李霞简历
个人简介：
李霞，国家二级教授、博士、博士生导师、国务院特殊津贴获得者、“龙江学者”特聘教授、海南省热带疾病组学大数据创新研究团队带头人、省级教学名师，省级优秀中青年专家、省级领军人才梯队带头人、北京“百千万人才工程”入选者、五洲女子科技奖获得者、黑龙江省生物医学工程(生物信息学)一级学科重点学科带头人，哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院院长，海南医学院医学信息与工程学院名誉院长，海南医学院生物医药健康大数据中心主任。
李霞教授率先创建了国际一流、国内领先且规模最大的生物医学信息学创新型人才培养团队；主持建立的生物信息学与计算系统生物学教育教学体系已经成为国家计算生物学教育的模板。2003年创办了我国第一个生物医学信息科学技术本科专业，主编了第一部“十二五”高等教育本科国家级规划教材《生物信息学》；培养了大批国家急需的生物医学信息学工程科学技术的本科、硕士和博士等创新型人才1600余人（李霞教授培养优秀博士、硕士120余人），为推动我国生物医学信息学学科发展和交叉创新型人才培养做出了重大贡献。
李霞教授承担省部级教育教学课题10余项，获省级以上教学成果奖2项，任国家首部《生物信息学》（第一版及第二版）规划教材主编、卫生部规划教材《卫生管理运筹学》副主编，主编人卫出版社《生物信息学理论与医学实践》专著一部，并主编《药学信息文献检索》等省部级教材10余部。

主要研究方向：
生物信息学、计算系统生物学、生物信息和医疗信息大数据
李霞教授研究方向涉及生物医学工程、药物组信息学、生物信息学、生物软件工程多个领域，包括：基于生物谱的重大疾病生物标志物识别与分子分型；重大疾病非编码miRNA、LncRNA分子因子识别；人类分子生物网络（SNPs网、基因调控网、miRNA-mRNA协同调控网、蛋白质互作网络等）重建；复杂疾病的风险miRNA、LncRNA调控子通路识别等系列创新方法与技术。李霞教授创建了国际一流、国内领先的生物医学信息学工程科学技术研发团队，主持承担了国家863、973、重大研发计划等项目，提出了疾病生物医学组学大数据挖掘系列创新方法与技术，开发了多功能生物医学大数据系列分析平台，创造性地解决了大量生物医学信息学科学技术关键问题，在生物医学信息学工程科学技术、生物医学大数据大健康工程科学技术方面做出了重大的、创造性的成就和贡献，取得了大量的原创性成果，在国内外学术界和生物医学信息工程科学技术领域产生了重大影响。在国外著名生命科学杂志《Nucleic Acids Research》 (32篇，最高SCI IF：11.561), 《Nature Communication》，《Cancer Research》,《Trends in Biochemical Science》等上发表SCI论文近200篇（SCI影响因子大于10的20余篇），累计SCI影响因子千余点，Google学术引用近5000次，H指数达到40以上。

发表文章：
发表SCI论文200余篇，仅列近5年影响因子大于10论文：
1)Li, Y., Y. Zhang, X. Li, S. Yi, and J. Xu, Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology. Trends Biochem Sci, 2019. 44(8): p. 659-674 (SCI: 16.889)
2)Li, Y., D.J. McGrail, J. Xu, J. Li, N.N. Liu, M. Sun, R. Lin, R. Pancsa, J. Zhang, J.S. Lee, H. Wang, G.B. Mills, X. Li, S. Yi, and N. Sahni, MERIT: Systematic Analysis and Characterization of Mutational Effect on RNA Interactome Topology. Hepatology, 2019. 70(2): p. 532-546. (SCI: 14.971)
3)Wang, P., Q. Guo, Y. Hao, Q. Liu, Y. Gao, H. Zhi, X. Li, S. Shang, S. Guo, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li*, LnCeCell: a comprehensive database of predicted lncRNA-associated ceRNA networks at single-cell resolution. Nucleic Acids Res, 2021. (SCI: 11.502)
4)Gao, Y., S. Shang, S. Guo, X. Li, H. Zhou, H. Liu, Y. Sun, J. Wang, P. Wang, H. Zhi, X. Li*, S. Ning, and Y. Zhang, Lnc2Cancer 3.0: an updated resource for experimentally supported lncRNA/circRNA cancer associations and web tools based on RNA-seq and scRNA-seq data. Nucleic Acids Res, 2021. (SCI: 11.502)
5)Gao, Y., X. Li, S. Shang, S. Guo, P. Wang, D. Sun, J. Gan, J. Sun, Y. Zhang, J. Wang, X. Wang, X. Li*, Y. Zhang, and S. Ning, LincSNP 3.0: an updated database for linking functional variants to human long non-coding RNAs, circular RNAs and their regulatory elements. Nucleic Acids Res, 2021(SCI: 11.502)
6)Li, Y., T. Jiang, W. Zhou, J. Li, X. Li, Q. Wang, X. Jin, J. Yin, L. Chen, Y. Zhang, J. Xu, and X. Li*, Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers. Nat Commun, 2020. 11(1): p. 1000. (SCI: 12.121)
7)Wang, P. #, X. Li#, Y. Gao#, Q. Guo#, S. Ning#, Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang*, S.X. Chen*, and X. Li*, LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation.Nucleic Acids Res, 2020. 48(D1): p. D111-D117 (SCI: 11.147)
8)Zhao, H. #, J. Shi#, Y. Zhang#, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang*, Y. Xiao*, and X.Li*, LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases.Nucleic Acids Res, 2020.(SCI: 11.147)
9)Wang, Z. #, J. Yin#, W. Zhou#,J. Bai#, Y. Xie, K. Xu, X. Zheng, J. Xiao, L. Zhou, X. Qi*, Y. Li*, X. Li*, and J. Xu*, Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types. Nucleic Acids Res, 2020 (SCI: 11.147)
10)Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, S. Ning, Y. Zhang, S. Shang, J. Wang, Y. Wang, H. Zhi, Y. Fang, W. Shen, G. Zhang, S.X. Chen, and X. Li, LnCeVar: a comprehensive database of genomic variations that disturb ceRNA network regulation. Nucleic Acids Res, 2019. (SCI: 11.147)
11)Zhao, H., J. Shi, Y. Zhang, A. Xie, L. Yu, C. Zhang, J. Lei, H. Xu, Z. Leng, T. Li, W. Huang, S. Lin, L. Wang, Y. Xiao, and X. Li, LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA-target regulations in human diseases. Nucleic Acids Res, 2019. (SCI: 11.147)
12)Wang, Z. #, J. Yin#, W. Zhou#, J. Bai#, Y. Xie, K. Xu, X. Zheng, J. Xiao, L. Zhou, X. Qi, Y. Li, X. Li, and J. Xu, Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types. Nucleic Acids Res, 2020 (SCI: 11.147)
13)Gao, Y., P. Wang, Y. Wang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, X. Li, Y. Fang, W. Shen, Y. Xu, S. Shang, L. Wang, L. Wang, S. Ning, and X. Li, Lnc2Cancer v2.0: updated database of experimentally supported long non-coding RNAs in human cancers. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D1028-D1033. (SCI: 11.147)
14)Wang, P., X. Li, Y. Gao, Q. Guo, Y. Wang, Y. Fang, X. Ma, H. Zhi, D. Zhou, W. Shen, W. Liu, L. Wang, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li, LncACTdb 2.0: an updated database of experimentally supported ceRNA interactions curated from low- and high-throughput experiments. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D121-D127. (SCI: 11.147)
15)Yuan, H., M. Yan, G. Zhang, W. Liu, C. Deng, G. Liao, L. Xu, T. Luo, H. Yan, Z. Long, A. Shi, T. Zhao, Y. Xiao, and X. Li, CancerSEA: a cancer single-cell state atlas. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D900-D908. (SCI: 11.147)
16)Zhang, X., Y. Lan, J. Xu, F. Quan, E. Zhao, C. Deng, T. Luo, L. Xu, G. Liao, M. Yan, Y. Ping, F. Li, A. Shi, J. Bai, T. Zhao, X. Li, and Y. Xiao, CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Res, 2019. 47(D1): p. D721-D728. (SCI: 11.147)
17)Li, Y., L. Li, Z. Wang, T. Pan, N. Sahni, X. Jin, G. Wang, J. Li, X. Zheng, Y. Zhang, J. Xu, S. Yi, and X. Li, LncMAP: Pan-cancer atlas of long noncoding RNA-mediated transcriptional network perturbations. Nucleic Acids Res, 2018. 46(3): p. 1113-1123. (SCI: 11.147)
18)Lu, J., J. Xu, J. Li, T. Pan, J. Bai, L. Wang, X. Jin, X. Lin, Y. Zhang, Y. Li, N. Sahni, and X. Li, FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators. Nucleic Acids Res, 2018. 46(19): p. 10019-10033. (SCI: 11.147)
19)Zhi, H., X. Li, P. Wang, Y. Gao, B. Gao, D. Zhou, Y. Zhang, M. Guo, M. Yue, W. Shen, S. Ning, L. Jin, and X. Li, Lnc2Meth: a manually curated database of regulatory relationships between long non-coding RNAs and DNA methylation associated with human disease. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1): p. D133-D138. (SCI: 11.147)
20)Zhang, H., S. Luo, X. Zhang, J. Liao, F. Quan, E. Zhao, C. Zhou, F. Yu, W. Yin, Y. Zhang, Y. Xiao, and X. Li, SEECancer: a resource for somatic events in evolution of cancer genome. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1): p. D133-D138. (SCI: 11.147)
21)Zhang, G., J. Shi, S. Zhu, Y. Lan, L. Xu, H. Yuan, G. Liao, X. Liu, Y. Zhang, Y. Xiao, and X. Li, DiseaseEnhancer: a resource of human disease-associated enhancer catalog. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1): p. D78-D84. (SCI: 11.147)
22)Yue, M., D. Zhou, H. Zhi, P. Wang, Y. Zhang, Y. Gao, M. Guo, X. Li, Y. Wang, Y. Zhang, S. Ning, and X. Li, MSDD: a manually curated database of experimentally supported associations among miRNAs, SNPs and human diseases. Nucleic Acids Res, 2018. 46(D1): p. D181-D185. (SCI: 11.147)
23)Zhang, H., Y. Deng, Y. Zhang, Y. Ping, H. Zhao, L. Pang, X. Zhang, L. Wang, C. Xu, Y. Xiao, and X. Li, Cooperative genomic alteration network reveals molecular classification across 12 major cancer types. Nucleic Acids Res, 2017. 45(2): p. 567-582. (SCI: 11.561)
24)Ning, S., M. Yue, P. Wang, Y. Liu, H. Zhi, Y. Zhang, J. Zhang, Y. Gao, M. Guo, D. Zhou, X. Li, and X. Li, LincSNP 2.0: an updated database for linking disease-associated SNPs to human long non-coding RNAs and their TFBSs. Nucleic Acids Res, 2017. 45(D1): p. D74-D78. (SCI:11.561)
25)Xu, J., Feng, L., Han, Z., Li,Y., Wu, A., Shao, T., Ding, N., Li, L., Deng, W., Di, X., Wang, J., Zhang, L., Xia, L., Zhang, K., and Cheng, Sh.. Extensive ceRNA–ceRNA interaction networks mediated by miRNAs regulate development in multiple rhesus tissues. Nucleic Acids Research, 2016, 44(19): p. 9438–9451. (SCI:10.162)
26)Ning, S., J. Zhang, P. Wang, H. Zhi, J. Wang, Y. Liu, Y. Gao, M. Guo, M. Yue, L. Wang, and X. Li, Lnc2Cancer: a manually curated database of experimentally supported lncRNAs associated with various human cancers. Nucleic Acids Res, 2016. 44(D1): p. D980-D985. (SCI:10.162)
27)Li, Y., J. Xiao, J. Bai, Y. Tian, Y. Qu, X. Chen, Q. Wang, X. Li, Y. Zhang, and J. Xu, Molecular characterization and clinical relevance of m(6)A regulators across 33 cancer types. Mol Cancer, 2019. 18(1): p. 137. (SCI: 10.679)
28)Zhang, H., J. Liao, X. Zhang, E. Zhao, X. Liang, S. Luo, J. Shi, F. Yu, J. Xu, W. Shen, Y. Li, Y. Xiao, and X. Li, Sex difference of mutation clonality in diffuse glioma evolution. Neuro Oncol, 2019. 21(2): p. 201-213. (SCI: 10.091)


成果奖励：
1)李霞等，癌症风险非编码 RNA 识别的关键技术及应用，教育部高等学校科学研究优秀成果奖二等奖（2019年）。
2)李霞等，癌症风险非编码（lncRNA/miRNA）标志物识别及其协同调控功能研究，黑龙江省政府科学技术二等奖（2019年）。
3)李霞等,恶性肿瘤风险非编码RNA的调控机制研究及大数据平台应用，中华医学科技奖三等奖（2020年）。
4)李霞等，癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，黑龙江省政府科学技术（自然类）二等奖（2015年）。
5)李霞等，癌风险生物标志物识别的生物信息融合系列方法研究，黑龙江省政府科学技术（自然类）二等奖（2010年）。
6)李霞等，人类复杂疾病靶基因功能模块挖掘与基因网络重建方法研究，黑龙江省政府科学技术（自然类）二等奖（2008年）。
7)李霞等，复杂疾病基因作图的模式识别方法研究，黑龙江省政府科学技术（自然类）二等奖（2005年）。
8)李霞等，癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别，中华医学科技奖三等奖（2015年）。
9)李霞等，癌风险生物标志物及风险通路识别的生物信息融合系列方法研究，中华医学科技奖三等奖（2011年）。
10)李霞等，基于遗传谱和表达谱的复杂疾病基因挖掘信息学方法研究，中华医学科技奖三等奖（2006年）。
11)李霞等，癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，黑龙江省教育厅高校科技二等奖（2015年）。
12)李霞等，癌风险生物标志物识别的生物信息融合系列方法研究，黑龙江省教育厅高校科技一等奖（2010年）。
13)李霞等，人类复杂疾病靶基因功能模块挖掘与基因网络重建方法研究，黑龙江省教育厅高校科技一等奖（2008年）。
14)李霞等，基于SNP遗传谱和表达谱的基因挖掘方法研究，黑龙江省教育厅高校科技一等奖（2006年）。
15)李霞等，复杂疾病基因作图的模式识别方法研究，黑龙江省教育厅高校科技一等奖（2005年）。


专利及软件著作权
1)一种lncRNA学习系统（专利号：202010973090.8，2020年）
2)一种非编码RNA调控风险靶通路的识别方法及系统（专利号：10641994.0，2020年）
3)一种便携式体征信号监测装置（专利号：ZL 2014 2 0033857.9，2014年）
4)一种电泳成分分析方法和系统(专利号：201010263477.0，2011年）
5)癌症风险lncRNA数据平台（软件著作权：2016R11L668219，2016年）
6)生物学关系集合富集分析软件（软件著作权：2016R11L668229，2016年）
7)microRNA介导的疾病风险子通路识别软件（软件著作权：2016R11L668231，2016年）
8)长非编码RNA本体论软件（软件著作权：2016R11L668233，2016年）
9)单碱基预测MeDIP-seq数据甲基化信号软件（软件著作权：2016R11L668234，2016年）
10)药物反应通路分析平台（软件著作权：2013SR013446，2013年）
11)人类miRNA前体预测中优化特征识别软件（软件著作权：2012SR004737，2012年）
12)复杂疾病基因识别软件（软件著作权：2011R11L100044，2011年）
13)时间延迟基因调控网络构建软件(软件著作权：2011R11L100047， 2011年）
14)基于熵定量筛选差异甲基化区域软件（软件著作权：2011R11S006683，2011年）
15)人类组蛋白修饰查询系统（软件著作权：2011R11S006682，2011年）
16)基于互信息预测哺乳动物基因组CpG岛预测软件（软件著作权：2011R11S006681，2011年）
科研项目（仅列国家级）
1. 国家高技术研究发展计划（863计划）：
1) 人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设 (2014AA021102)
2) 面向转化医学的生物医学信息集成体系及计算平台研究 (2007AA02Z329)
3) 中药抑癌分子机理基因芯片技术平台 (2003AA2Z2051)
4) 原位合成基因芯片技术的研发 (2002AA2Z2052)
2.国家重点基础研究发展计划（973计划）
1) 衰老与代谢相关疾病风险通路区域和关键节点识别的系统生物学研究(2014CB910504)
2) 复杂疾病靶基因功能识别与网络重建的系统生物信息融合方法研究 (2008CB517302)
3.国家自然科学基金项目
1)重大研究计划（培育项目）：心血管疾病风险循环非编码RNA（miRNA/LncRNA)识别及其协同调控风险通路功能分析 (91439117)
2)重大研究计划（培育项目）：整合多维高通量组学数据解析炎癌转化的关键基因与功能通路 (91129710)
3)面上项目：解析增强子变异与长链非编码RNA介导的癌症竞争性内源ceRNA网络及其功能研究(32070673)；
4)面上项目：重大疾病基因组与表观组改变驱动的非编码RNA(miRNA / lncRNA)调控机制及其功能研究（61873075）
5)面上项目：癌症非编码miRNA-lncRNA协同调控网络重构与功能特性研究(61473106)
6)面上项目：复杂疾病miRNA多态风险位点识别及其生物学功能分析 (61073136)
7)面上项目：复杂疾病关联的miRNA-mRNA功能模块识别的信息融合方法研究 (30871394)
8)面上项目：基于生物谱的复杂疾病基因识别系统融合分析方法研究 (30571034)
9)面上项目：人类复杂疾病基因表达谱特征基因识别技术 (30370798)
10)面上项目：多基因复杂遗传疾病基因作图的模式识别与特征提取技术 (30170515)
11)面上项目：人类复杂疾病基因定位的方法与优化策略 (39970397, 参加)

学术荣誉
1)国务院特殊津贴获得者
2)“龙江学者”特聘教授
3)海南省热带疾病组学大数据创新研究团队带头人
4)省级教学名师
5)省级优秀中青年专家
6)省级领军人才梯队带头人
7)北京“百千万人才工程”入选者
8)五洲女子科技奖获得者
9)黑龙江省生物医学工程(生物信息学)一级学科重点学科带头人
学术兼职
李霞教授现任中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学专业委员会会长、黑龙江省生物信息学学会会长，被聘为科技部重点研发项目评审专家、国家863项目评审专家、国家自然科学基金评审专家、国家自然科学基金学科组评审专家、全国高等学校临床医学专业八年制卫生部规划教材《生物信息学》主编、《生物信息学理论与医学实践》主编、《医用高等数学》主编、国际著名杂志《Nucleic Acids Research》、《Bioinformatics》等论文评审专家、《中国生物工程》杂志理事、《生物信息学》、《生物物理学报》等杂志编委、中国信息协会常务理事等。