiao, Xi-Qiang Song*, Jun Zheng* and Ying Chen*. N6-methyladenine DNA Modification in The Woodland Strawberry (Fragaria vesca) Genome Reveals a Positive Relationship with Gene Transcription. 2019, Frontiers in Genetics, doi: 10.3389/fgene.2019.01288.
(2)Mei-Wei Luan#, Wei Chen#, Jian-Feng Xing, Chuan-Le Xiao, Ying Chen*, Shang-Qian Xie*. DNA N6-Methyladenosine modification role in transmitted variations from genomic DNA to RNA in Herrania umbratica. 2019, BMC genomics, 20:508 (Corresponding author)
(3)Zhao-Yu Liu#(本科生), Jian-Feng Xing#, Wei Chen#, Mei-Wei Luan, Rui Xie, Jing Huang, Shang-Qian Xie*, Chuan-Le Xiao*. MDR: an integrative DNA N6-methyladenine and N4-methylcytosine modification database for Rosaceae. 2019, Horticulture Research, 6: 78 (Corresponding author，Nature旗下唯一园艺领域Top期刊)
(4)Wen-Tai Ma#(本科生), Zhao-Yu Liu#(本科生), Xiao-Zhou Chen#, Zhen-Liang Lin, Zhong-Bing Zheng, Wei-Guo Miao*, Shang-Qian Xie*. A protein identification algorithm for tandem mass spectrometry by incorporating the abundance of mRNA into a binomial probability scoring model. 2019, Journal of Proteomics, 197:53-59 (Corresponding author)
2018
(5)Shang-Qian Xie#, Yue Han#, Xiao-Zhou Chen, Tai-Yu Cao, Kai-Kai Ji, Jie Zhu, Peng Ling* , Chuan-Le Xiao*. ISOdb: A comprehensive database of full-length isoforms generated by Iso-Seq. 2018, International Journal of Genomics, Article ID **
(6)Chuan-Le Xiao#, Shang-Qian Xie#, Qing-Biao Xie, Zhao-Yu Liu, Jian-Feng Xing, Kai-Kai Ji, Jun Tao*, Liangying Dai*, and Feng Luo*. N6-Methyladenine DNA modification in Xanthomonas oryzae pv. oryzicola genome,2018, Scientific Reports, 8: 12672 (Co-first author)
(7)J Li#, W Tang#, Y-W Zhang#, K-N Chen, C Wang, Y Liu, Q Zhan, C Wang, S-B Wang, Shang-Qian Xie*, L Wang*. Genome-Wide Association Studies for Five Forage Quality-Related Traits in Sorghum (Sorghum bicolor L.). 2018,Frontiers in Plant Science, 9: 1146 (Corresponding author)
(8)Qian Yu#, Bingying Lin#, Shang-Qian Xie#, Song Gao, Wei Li, Yizhi Liu, Hong-Wei Wang, Danping Huang and Zhi Xie. A homozygous mutation p.Arg2167Trp in FREM2 causes isolated cryptophthalmos. 2018, Human molecular genetics, 27(13): 2357-2366 (Co-first author)
(9)Chuan-Le Xiao, Song Zhu, Minghui He, De Chen, Qian Zhang, Ying Chen, Guoliang Yu, Jinbao Liu, Shang-Qian Xie, Feng Luo, Zhe Liang, De-peng Wang, Xiaochen Bo, Xiao-Feng Gu, Kai Wang and Guang-Rong Yan. N6-Methyladenine DNA Modification in the Human Genome. 2018, Molecular cell, 71(2): 306-318
2017
(10)Chuan-Le Xiao#, Ying Chen#, Shang-Qian Xie, Kai-Ning Chen, Yan Wang, Feng Luo, and Zhi Xie, MECAT: an ultra-fast mapping, error correction, and de novo assembly tool kit for single-molecule sequencing reads, Nature Methods, 2017, 14(11):1702-1704
(11)Hongwei Wang#, Yan Wang#, Shang-Qian Xie, Zhi Xie. Global and Cell-type Specific Properties of LincRNAs with Ribosome Occupancy. Nucleic Acids Research, 2017, 45 (5): 2786-2796
2016 and Previous
(12)Shang-Qian Xie#, Peng Nie#, Yan Wang#, Hongwei Wang, Hongyu Li, Zhilong Yang, Yizhi Liu*, Jian Ren*, Zhi Xie*. RPFdb: a database for genome wide information of translated mRNA generated from ribosome profiling. Nucleic Acids Research, 2016, 44(D1): D254-258（“2015中国眼科十大成就”之一）
(13)Shang-Qian Xie, JianGuo Chen, Bruce Walsh. Genetic mapping of sterile genes with epistasis in backcross designs. Heredity, 2014, 112: 165-171
(14)Shang-Qian Xie#, Jian-Ying Feng#, Yuan-Ming Zhang. Linkage group correction using epistatic distorted markers in F2 and backcross populations. Heredity, 2014, 112: 479-488
(15)Shang-Qian Xie, Jia Wen, Yuan-Ming Zhang. Multi-QTL mapping for quantitative traits using epistatic distorted markers. PLoS ONE, 2013, 8(7): e68510
(16)Shang-Qian Xie, JianGuo Chen. A statistical method for genetic mapping of sterility genes that exhibit epistasis in remote hybridization of plants using molecular markers in an F2 population. Chin Sci Bull, 2012, 57: 2681-2687


申请专利
谢尚潜，肖传乐，谢志.基于多组学丰度信息的蛋白质二级质谱鉴定方法（专利号：0.7）.
谢尚潜，刘宇枭，林加论，邢剑锋.一种单细胞测序的数据分类方法（专利号：1.7）