导师姓名
蔡云鹏
性别
男
职称
副研究员
专业名称
计算机科学与技术
导师类别
□博导☑硕导
所在单元
生物医学信息中心
是否兼职
□是☑否
招生专业
□物理化学（含化学物理）□生物化学与分子生物学□信号与信息处理☑模式识别与智能系统☑计算机应用技术□材料工程□电子与通信工程□控制工程□计算机技术□生物工程
研究方向
生物信息学，健康信息学，机器学习，进化计算
在研课题
个人简历
蔡云鹏，博士，副研究员。2001年于清华大学工程物理系获得学士学位。2007年于清华大学计算机科学与技术系获得博士学位。2007年至2011年在美国佛罗里达大学生物技术多学科研究中心从事博士后研究。2011年6月加入中国科学院深圳先进计算研究院。主要研究方向为生物信息学、宏基因组学、机器学习、进化计算等。担任IEEETransactionsonEvolutionaryComputation,PatternRecognition,AppliedSoftComputing等杂志审稿人。作为主要研究人员之一参与完成了国家“十五”863电动汽车重大专项子课题“燃料电池客车多能源动力总成控制器软硬件平台”，国家自然科学基金课题《基于概率模型演化算法的协作多机器人系统学习与协调控制方法研究》等。
主要科研成果及所获荣誉
近5年共发表论文15篇，其中SCI检索论文6篇，EI检索论文7篇，包括NucleicAcidResearch、BriefingsinBioinformatics,ISMEjournal等领域顶级期刊上的多篇文章，论文总影响因子接近40，被引用近200次。曾获得ACMSIGEVO/GECCO会议2006年最佳论文奖及2007、2010年最佳论文提名。
其他
联系方式
邮箱
yp.cai@siat.ac.cn
电话
0755-86392202
个人主页
备注
-----------------------------------------------------------------
Name
YunpengCai
Positions
Academictitle
AssociateProfessor
E-mail
yp.cai@siat.ac.cn
Phone
0755-86392202
PersonalWebsite
Resume
Dr.YunpengCaireceivedhisPHDdegreefromDepartmentofComputerScienceandTechnology,TsinghuaUniversityin2007,andworkedasapostdoctoralassociateintheInterdisciplinaryCenterforBiotechnologyResearch,UniversityofFloridafrom2007to2011.HeiscurrentlyanassociateprofessorattheResearchCenterforBiomeidcalInformationTechnology,ShenzhenInstitutesofAdvancedTechnology.Hismainresearchinterestsincludebioinformatics,metagenomics,machinelearningandevolutionarycomputation.
Direction
Bioinformatics,HealthInformatics,MachineLearning,EvolutionaryComputation
Achievements
Dr.Caihaspublished15papersinrecentyears,6ofwhichareindexedbySCIand7areindexedbyEI,includingseveralpapersontopjournalssuchasNucleicAcidResearch、BriefingsinBioinformaticsandISMEjournal.Thetotalimpactfactorofthesepapersadduptonear40andtheyhavebeencitednearly200times.HereceivedthebestpaperawardinACMSIGEVO/GECCO2006andwasnominatedasbestpapercandidatesin2007and2010.
Article
1.XiaoyuWang,YunpengCai,YijunSun,RobKnightandVolkerMai,SecondaryStructureInformationDoesnotImproveOTUPickingfor16SrRNASequences,TheISMEJournal,accepted,2011
2.YijunSun*,YunpengCai*(*co-firstauthor),SusanHuse,RobertKnight,WiliamFarmerie,XiaoyuWangandVolkerMai,Large-scaleBenchmarkStudyofExistingAlgorithmsforTaxonomyIndependentAnalysis,BriefingsinBioinformatics,13(1):107-121,2012
3.YunpengCai*andYijunSun*(*co-firstauthor),ESPRIT-Tree:TaxonomyIndependentAnalysisofMillionsof16SrRNAPyrosequencesinQuasilinearTime,NucleicAcidsResearch,vol.39,no.14,e95,2011
4.LiYin,LiLiu,WeiHou,YunpengCai,MarkWallet,BrentGardner,AmandaLowe,CarinaRodriguez,JohnSleasmanandMaureenGoodenow,ProlongedSuppressiveAntiretroviralTherapyFailedtoCorrectHIV-1-mediatedDefectsinNaiveandIgM+MemoryBCellTranscriptomeRepertoires,inThe18thConferenceonRetrovirusesandOpportunisticInfections(CROI2011),2011
5.YijunSun*,YunpengCai*(*co-firstauthor),VolkerMai,WilliamFarmerie,FahongYu,JianLi,andSteveGoodison,AdvancedComputationalAlgorithmsforMicrobialCommunityAnalysisUsingMassive16SrRNASequenceData,NucleicAcidsResearch,vol.38,no.22,e205,2010
6.YijunSun*,YunpengCai*(*co-firstauthor),LiLiu,FahongYu,MichaelFarrell,WilliamMcKendree,andWilliamFarmerie,ESPRIT:EstimatingSpeciesRichnessUsingLargeCollectionsof16SrRNAPyrosequences,NucleicAcidsResearch,vol.37,no.10,e76,2009
7.JiadongYang,HuaXu,YunpengCaiandPeifaJia,EffectiveStructureLearningforEDAviaL1-RegularizedBayesianNetworks,inThe2010ACMGECCOGeneticandEvolutionaryComputationConferences,2010(bestpapercandidate)
8.LiYin,LiLiu,YunpengCai,WeiHou,MarkWallet,BrentGardner,AmandaLowe,YijunSun,PanidaSriaroon,ElenaPerez,CarinaRodriguez,JohnSleasmanandMaureenGoodenow,MappingdefectsinIgM+BcellrepertoireinHIV-infectedindividualsby454-pyrosequencing,inAIDSVaccine2010
9.YunpengCai,YijunSun,YuboCheng,JianLi,andSteveGoodison,FastImplementationofl1RegularizedLearningAlgorithmsUsingGradientDescentMethods,inProc10thSIAMInternationalConferenceonDataMining(SDM),2010
10.YunpengCai,YijunSun,JianLi,andSteveGoodison,OnlineFeatureSelectionAlgorithmwithBayesianL-1Regularization,in13thPacific-AsiaConferenceonKnowledgeDiscoveryandDataMining(PAKDD09),2009
11.YunpengCai,HuaXu,XiaominSun,PeifaJia,andZehuaLiu,Duple-EDAandsampledensitybalancing,ScienceinChinaSeriesF:InformationSciences,vol.52,no.9,2009
12.YuboCheng,YunpengCai,YijunSun,andJianLi,Semi-supervisedFeatureSelectionundertheLogisticI-RELIEFFramework,inProc.19thInternationalConferenceonPatternRecognition(ICPR08),2008
13.YijunSun,YunpengCai,andSteveGoodison,Combiningnomogramandmicroarraydataforpredictingprostatecancerrecurrence,inProc.8thIEEEInternationalConferenceonBioinformaticsandBioengineering(BIBE08),2008
14.CaiYunpeng,SunXiaomin,XuHua,andJiaPeifa,CrossentropyandadaptivevariancescalingincontinuousEDA,inThe2007ACMGECCOGeneticandEvolutionaryComputationConferences,2007(bestpapercandidate)
15.CaiYunpeng,SunXiaomin,andJiaPeifa,ProbabilisticModelingforContinuousEDAwithBoltzmannSelectionandKullback-LeibelerDivergence,inThe2006ACMGECCOGeneticandEvolutionaryComputationConferences,2006(bestpaperaward)
16.CaiYunpeng,SunXiaomin,andJiaPeifa,NegativeCorrelationLearningApproachforT-SFuzzyModels,inIEEESMC2004InternationalConferenceonSystems,ManandCybernetics,2004
17.YaoJinyi,LaoNi,YangFan,CaiYunpeng,andSunZengqi,TechnicalSolutionsofTsinghuaAeolusforRoboticSoccer.inRoboCup2003:RobotSoccerWorldCupVII.:LectureNoteinArtificialIntelligence3020,2004
18.CaiYunpeng,SunXiaomin,andJiaPeifa,AMiddlewareforSignal-FlowDigitalSimulationModelsinElectricVehiclePowertrain.inVTC-2003(Fall)IEEESemiannualVehicularTechnologyConference,2003
19.CaiYunpeng,SunXiaomin,andJiaPeifa,Forward-facingModelingforanElectricVehiclePowertrain.inThe20thElectricVehicleSymposium,2003
20.CaiYunpeng,ChenJiang,YaoJinyi,andLiShi,GlobalPlanningfromLocalEyeshot:AnImplementationofObservation-BasedPlanCoordinationinRoboCupSimulationGames.inRoboCup2001:RobotSoccerWorldCupV.:LectureNoteinArtificialIntelligence,2377,2002
21.YaoJinyi,ChenJiang,CaiYunpeng,andLiShi,ArchitectureofTsinghuAeolus.inRoboCup2001:RobotSoccerWorldCupV.:LectureNoteinArtificialIntelligence2377,2002
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深圳先进技术研究院研究生导师介绍蔡云鹏
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