钟南山院士长期从事呼吸系统疾病的临床、教学和基础研究工作，是近二十年来推动我国呼吸系统疾病研究水平走向国际前沿的学术带头人之一。在2003年我国SARS疫情中，率先带领团队投入战斗、率先主动要求收治危重SARS患者、率先倡导国际大协作，确立了广东的病原学，组织了广东省SARS防治研究，创建了“合理使用皮质激素，合理使用无创通气，合理治疗并发症”的“三早三合理”的防治原则，在抗击非典上获国际上最高的存活率（96.2%），为广东省乃至全国抗击SARS取得阶段性胜利并预防第二次疫情发生做出了突出贡献。钟南山院士通过基础和临床研究发现含硫氢基的祛痰药物（羧甲司坦）能有效地预防慢性肺阻塞性疾病患者急性发作（减小发作频率），研究结果2008年在《Lancet》上发表，引起国际医学界巨大的反响，被《Lancet》编辑部组织的全球评审中选为2008年度最佳论文（《Paperof2008》）。近十年来领导并参与组织制订了国内支气管哮喘、慢性阻塞性肺疾病、咳嗽、SARS、人高致病性禽流感等方面的诊治指南文件。钟南山院士先后主持国家863、十五、十一五科技攻关，国际合作等重大项目十余项及任973项目首席科学家，荣获国家科技进步二等奖、三等奖，广东科技进步特等奖、一等奖，何梁何利奖、吴扬特别贡献奖等二十余项科技成果奖，获全国五一劳动奖章、白求恩奖章、感动中国十大人物、华源医德医风奖、广东省抗非特等功臣、南粤功勋奖等荣誉称号,持国家“十五”和“九五”攻关课题、世界卫生组织协作课题等10余项。在《NatureMedicine》、《Lancet》等国内外学术刊物发表论文200余篇，其中54篇被SCI收录，出版专著8本,是推动我国呼吸疾病科研和临床医疗走向世界的杰出领头人之一，提升了我国呼吸病学研究领域在国际上的地位和影响。