计算机学院工程硕士从02年开始招生，招生专业有软件工程，计算机技术。工程硕士学制为3年，符合提前答辩条件的可提前答辩，最多提前一年。每年安排两次答辩时间，分别为每年的5月和11月，每年答辩申请时间为4月和10月。学费及教材费共30600元。
工程硕士的学习安排为前三个学期进行理论教学，共需修32学分的课程，课程结束时双向选择分配导师，并进入开题，中期及答辩等阶段。
我院工程硕士联合培养单位有：梅州市嘉应学院，潮州市韩山师范学院，湛江市广东海洋大学，揭阳市技工学校，阳江市职业技术学院，东莞职业技术学院，深圳诗乐有限公司，惠州高新技术产业协会，广东工业设计城发展有限公司等。
