数学系成立于2001年，现有 “信息与计算科学”和“数学与应用数学”两个本科专业和数学一级学科硕士点。信息与计算科学专业2001年开始招收本科生，2010年评为海南省特色专业，数学与应用数学专业自2006年开始招收本科生,2019年入选“双万计划”省级一流本科专业建设点，第二学士学位招生专业，2020年入选国家一流本科专业建设点，数学硕士点2006年开始招生。
数学系拥有一批学术造诣较高、研究成果丰硕的教学科研队伍，研究领域涵盖基础数学、应用数学、计算数学、运筹学与控制论、概率论与数理统计。现有专任教师28人，包括教授8人，副教授7人，具有博士学位教师15人，入选国家百千****才工程，被授予“有突出贡献中青年专家”荣誉称号1人，国务院政府特殊津贴专家2人，宝钢优秀教师奖1人，南海名家2人，海南省杰出人才1人，领军人才2人。柔性引进俄罗斯院士团队，团队包括2位俄罗斯科学院通讯院士、1位白俄罗斯国家荣誉科学家、1位俄罗斯总统奖和俄罗斯年轻科学家奖章获得者。建有院士工作站，进站院士是日本工程院外籍院士施建明教授。“图论与最优化方法”人才团队入选海南省首批“双百”人才团队。与俄罗斯圣彼得堡数学研究所合作的“科研创新团队” 项目入选“一院一校”计划2020年重点项目。是“国家天元数学东南中心”共建单位。近五年来，教师主持国家自然科学基金项目11项，省级项目18项，科研经费400多万元；发表学术论文200余篇，其中SCI收录70余篇；以第一完成人获海南省科技进步一、二、三等奖各1项。
数学系现有在读本科生400余人，硕士研究生45人。坚持“支撑引领、特色取胜、高位嫁接、开放创新”的发展理念，培养具有坚实基础理论知识、具备科学研究、科技开发能力的新型数学专业人才。积极鼓励学生积极参与到丰富多彩的校园文化活动中去，丰富学生的第二课堂，提升学生综合素质。积极组织学生参加“全国大学生数学建模竞赛”、“全国大学生数学竞赛”、“美国大学生数学建模竞赛”、“互联网＋大学生创新创业大赛”等各级各类学科竞赛，近五年，培养学生共获国家一等奖6项、国家二等奖40余项，省级一等奖150余项，学生发表SCI论文和申请专利等30余项。至今，数学系已为国家输送了上千名合格的数学专业人才，大多数已成为各自岗位上的优秀骨干。