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生物学
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陈玲玲
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中共党员
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llchen730@163.com
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博士后合作导师, 博士研究生导师, 硕士研究生导师
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蒋琼
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生命科学与技术学院
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教 育 背 景 2001.9 - 2004.6 天津大学 生物物理学 博士 1996.9 - 1999.6 青岛化工学院 化学工程 硕士1991.9 - 1995.7 青岛化工学院 化学工程 学士主要工作经历2020.4 - 至今 广西大学生命科学与技术学院 教授 博导2014.1 – 2020.3 华中农业大学信息学院 教授 博导2009.1 - 2014.6 华中农业大学生命科学技术学院 教授 博导1999.8 - 2008.12 山东理工大学 生命科学学院 历任讲师 副教授
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Current Bioinformatics，Insights in Biotechnology and Bioinformatics等杂志编委
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《生物信息学原理》 《基因组学》
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1、生物信息工具开发及数据库构建2、作物多组学数据整合及挖掘3、菌植互作多组学分析
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1、国家自然科学基金面上项目，**，利用核糖体印记（Ribo-seq）识别可翻译的水稻短开放阅读框（sORFs）及初步功能研究，2019/01-2022/12，直接经费59万元，在研，主持2、十三五重点研发计划2018YFD**多年生园艺作物无性系变异和繁殖的基础与调控，项目骨干，在研，2018.7-2022.12，75万3、十三五重点研发计划“七大农作物育种”专项 2016YFD** “水稻功能基因组研究与应用” 课题四 主持，在研，2016.7-2020.12 882.3万4、国家****科技创新领军人才，主持，在研，2018.1-2020.12 80万5、湖北省自然科学基金创新群体杂种融合基因对作物杂种优势的影响及应用（2019CFA014） 主持，在研， 2019.8-2022.12 50万 6、国家自然科学基金面上项目，**，水稻微外显子（microexon）基因的系统发掘、表达进化及初步功能研究，2016/01-2019/12 主持，结题，直接经费65万元
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近些年主要从事植物及微生物基因组学及生物信息学研究，包括作物及微生物基因组组装注释、转录组分析、代谢及蛋白互作网络构建等，在以下几个方面取得了重要学术成绩：（1）开发了多个植物生物信息工具及数据库，包括植物单链导向RNA设计工具CRISPR-P，植物自然反义转录本NAT数据库等。CRISPR-P是目前国内外最通用的植物的CRISPR/Cas9系统单链导向RNA设计工具，年访问量超过20万次（Mol. Plant, 2014，唯一通讯作者；Mol. Plant, 2017，共同通讯作者）；PlantNATsDB是最全面的植物自然反义转录本数据库，整合了高通量sRNAs测序数据和GO功能注释来探索NATs的潜在生物学功能并提供相应分析工具（Nucleic Acids Res., 2012, 共同通讯作者）。（2）作为生物信息负责人参与多种作物基因组解析，包括甜橙、籼稻明恢63及珍汕97，栽培玉米Mo17及玉米祖先近亲品种大刍草等，负责基因组的组装注释、重测序数据分析及生物信息平台构建工作。分析发现甜橙基因组中约有一半基因处于杂合状态，并有显著的橘和柚遗传特征，阐明了甜橙起源这一重要问题（Nat. Genetics, 2013, 共同第一作者；Plant J., 2013, 共同通讯作者）；水稻基因组研究为全球提供了两份高质量的籼稻参考基因组（Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2016, 共同第一作者），为进一步阐明杂种优势的生物学机理，提高杂种优势利用奠定了坚实基础。利用合作者构建的玉米Mo17与大刍草类蜀黍的回交重组自交系群体，通过遗传设计将复杂的玉米和类蜀黍的基因组分成多个区段，从而组装了两亲本基因组（Nat. Commun., 2017，共同通讯作者）。（3）构建了多种作物及病原菌的代谢网络、蛋白互作网络，对多个细菌基因组进行了系统生物学分析，为研究微生物组与作物互作奠定了坚实基础。 近些年以通讯或第一作者在Nat. Genetics, Nat. Plant, Science Advances, Genome Biology, PNAS, Nat. Commun., Nucleic Acids Res., Mol. Plant等国际权威及核心期刊发表SCI论文80余篇，所发表论文被引用3100次。多次为Mol. Plant, Bioinformatics, Plant J., J. Mol. Evol., BMC Genomics, Genetics, Gene,《遗传》、《生物化学与生物物理进展》等国内外知名刊物审稿。先后荣获中组部****科技创新领军人才、科技部中青年科技创新领军人才、教育部新世纪优秀人才、国务院政府特殊津贴等荣誉称号。代表性论文：1.Xu Q#, Chen LL#, Ruan X #, et al. The draft genome of sweet orange (Citrus sinensis). Nat. Genetics, 2013, 45: 59-66. (IF=25.455)2.Song JM, Guan Z, Hu J, et al. Eight high-quality reference genomes provide insights into pan-genome architecture and ecotype differentiation of Brassica napus. Nat. Plants, 2020, 6: 34‐45. (IF=13.297)3.Sturtevant D, Lu S, Zhou ZW, et al. The genome of jojoba (Simmondsia chinensis): a taxonomically-isolated species that directs wax-ester accumulation in its seeds. Science Advances, 2020, 6: eaay3240. (IF=12.804)4.Zhang Q, Hu J, Feng JW, et al. Influenza infection elicits an expansion of gut population of endogenous Bifidobacterium animalis which protects mice against infection. Genome Biol. 2020, 21: 99. (IF=10.806)5.Yang N, Xu XW, Wang RR , et al. Contributions of Zea mays subspecies mexicana haplotypes to modern maize. Nat. Commun., 2017, 8: 1874. (IF=11.878)6.Chen D, Fu LY, Zhang Z, Li G, Zhang H, Jiang L, Harrison AP, Shanahan HP, Klukas C, Zhang HY, Ruan Y*, Chen LL*, Chen M*. Dissecting the chromatin interactome of microRNA genes. Nucleic Acids Res., 2014, 42: 3028-3043. (IF=11.147)7.Chen D, Yuan C, Zhang J, Zhang Z, Bai L, Meng Y, Chen LL*, Chen M*. PlantNATsDB: a comprehensive database of plant natural antisense transcripts. Nucleic Acids Res., 2012, 40: D1187-1193. (IF=11.147)8.Song JM, Lei Y, Shu CC, Ding Y, Xing F, Liu H, Wang J, Xie W, Zhang J*, Chen LL*. Rice Information GateWay: a comprehensive boinformatics platform for indica rice genomes. Mol. Plant, 2018, 11: 505-507. (IF=10.812)9.Liu H, Ding Y, Zhou Y, Jin W, Xie K*, Chen LL*. CRISPR-P 2.0: An Improved CRISPR-Cas9 Tool for Genome Editing in Plants. Mol. Plant, 2017, 10: 530-532. (IF=10.812)10.Lei Y, Lu L, Liu HY, Li S, Xing F, Chen LL*. CRISPR-P: A Web Tool for Synthetic Single-Guide RNA Design of CRISPR-System in Plants. Mol. Plant, 2014, 7: 1494-1496. (IF=10.812)11.Zhang J#, Chen LL#, Xing F#, et al. Extensive sequence divergence between the reference genomes of two elite indica rice varieties Zhenshan 97 and Minghui 63. Proc Nat Acad. Sci. USA, 2016, 113: E5163-5171. (IF=9.580)12.Feng JW, Huang S, Guo YX, Liu D, Song JM, Gao J, Li H*, Chen LL*. Plant ISOform sequencing database (PISO): a comprehensive repertory of full-length transcripts in plants. Plant Biotechnol J., 2019, 17: 1001-1003. (IF=6.840)课题组招收博士后、科研助理、博士生和硕士生，欢迎大家加入！
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