第二临床医学院成立于2005年5月，设置在全国重点高等院校南方医科大学的第二附属医院——珠江医院。 学院占地面积9.8万平方米，建筑面积16.9万平方米，业务用房面积5.6万平方米，正在建设中的新医疗区建筑面积为16.4万平方米。编设14个临床教研室，44个专业科室，有7个专科实验室。为临床医学一级学科博士点和临床医学博士后流动站。是国家药物临床试验机构。神经外科为广东省重点学科和医学重点专科。拥有原全军神经医学研究所、优生优育计划生育技术研究所，骨科、儿科、耳鼻咽喉科、肿瘤医学等专科中心。

　　学院现有专业技术人员为1323人。其中有高级专业技术职务人员181名，博士学位人员83名，硕士学位人员159名，医疗系列硕士学历以上人员占75％。学院教学仪器设备总价值达2.8亿元。 每年承担博士后、博士、硕士、本科、大专等5个层次、9个专业近1000名学生的教学任务，接收进修生250余人。“十五”期间，共获得包括国家863计划项目、国家自然科学基金、军队重点项目、省部级及其它科研基金等各类基金课题185项，获科研经费2478万元。共获各类科技成果奖56项，其中省部级科技进步一等奖1项，二等奖11项。舒斯云教授的研究成果“一个学习记忆有关脑区的发现及其结构和功能的研究”，2000年入选中国基础医学研究十大新闻，2001年入选中国医药科技十大新闻。车小燕教授成功研制的全球首个“SARS病原诊断试剂盒”，获得国家食品与药品监督管理局颁发的新药证书和生产批文，并被列入2004年中国医药科技十大新闻首条。上述两个项目同时获得2005年中华医学科技奖一等奖。