基础医学院前身是广西中医学院基础部，1995年曾更名为基础医学系，2000年12月学院正式命名为基础医学院。

　　基础医学院下设行政、教学科研、学生工作三个办公室，按中医基础学科类和西医基础学科类共设15个教研室以及2个直属实验中心（中西医基础实验教学中心、中医基础实验研究中心）。拥有硕士学位授予点6个（中医基础理论、中医诊断学、中医临床基础、中医医史文献、方剂学和中西医结合基础）；4门省级精品课程（中医基础理论、中医诊断学、中国医学史、中西医结合生理学）；1个国家中医药管理局重点学科（中医各家学说）、1个广西规划和建设博士点学科（中医医史文献）、2个校级重点学科（中医基础理论、中医诊断学）；1个广西重点实验室（中医基础研究实验室）、1个广西高校教学示范中心（中西医基础实验教学中心），2个国家中医药管理局中医药科研二级实验室（分子生物学实验室、神经行为学实验室）。
　　
　　基础医学院在发展历程中涌现有一批国内、区内名老中医如林沛湘、班秀文、秦家泰教授等。经过建校四十七周年以来，学院现已发展为拥有教职工123人，专任教师101人，其中教授15人，副教授34人，讲师41人，助教11人；教师队伍中有博士学位21人，硕士学位44人；学科带头人6名，学术带头人4名，后备学科带头人10名；硕士生导师25名。广西高校教学名师1人，广西壮族自治区优秀教师1人，八桂名师1人；国医大师1人，广西名老中医1人，广西名中医5人。近年来，又采取外引、内培、以老带新等方式进一步加强师资队伍建设，使师资素质不断提高，结构不断优化。
　　
　　在教学资源方面，学院拥有基础医学实验室11个（解剖学、组织学与胚胎学、寄生虫学、生物学、生理学、生物化学、微生物学与免疫学、公共卫生学、中医保健美容、中医实验教学中心、中医实验研究中心）。2000年在同类院校中率先建成两个具有国内先进水平的电脑化生理机能实验系统实验室；2001年建成了独具特色的人体生命科学馆和中国医学史展馆。在学院的教学、科研及对外学术交流活动、科普宣传等方面发挥了重要的作用。2002年加强了生物化学教研室分子生物学实验室的建设，促进了我院教学、科研工作的引向深入；2003年学院继续重点投入，建立了国内领先的微观形态学互动实验室和解剖实验教学平台设备，这些现代设施的投入使用，为我院教学水平的提高奠定了坚实基础。另学院各教研室拥有专业参考书籍、出版刊物近五千册，可供网络查阅的各类电子图书数万册。
　　
　　基础医学院作为主要的教学单位，承担学院各专业层次共38课程的教学工作，年均课时数约4.8万课时。多年来，基础医学院注重教学管理和教学研究工作，不断提高师资队伍的业务素质，促使教师改进教学方法和应用新的教学手段，切实提高教学质量。目前，大部分课程教学已从单一传统的模式向多媒体教学过渡。在中医教学发展方面，既重视经典的理论课程设置和传统教学方法，也结合引入现代教学理念、技术，从现代角度，客观阐述中医学理论基础。同时，通过中医实验教学中心、中医实验研究中心的教学、科研工作开展，进一步发展与延伸中医学理论体系的内涵。近4年来，学院承担各级科研项目共112项，其中国家级3项，省部级项目22项；获教学成果奖7项，其中国家级三等奖1项，区级二等奖4项，三等奖2项。
　　
　　基础医学院将不断开拓进取，为培养更多合格的高等中医药人才做出新贡献。