一、个人情况概括
徐娟，教授、博士。2008年保送博士，2011年完成硕士和博士学位，获省优秀毕业生，并留校任教。2012年破格副教授，2017年晋升教授。任海南省“千人专项”领军人才、省生物医学工程学科后备带头人、学院副院长、黑龙江省生物信息学学会副理事长、中国计算机学会生物信息学专委会通讯委员、省青年科技工作者协会理事、中国青年科技工作者协会会员、《Frontiers in genetics》期刊topic编辑等。
研究方向为医学生物信息学，针对复杂疾病非编码RNA的识别、调控与功能这一基本而关键的科学问题，研究团队近年来一直从事复杂疾病ncRNA的生物信息学理论与方法研究，形成了以ncRNA-ceRNA协同调控复合功能模块为特色的系统生物信息学研究策略，国内领先。在《Trends in Biochemical Sciences》（封面文章，SCI IF：16.889）、《Hepatology》（SCI IF：14.971）、《Nature Communication》（SCI IF：11.878）、《Nucleic Acids Research》（SCI IF：11.147）、《Molecular Cancer》（SCI IF：10.679）等知名期刊发表SCIIF>10的有13篇（第一/通讯作者11篇），累计SCI影响因子350余点；JCR1区19篇、2区12篇；单篇最高引用251次，累积引用1300余次，H-index为19。开发的平台已累计被70余个国家40000余次访问，多个平台被omicX收录为ncRNA-ceRNA研究的重要工具。LncMAP评为最受欢迎的平台之一。获中华医学科技奖、省政府科学技术奖、省青年科技奖、省高校科学技术奖，软件著作权、校十大杰出青年专家等。主持国自然3项、中国博士后特别资助等十余项；作为骨干参加863、国家重点研发计划重点专项等。获黑龙江省杰出青年、省普通本科高等学校青年创新人才和哈尔滨科技创新人才等5项人才工程资助。
近五年本科和研究生累计授课1000余学时，以《基因组信息学》、《生物信息学》等专业课为主，累计本科和研究生生6400余人。指导和辅助指导的硕士和博士多次获黑龙江省优秀毕业研究生及国家奖学金等。值得一提的是，团队辅助培养的8名博士生毕业生，有2名在211学校谋得职位，3名在University of Pennsylvania、MD Anderson Cancer Center等进行博士后工作，以第一作者在《Nature Reviews genetics》（SCI IF: 43.704）、《Cell Stem Cell》（SCI IF: 21.464）等顶级期刊发表文章，大大提高了在国内外的知名度。留在团队的博士毕业生均毕业一年后获国自然青年项目，破格副教授。团队培养的硕士研究生有考取本团队继续深造，也有考取上海交通大学、复旦大学、同济大学、澳门大学等单位的博士研究生，剩下的则在华大基因、博奥等公司谋得职位，发展良好。此外，申请人团队已指导10届近50人的本科学业指导，8届近40余人的本科毕业设计，多次被评为校优秀本科毕业生指导教师。综上，申请人课题团队为学生培养提供充足的学习科研空间，积极培养生物信息复合型人才。申请人获霍英东青年教师奖、数学建模竞赛国际二等奖指导教师、校师德先进个人、教学能手、毕业设计优秀指导教师等。
申请人主持/参加省教改课题4项，发表多篇国家级教学论文，编写国家规划教材《生物信息学》（第一、二版）和"十三五"全国高等医学院校本科规划教材《医用高等数学》、以第二主编编写英文专著《ncRNA and complex diseases》及其他中英文论著6部。自2011年起，申请人积极开展和参与生物信息学暑期学校及教师培训工作，2000余研究生、临床医师和高校教师获益。作为教学副院长，保持生物信息学本科专业处于国内领先地位；高居全省高校毕业生本科就业率"十强"榜；注重学生基础专业能力，创新创业能力和社会实践能力的综合培养，近三年本科生发表SCI论文45篇、主持国家及省部级创新创业项目34项，获大学生创新创业大赛国家铜奖、中国创新方法大赛国家二等奖等10项、获数学建模比赛国际一等奖等120余项，实现数学建模竞赛国际一等奖及全国一等奖的新突破；组织编写生物信息学专业系列教材，拟主编《ncRNA与复杂疾病的信息学》；组织并完成《基于生命组学大数据的生物信息学》录制填补在线课程空白。
自引进海南医学院至今，申请人已协助学校完成新增生物信息学本科专业，并建设生物医药健康大数据中心和生物医学工程学科，该学科被列入海南省新增博士学位授予单位和学位授权点立项建设规划。未来工作中，申请人将紧紧围绕海南省发展战略，结合国家生物医学大数据的发展战略规划，发挥自身优势，有目的、有计划、有组织地推动科技成果转化。整合海南地区独具特色的人类健康大数据资源，提出疾病生物医学组学大数据挖掘系列人工智能创新方法与技术，研发多功能重大疾病生物医学大数据系列分析软件与平台，对海南医疗卫生事业的发展创造有力条件。

二、教育与工作经历
1.教育经历
1）2002年8月-2006年6月 陕西师范大学，学士，信息与计算科学
2）2006年8月-2011年6月 哈尔滨医科大学，博士，生物物理学(导师:李霞教授)

2.科研与学术工作经历
1）2020年2月-至今 海南省“千人专项”领军人才
2）2019年12月-至今 海南医学院 教授
3）2019年6月-2019年11月 生物信息科学与技术学院 副院长
4）2018年9月-2019年11月 黑龙江省生物医学工程学科后备带头人
5）2017年8月-2019年11月 哈尔滨医科大学 教授
6）2012年8月-2017年7月 哈尔滨医科大学 副教授
7）2012年8月-2017年7月 哈尔滨医科大学 博士后(药学流动站，导师:杜智敏 杨宝峰院 士)
8）2011年7月-2012年7月 哈尔滨医科大学 讲师



三、个人获奖目录
1.2018年, 教育部霍英东教育基金会授予“霍英东青年教师奖”
2.2017年，黑龙江省组织部和黑龙江省科技部授予“黑龙江省青年科技奖”
3.2018年，美国数学建模竞赛组委会授予“数学建模竞赛国际二等奖（指导教师）”
4.2018年，中国数学建模竞赛组委会授予“数学建模竞赛省二等奖（指导教师）”
5.2011年，黑龙江省政府授予“黑龙江省优秀毕业研究生”
6.2019年，哈尔滨医科大学授予“十大杰出青年专家”
7.2019年，哈尔滨医科大学授予“师德先进个人”
8.2018年，哈尔滨医科大学授予“教学能手”
9.2017年，哈尔滨医科大学授予“青年科技人才”
10.2016年，哈尔滨医科大学授予“师德师风建设标兵”
11.2017年，哈尔滨医科大学授予“优秀教师”
12.2016年，哈尔滨医科大学授予“优秀教师”
13.2013-2019年，哈尔滨医科大学多次授予“优秀本科生论文指导教师”


四、学术兼职及佐证材料
1.2020年，海南省“千人专项”领军人才
2.2018年，黑龙江省生物医学工程学科后备带头人
3.2018年，黑龙江省生物信息学一级学会副理事长
4.2019年，黑龙江省青年科技工作者协会理事
5.2019年，中国计算机学会生物信息学专委会通讯委员
6.2019年，黑龙江省头雁团队骨干成员
7.2019年，Frontiers in genetics杂志topic编辑
8.2018年，中国青年科技工作者协会会员


五、主持/参与科研项目
1.国家自然科学基金面上项目，31871338，恶性肿瘤关键突变介导的circRNA-lncRNA-miRNA多层次调控网络扰动模型构建及分析研究，2019-01至2022-12，在研，主持
2.国家自然科学基金面上项目，31571331，心血管发育与疾病中非编码RNA的表观遗传调控机制及其功能研究，2016-01至2019-12，已结题，主持
3.黑龙江省自然科学基金杰出青年基金，JQ2019C004，重大疾病非编码RNA（ncRNA）组学大数据的生物信息学理论与方法，2019-07至2022-07，在研，主持
4.黑龙江省领军人才梯队后备带头人资助（创新研发类），2020-01至2021-12，在研，主持
5.国家自然科学基金青年项目，61203264，基于生物数据融合的恶性肿瘤中miRNA-ceRNA复合协同调控模式的研究，2013-01至2015-12，已结题，主持
6.中国博士后第七批特别资助，2014T70364，融合生物数据识别复杂疾病lncRNA及其功能研究，2014-07至2017-07，已结题，主持
7.黑龙江省普通本科高等学校青年创新人才，UNPYSCT-2016189，心血管疾病关键ncRNA的优化及其调控机制的计算生物学研究，2017-09至2019-09，已结题，主持
8.中国博士后第52批面上项目，2013M571436，基于miRNA-miRNA协同调控模式识别恶性肿瘤的分子标记，2013-07至2017-02，已结题，主持
9.黑龙江省博士后启动基金，LBH-Q17110融合多组学数据解析心血管疾病 lncRNA的多层次调控机制，2018-01至2019-12，已结题，主持；
10.哈尔滨市科技创新人才，RC2015QN003080，基于生物大数据融合的恶性肿瘤精准靶标识别，2015-09至2017-09，已结题，主持
11.哈尔滨医科大学于维汉杰出青年基金，复杂疾病非编码RNA识别和功能分析，2014-07至2017-07，已结题，主持
12.国家高技术研究发展计划（863计划），2014AA021102，人类非编码RNA的系统识别与功能分析平台建设，2014-08至2016-08，已结题，参与骨干
13.国家重点研发计划"重大慢性非传染性疾病防控研究"重点专项，2017YFC1307400动脉粥样硬化与心力衰竭的动态演变特征和分子基础研究，2017.1-2021.12，在研，参与骨干，
其他能证明本人学术技术水平的证书等；

六、科研成果目录
1.2015.12，黑龙江省政府授予黑龙江省科学技术奖（自然类），二等奖，癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，排名第三
2.2015.12，中华医学会授予中华医学科技奖，三等奖，癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，排名第三
3.2019.02，黑龙江省高校科学技术奖励委员会授予黑龙江省高校科学技术奖，一等奖，基于生物数据融合的恶性肿瘤中miRNA-ceRNA复合协同调控模式的研究，排名第一
4.2015.03，黑龙江省高校科学技术奖：癌风险miRNA及协同调控风险通路(pathway)识别方法研究，二等奖，排名第三
5.2012.08，哈尔滨市自然科学技术学生成果奖领导小组授予哈尔滨市自然科学技术学术成果奖，一等奖，基于miRNA-miRNA功能协同调控网络剖析疾病miRNA的拓扑特性，排名第一
6.2014.08，哈尔滨市自然科学技术学生成果奖领导小组授予哈尔滨市自然科学技术学术成果奖，二等奖，恶性胶质瘤进展相关的miRNA识别以及功能分析，排名第二
7.2012.08，哈尔滨市自然科学技术学生成果奖领导小组授予哈尔滨市自然科学技术学术成果奖，优秀奖，优化疾病风险miRNA基于其在miRNA-靶基因失调网络中的拓扑特征，排名第一
科研成果鉴定书，成果转化或推广应用情况资料；

七、已出版教材与专著
1.《ncRNA and complex disease》，2018年，Springer出版社（第二主编），已被SCI收录，影响因子为2.126。
2.《生物信息学》（第2版）（卫生部八年制规划教材），李霞 主编，2015 年，人民卫生出版社（主要参与者），已成为各大高校生物信息学生的必备书籍，被广大读者称作“绿宝书”。
3.《生物信息学》（卫生部八年制规划教材），李霞 主编，2010 年，人民卫生出版社（主要参与者）
4.《医用高等数学》（“十三五” 全国高等医学院校本科规划教材），2018 年，北京大学医学出版社，已成为各大医学院校各个专业一年级本科生高等数学课程的必备教材。
5.《Computational epigenetics for breast cancer》，2019年，Elsevier出版社。
6.《Functional Genomics》（the third edition），2017年，springer出版社。
7.《Systems Biology in Cancer Research and Drug Discovery》，2012年，springer出版社。
8.《非编码微小分子RNA 与心脏疾病-----基础研究与临床应用》，2017年。
9.《生物医学研究的统计方法》（第二版），高等教育出版社，2019年。

八、发表科研论文
1. 5篇代表性科研论文
1）Yongsheng Li#; Yunpeng Zhang#; Xia Li*; Song Yi*;Juan Xu*; Gain-of-Function Mutations: An Emerging Advantage for Cancer Biology. Trends in Biochemical Sciences, 2019, 44(8): 659-674.(封面文章，JCR 1区，SCI IF:16.889)
2）Zishan Wang#; Jiaqi Yin#; Weiwei Zhou#; Jing Bai#; Yunjin Xie; Kang Xu; Xiangyi Zheng; Jun Xiao; Li Zhou; Xiaolin Qi*; Yongsheng Li*; Xia Li*; Juan Xu*; Complex impact of DNA methylation on transcriptional dysregulation across 22 human cancer types , Nucleic Acids Research, 2020, 48(5): 2287-2302.(JCR 1区，SCI IF:11.147)
3）Juan Xu#*; Tingting Shao#; Mingxu Song#; Yunjin Xie; Jialiang Zhou; Jiaqi Yin; Na Ding; Haozhe Zou; Yongsheng Li*; Jiwei Zhang*; MIR22HG acts as a tumor suppressor via TGFbeta/SMAD signaling and facilitates immunotherapy in colorectal cancer. Molecular Cancer, 2020, 19(1): 1-15.(JCR 1区，SCI IF:10.679)
4）Yongsheng Li#*; Tiantongfei Jiang#; Weiwei Zhou#; Junyi Li; Xinhui Li; Qi Wang; Xiaoyan Jin; Jiaqi Yin; Liuxin Chen; Yunpeng Zhang; Juan Xu*; Xia Li*; Pan-cancer characterization of immune-related lncRNAs identifies potential oncogenic biomarkers. Nature Communications, 2020, 11(1).(JCR 1区，SCI IF:11.878)
5）Juan Xu#; Yongsheng Li#; Jianping Lu#; Tao Pan; Na Ding; Zishan Wang;Tingting Shao; Jinwen Zhang; Lihua Wang*; Xia Li*; The mRNA related ceRNA–ceRNA landscape and significance across 20 major cancer types, Nucleic Acids Research, 2015, 43(17): 8169-8182.(JCR 1区，SCI IF:11.147)
#:第一作者
*:通讯作者
2.其他科研论文
1)Xu Juan#; Feng Lin#; Han Zujing#; Li Yongsheng#; Wu Aiwei; Shao Tingting; Ding Na; Li Lili; Deng Wei; Di Xuebing; Wang Jian; Zhang Lianfeng*; Li Xia*; Zhang Kaitai*; Cheng Shujun*; Extensive ceRNA-ceRNA interaction networks mediated by miRNAs regulate development in multiple rhesus tissues. Nucleic Acids Research, 2016,44(19)：9438-9451. (JCR 1区，SCI IF:11.147)
2)Li, Yongsheng#*; Xiao, Jun#; Bai, Jing; Tian, Yi; Qu, Yinwei; Chen, Xiang; Wang, Qi; Li, Xinhui; Zhang, Yunpeng*; Xu, Juan*; Molecular characterization and clinical relevance of m(6)A regulators across 33 cancer types, Molecular Cancer, 2019, 18(1)：137. (JCR 1区，SCI IF:10.679)
3)Juan Xu#, Chuanxing Li#, Yongsheng Li, Junying Lv, Ye Ma, Tingting Shao, Liangde Xu, Yingying Wang, Lei Du, Yunpeng Zhang, Wei Jiang, Chunquan Li, Yun Xiao, Xia Li*. MiRNA-miRNA synergistic network: construction via co-regulating functional modules and disease miRNA topological features. Nucleic Acids Research, 2011, 39(3): 825-836. (JCR 1区，SCI IF:11.147)
4)Li Yongsheng#; McGrail Daniel J#; Xu Juan#; Li Junyi; Liu Ning-Ning; Sun Ming; Lin Richard; Pancsa Rita; Zhang Jiwei; Lee Ju-Seog; Wang Hui; Mills Gordon B; Li Xia*; Yi Song*; Sahni Nidhi*; MERIT: Systematic Analysis and Characterization of Mutational Effect on RNA Interactome Topology..Hepatology, 2019, 70(2). (JCR 1区，SCI IF:14.971)
5)Li Yongsheng#; Li Lili#; Wang Zishan#; Pan Tao; Sahni Nidhi; Jin Xiyun; Wang Guangjuan; Li Junyi; Zheng Xiangyi; Zhang Yunpeng; Xu Juan*; Yi Song*; Li Xia*; LncMAP: Pan-cancer atlas of long noncoding RNA-mediated transcriptional network perturbations.Nucleic Acids Research, 2018, 46(3)：1113-1123. (JCR 1区，SCI IF:11.147)
6)Lu Jianping#;Xu Juan#; Li Junyi#; Pan Tao#; Bai Jing; Wang Liqiang; Jin Xiyun; Lin Xiaoyu; Zhang Yunpeng*; Li Yongsheng*; Sahni Nidhi*; Li Xia*; FACER: comprehensive molecular and functional characterization of epigenetic chromatin regulators. Nucleic Acids Research, 2018, 46(19)：10019-10033. (JCR 1区，SCI IF:11.147)
7)Yongsheng Li, Juan Xu, Hong Chen, Jing Bai, Shengli Li, Zheng Zhao, Tingting Shao, Tao Jiang, Huan Ren*, Chunsheng Kang*, Xia Li*. Comprehensive analysis of the functional microRNA–mRNA regulatory network identifies miRNA signatures associated with glioma malignant progression. Nucleic Acids Research, 2013. (JCR 1区，SCI IF:11.147)
8)Dezhong Lv#, Kang Xu#, Xiyun Jin#, Junyi Li, Yunchen Shi, Mengying Zhang, Xiaoyan Jin, Yongsheng Li, Juan Xu* and Xia Li*; LncSpA: LncRNA Spatial Atlas of Expression across Normal and Cancer Tissues. Cancer Research.2020（已接收，JCR 1区，SCI IF:8.378）
9)Li Yongsheng#; Zhang Jinwen#; Huo Caiqin#; Ding Na; Li Junyi; Xiao Jun; Lin Xiaoyu; Cai Benzhi*; Zhang Yunpeng*; Xu Juan*; Dynamic Organization of lncRNA and Circular RNA Regulators Collectively Controlled Cardiac Differentiation in Humans. EBioMedicine, 2017, 24：137-146. （JCR 1区，SCI IF:6.68）
10)Yongsheng Li, Daniel J. McGrail, Juan Xu, Gordon B. Mills, Nidhi Sahni*, Song Yi*. Gene Regulatory Network Perturbation by Genetic and Epigenetic Variation. Trends in Biochemical Science, 2018. (JCR 1区，SCI IF: 16.889)
11)Benzhi Cai#, Wenya Ma#, Fengzhi Ding#, LaiZhang, QiHuang, XiuxiuWang, Bingjie Hua, Juan Xu, cJiamin Li, Chongwei Bi, Shuyuan Guo, FanYang, Zhenbo Han, Yuan Li, Gege Yan, Ying Yu, Zhengyi Bao, Meixi Yu, Zhenwen Pan*, Baofeng Yang*. The Long Noncoding RNA CAREL Controls Cardiac Regeneration. Journal of the American College of Cardiology. 2018 31;72(5):534-550 (JCR 1区，SCI IF: 18.639)
12)Jiwei Zhang#*, Shengli Li#, Ling Zhang, Juan Xu, Mingxu Song, Tingting Shao, Zhaohui Huang*, Yongsheng Li*, RBP EIF2S2 Promotes Tumorigenesis and Progression by Regulating MYC-Mediated Inhibition via FHIT-Related Enhancers. Molecular Therapy.2020（已接收，JCR 1区，SCI IF:8.402）
13)Yongsheng Li#, Nidhi Sahni#*, Rita Pancsa, Daniel J Mcgrail, Juan Xu, Xu Hua, Jasmin Coulombe-Huntington, Michael Ryan, Boranai Tychhon, Dhanistha Sudhakar, Limei Hu, Michael Tyers, Xiaoqian Jiang, Shiaw-Yih Lin, M Madan Babu*, Song Yi*. Revealing the Determinants of Widespread Alternative Splicing Perturbation in Cancer. Cell Reports, 2017. (JCR 1区，SCI IF: 7.815)
14)Benzhi Cai*, Wenya Ma, Xiuxiu Wang, Natalia Sukhareva, Bingjie Hua, Lai Zhang, Juan Xu, Xingda Li, Shuainan Li, Shenzhen Liu, Meixi Yu, Yan Xu, Ruijie Song, Binbin Xu, Fan Yang, Zhenbo Han, Fengzhi Ding, Qi Huang, Ying Yu, Yue Zhao, Jin Wang, Djibril Bamba1, Naufal Zagidullin, Faqian Li, Ye Tian, Zhenwei Pan*, Baofeng Yang*; Targeting LncDACH1 promotes cardiac repair and regeneration after myocardium infarction, Cell Death & Differentiation.2020. (JCR 1区，SCI IF: 8.086)
15)Li, Yongsheng#; Jin, Xiyun#; Wang, Zishan; Li, Lili; Chen, Hong; Lin, Xiaoyu; Yi, Song*; Zhang, Yunpeng*; Xu, Juan*; Systematic review of computational methods for identifying miRNA-mediated RNA-RNA crosstalk. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(4)：1193-1204.（JCR 2区，SCI IF：9.101）
16)Xu Juan#; Wang ZiShan#; Li Shengli#; Chen Juan; Zhang Jinwen; Jiang Chunjie; Zhao Zheng; Li Jing*; Li Yongsheng*; Li Xia*; Combinatorial epigenetic regulation of non-coding RNAs has profound effects on oncogenic pathways in breast cancer subtypes. Briefings in Bioinformatics, 2018, 19(1)：52-64.（JCR 2区，SCI IF：9.101）
17)Xu Juan; Shao Tingting; Ding Na; Li Yongsheng*; Li Xia*; miRNA-miRNA crosstalk: from genomics to phenomics. Briefings in Bioinformatics, 2017, 18(6)：1002-1011. （JCR 2区，SCI IF：9.101）
18)Juan Xu#, Chuan-Xing Li#, Jun-Ying Lv#, Yong-Sheng Li, Yun Xiao, Ting-Ting Shao, Xiao Huo, Xiang Li, Yan Zou, Qing-Lian Han, Xia Li*, Li-Hua Wang*, Huan Ren*. Prioritizing Candidate Disease miRNAs by Topological Features in the miRNA Target-Dysregulated Network: Case Study of Prostate Cancer. Molecular Cancer Therapeutics, 2011. (JCR 2区，SCI IF:5.985)
19)Jiang Chunjie#; Ding Na#; Li Junyi#; Jin Xiyun; Li Lili; Pan Tao; Huo Caiqin; Li Yongsheng; Xu Juan*; Li Xia*; Landscape of the long non-coding RNA transcriptome in human heart. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(5)：1812-1825. （JCR 2区，SCI IF：9.101）
20)Li Yongsheng#; Huo Caiqin#; Pan Tao#; Li Lili; Jin Xiyun; Lin Xiaoyu; Chen Juan; Zhang Jinwen; Guo Zheng*; Xu Juan*; Li Xia*;Systematic review regulatory principles of non-coding RNAs in cardiovascular diseases. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(1)：66-76. （JCR 2区，SCI IF：9.101）
21)Yongsheng Li#, Shengli Li#, Juan Chen, Tingting Shao, Chunjie Jiang, Yuan Wang, Hong Chen, Juan Xu*, Xia Li*. Comparative epigenetic analyses reveal distinct patterns of oncogenic pathways activation in breast cancer subtypes. Human Molecular Genetics, 2014. (JCR2区，SCI IF: 5.477)
22)Wei Jiang#*, Yinwei Qu#, Qian Yang#, Xueyan Ma, Qianqian Meng, Juan Xu*, Xinyi Liu* Shuyuan Wang* D-lnc: a comprehensive database and analytical platform to dissect the modification of drugs on lncRNA expression. RNA Biology.2019 16(11):1586-1591（JCR 2区，SCI IF: 5.477）
23)Zhenbo Han#, Ying Yu#, Juan Xu#, Zhengyi Bao, Zihang Xu, Jiancheng Hu, Meixi Yu, Djibril Bamba, Wenya Ma, Fengzhi Ding, Lai Zhang, Mengyu Jin, Gege Yan, Qi Huang, Xiuxiu Wang Bingjie Hua, Fan Yang, Yuan Li, Lei Lei, Nan Cao*, Zhenwei Pan*, Benzhi Cai*. Iron Homeostasis Determines Fate of Human Pluripotent Stem Cells Via Glycerophospholipids-Epigenetic Circuit. Stem Cells. 37(4):489-503（JCR 2区，SCI IF：5.614）
24)
25)Chen, Hong#; Xiao, Jun#; Shao, Tingting#; Wang, Li#; Bai, Jing; Lin, Xiaoyu; Ding, Na; Qu, Yinwei; Tian, Yi; Chen, Xiang; Liu, Hui; Liu, Hongyu; Xu, Juan*; Li, Xia*; Landscape of Enhancer-Enhancer Cooperative Regulation during Human Cardiac Commitment. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2019, 17：840-851. （JCR 2区，SCI IF:5.919）
26)Liu, Hui#; Jiang, Tiantongfei#; Wang, Shuyuan#; Chen, Xiang; Jin, Xiaoyan; Wang, Qi; Li, Xinhui; Yin, Jiaqi; Shao, Tingting*; Li, Yongsheng*; Xu, Juan*; Wu, Qiong*;A Novel Approach to Identify Enhancer lincRNAs by Integrating Genome, Epigenome, and Regulatome. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2019,7：0-427.（JCR 2区，SCI IF:5.122）
27)Zheng Zhao#, Jing Bai#, Aiwei Wu#, Yuan Wang, Jinwen Zhang, Zishan Wang, Yongsheng Li*, Juan Xu*, Xia Li*. Co-LncRNA: Investigating the lncRNA combinatorial effects in GO functions/KEGG pathways based on human RNA-Seq data. Database, 2015. (JCR 2区， SCI IF:3.683)
28)Lin Xiaoyu#; Jiang Tiantongfei#; Bai Jing; Li Junyi; Wang Tianshi; Xiao Jun; Tian Yi; Jin Xiyun; Shao Tingting; Xu Juan; Chen Lingchao*; Wang Lihua*; Li Yongsheng*; Characterization of Transcriptome Transition Associates Long Noncoding RNAs with Glioma Progression. Molecular Therapy - Nucleic Acids, 2018, 13：620-632.
29)Shao Tingting#; Wang Guangjuan#; Chen Hong#; Xie Yunjin#; Jin Xiyun; Bai Jing; Xu Juan; Li Xia; Huang Jian; Jin Yan; Li Yongsheng; Survey of miRNA-miRNA cooperative regulation principles across cancer types. Briefings in Bioinformatics, 2019, 20(5)：


30)Yongsheng Li#, Tingting Shao#, Chunjie Jiang#, Jing Bai, Zishan Wang, Jinwen Zhang, Lili Zhang, Zheng Zhao, Juan Xu*, Xia Li*. Construction and analysis of dynamic transcription factor regulatory networks in the progression of glioma. Scientific Reports, 2015. (SCI IF:5.228)
31)Yongsheng Li#, Yunpeng Zhang#, Shengli Li#, Jianping Lu, Juan Chen, Yuan Wang, Yixue Li*, Juan Xu*, Xia Li*. Genome-wide DNA methylome analysis reveals epigenetically dysregulated non-coding RNAs in human breast cancer. Scientific Reports, 2015. (SCI IF: 5.228)
32)Jiang Chunjie#; Li Yongsheng#; Zhao Zheng#; Lu Jianping; Chen Hong; Ding Na; Wang Guangjuan; Xu Juan*; Li Xia*; Identifying and functionally characterizing tissue-specific and ubiquitously expressed human lncRNAs. Oncotarget, 2016, 7(6)：7120-7133.
33)Chen Juan#; Xu Juan#; Li Yongsheng#; Zhang Jinwen; Chen Hong; Lu Jianping; Wang Zishan; Zhao Xueying; Xu Kang; Li Yixue*; Li Xia*; Zhang Yan*; Competing endogenous RNA network analysis identifies critical genes among the different breast cancer subtypes. Oncotarget, 2017, 8(6)：10171-10184.
34)Tingting Shao, Aiwei Wu, Juan Chen, Hong Chen, Jianping Lu, Jing Bai, Yongsheng Li*, Juan Xu*, Xia Li*. Identification of module biomarkers from the dysregulated ceRNA-ceRNA interaction network in lung adenocarcinoma. Molecular BioSystems, 2015. (, SCI IF: 3.534)
35)Zheng Zhao, Yongsheng Li, Hong Chen, Jianping Lu, Peter M Thompson, Juan Chen, Zishan Wang, Juan Xu*, Chun Xu*, Xia Li*. PD-NGSAtlas: A reference database combining next-generation sequencing epigenomic and transcriptomic data for psychiatric disorders. BMC Medical Genomics, 2014. (SCIIF: 3.91)
36)Yongsheng Li#, Cynthia Camarillo#, Juan Xu#, Tania BedardArana, Yun Xiao, Zheng Zhao, Hong Chen, Michael A Escamilla, Alfonso Ontiveros, Humberto Nicolini, Alvaro Jerez, Lewis P. Rubin, Xia Li*, Chun Xu*. Genome-Wide Methylome Analyses Reveal Novel Epigenetic Regulation Patterns in Schizophrenia and Bipolar Disorder. BioMed Research International, 2015. (SCI IF:2.706)
37)Jing Bai#, Yongsheng Li#, Tingting Shao, Zheng Zhao, Yuan Wang, Aiwei Wu, Hong Chen, Shengli Li, Chunjie Jiang, Juan Xu*, Xia Li*. Integrating analysis reveals microRNA-mediated pathway crosstalk among Crohn's disease, ulcerative colitis and colorectal cancer. Molecular BioSystems, 2014. (SCI IF: 3.534)
38)Yongsheng Li#, Juan Xu#, Huanyu Ju#, Yun Xiao, Hong Chen, Junying Lv, Tingting Shao, Jing Bai, Yunpeng Zhang, Li Wang, Xishan Wang*, Huan Ren*, Xia Li*. A network-based, integrative approach to identify genes with aberrant co-methylation in colorectal cancer. Molecular BioSystems, 2013. (SCI IF: 3.534)
39)Yongsheng Li#, Juan Xu#, Hong Chen#, Zheng Zhao, Shengli Li, Jing Bai, Aiwei Wu, Chunjie Jiang, Yuan Wang, Bin Su, Xia Li*. Characterizing Genes with Distinct Methylation Patterns in the Context of Protein-Protein Interaction Network: Application to Human Brain Tissues. PLoS ONE, 2013. (SCI IF:3.73)
40)Juan Xu#, Yongsheng Li#, Xiang Li#, Chuanxing Li, Tingting Shao, Jing Bai, Hong Chen, Xia Li*. Dissection of the potential characteristic of miRNA–miRNA functional synergistic regulations. Molecular BioSystems, 2012. (SCI IF: 3.534)

九、主持/参与教学课题
1.黑龙江省高教学会“十三五”规划课题，多学科交叉融合的生物信息学本科专业创新教学体系研究与实践，2017年，主持
2.黑龙江省首批新工科研究与实践项目，多学科交叉融合的生物医学工程（药物组学信息学方向）人才培养模式探索与实践，2017年，第一参与人
3.黑龙江省高等教育教学改革研究项目，生物信息学专业教育混合创新教学模式的研究，2017年，第一参与人
4.黑龙江省高等教育教学改革项目，基于智慧教学+CDIO理念的大学生数学建模培训实践与研究，2019年，第一参与人