兰州大学基础医学院前身为1932年12月成立的甘肃学院医学专修科的医学基础各教研室；1978年在各教研室的基础上建立了医学基础部；1992年改称基础医学部（简称基础部）；2001年兰州医学院基础医学部与临床医学系合并，成立基础医学院；2004年11月18日，随兰州医学院并入兰州大学；2005年3年9日成立兰州大学基础医学院；2008年1月7日，根据兰州大学医学管理体制的要求，兰州大学医学实验中心、药学院药理学研究所和临床医学院手术学实验室并入兰州大学基础医学院。

　　基础医学院是医学校区最大的教学、科研部门，承担基础医学院、临床医学院、公共卫生学院、口腔医学院、药学院等医学相关学院各专业的研究生、本科生、成人继续医学教育等各种层次、各种类型学生的全部医学基础课教学，是医学教育的重要基地和医学基础理论的研究中心，是一个多学科综合的教学、科研部门。

　　学院拥有甘肃省新药临床前研究重点实验室，下设17个教学科研基层组织，1个办公室，还拥有3个科学研究中心。基层组织分别是人体解剖学与组织胚胎学研究所、遗传学研究所、生理与心理学研究所、医学生物化学与分子生物学研究所、病原生物学研究所、免疫学研究所、病理解剖学研究所、病理生理学研究所、中西医结合研究所、药理学研究所、循证医学研究所、外科手术学研究所、新药设计与合成研究所、神经科学研究所、护理系以及基础医学实验教学中心、医学实验中心等；科学研究中心分别是循证医学研究中心、结核病研究中心、遗传学研究中心。

　　学院现有教职工206人，其中教学科研人员137人，实验技术人员52人，党政管理人员17人。教学科研人员中教授23人，副教授27人，讲师87人，共有博士35人，占教学科研人员总数的26%。其中，“教育部****特聘教授”1人，“教育部****讲席教授”1人，国家杰出青年科学基金获得者1人，“萃英讲席教授”7人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划” 2人， “跨世纪学科带头人”8人，“省级教学名师”1人，“甘肃省领军人才”第一层次2人、第二层次2人，甘肃省“333”、“555”人才工程第一、二层次人员10人，“省卫生厅中青年学科带头人”3人，甘肃省青年教师成才奖获得者7人，甘肃青年科技奖获得者3人。

　　学院现有二级学科博士点3个：中西医结合临床、遗传学、生物化学与分子生物学；省级重点一级学科1个：中西医结合；一级学科硕士点2个：基础医学、中西医结合；二级学科硕士点 10个：生理学、病理学与病理生理学、病原学、人体解剖学与组织胚胎学、生物化学与分子生物学、中西医结合临床、免疫学、中西医结合基础、遗传学、药理学；本科专业5个：临床医学、麻醉学、医学影像学、医学检验、护理学。现有在读本科生1500余人，硕士研究生154人，博士研究生39人。省级重点实验室一个：甘肃省新药临床前研究重点实验室；省级实验室一个：甘肃省实验动物质量检测实验室；省级实验教学示范中心一个：基础医学实验教学中心。

　　学院目前主持国家重大科技专项1项，国家科技重大专项子项目2项；主持国家自然科学基金重点项目1项、面上项目4项、青年基金项目2项；主持863项目1项、973子项目1项，建立国际合作项目2项，卫生部研究课题2项，甘肃省各类科研项目29项，兰州大学青年交叉基金3项，兰州大学医学基金20项。学院近3年来申请国家发明专利23项，获专利授权12项；获国家自然科学奖二等奖1项，甘肃省自然科学一等奖1项，甘肃省科技进步奖二等奖3项；发表SCI论文近百篇。

　　学院建有科学研究开放平台，面向校内外开放。实验室面积12000多m2，大型、精密科研实验仪器200多台（件）、设备总价值4000万元。有分子生物学实验室、细胞生物学实验室、免疫学实验室、生物芯片实验室、PCR实验室、电镜室、细胞培养室、生物样品制备室、低温实验室、DNA序列分析室、流式细胞仪室、激光共聚焦显微镜室、核磁共振波谱仪室、显微图像分析室、毛细管电泳仪室、高效液相色谱仪室、原子吸收分光光度计室、血液生化检测室、实验动物质量检测中心等20多个功能实验室和仪器室。