我校1985年获得硕士学位授予权，目前有生物化学与分子生物学、生理学、病理学与病理生理学、药理学、病原生物学、临床检验诊断学、儿科学、皮肤病与性病学、神经病学、耳鼻咽喉科学、内科学及外科学12个二级学科硕士学位授权点，均面向全国招生。校外硕士研究生联合培养基地16个，校外博士研究生联合培养点1个。2002年我校获得同等学力在职人员申请硕士学位授予权，目前校内和校外同等学力教学点共10个，在读学员500多人。2003年获得临床医学专业学位授予权，目前在读生32人。共授予17届硕士学位，已毕业研究生328名。生物化学与分子生物学和肾病内科学2个学科点与中山大学联合培养博士研究生12人，整形外科学与重庆医科大学联合培养博士研究生1人，中西医结合临床与南方医科大学、临床检验诊断学与武汉大学联合培养博士研究生各1人（在读）。目前全日制在校硕士研究生392人。
     现有硕士生导师162人，兼职博士生导师5人，在校研究生与导师之比约为2.4:1。162位研究生导师中，40岁以下占25%，41~50岁占57%，51岁以上占18%；博士学位者占22%，硕士学位者占34%；正高职称者占43%，副高职称者占52%；13人获得国务院政府津贴待遇，1人被授予"国家级有突出贡献的中青年专家"、"广东省优秀专家"称号，4人被授予"广东省有突出贡献专家"称号，8人被授予"湛江市有突出贡献专家"称号，3人被评为全国优秀教师。
     经过近20年的发展，我校究生教育已形成比较合理的管理体制和较为完善的管理制度。2002年正式成立研究生处，设有招生办、培养办、学位办、管理办、综合办及研究生党总支，负责研究生招生、培养、学位授予、学籍管理及思想政治工作。主要规章制度有《硕士研究生招生实施细则》、《硕士研究生培养方案》、《硕士学位授予工作实施细则》、《硕士导师遴选方案》、《研究生学籍管理实施细则》、《研究生党总支工作管理办法》等30多项管理制度。
     近年来我校研究生教育规模不断扩大，培养质量稳步提高。2005年招生规模同比增长20%，高于全国的平均增幅。应届毕业生就业率达100%，考博率稳定在20%左右。毕业研究生工作情况反馈调查结果表明，328名毕业研究生中，已经有相当数量成为各个用人单位的学科带头人和学术带头人，约有10%的研究生在欧美等先进国家进修学习或做访问学者。毕业留校的研究生中，已有10人被聘为省级或校级学科带头人和学术带头人，2人担任校领导职务。
     二十一世纪前20年是全国高等教育快速发展的重要战略机遇期，我校研究生处将以党的"十六大"精神和"三个代表"重要思想为指导，继续坚持"教育要面向现代化，面向世界，面向未来"的方针，围绕经济建设、科技进步和社会发展的重心，不断总结经验，开拓创新；进一步深化研究生教育改革，不断改进招生办法和考试办法，适时修订培养方案，以市场为导向不断调整专业方向；进一步拓宽办学途径，加强研究生教育与管理，充分发挥业已形成的特色和优势，稳步提高研究生教育质量和办学效益，为将我校建设成为广东医科大学贡献力量。