2006年，桂林医学院经国务院学位委员会批准成为广西第二所可以授予硕士学位的西医院校，目前由校研究生处进行学位管理与研究生招生培养工作，基础学院、临床学院现招收2007年病理学、内科学、外科学专业硕士研究生。研究生处的工作主要包括：招生、培养、学位管理与学位授权点建设、就业指导、研究生德育工作以及行政管理等方面。