环境工程系成立于2007年，是厦门理工学院重点学科之一。下设环境工程专业，目前开设有环境工程、环保设备工程两个专业方向。

　　环境工程系注重师资队伍建设，学科负责人黄国和教授，是国家首批“****”入选者，“****”特聘教授、国家杰出青年基金获得者、国家973和863重大科技项目首席科学家。环境工程专业现有教授2人，副教授4人，讲师9人，助教1人，具有博士学位的教师占65%，海外归来人员占21%。建设有环境工程及基础化学两个校级教学团队，形成较强的教学能力。

　　环境工程系注重实践教学，与多家企事业单位形成良好的合作关系，建设有校级实践型人才培养模式创新实验区。开展有两项省级创新性实验和五项校级创新性实验，同时开展多项学科竞赛，学生动手能力得到良好锻炼。从大学三年级开始，学生可通过参与导师、企业等各类课题丰富知识体系，获得自我探索和自我提升的机会，进一步将环境工程理论知识与工程实践相融合。

　　环境工程系生源质量较高，综合素质高，2007届本科生连续三年获得福建省五星文明班级称号。毕业生就业率好，企业评价好。部分学生通过攻读研究生进一步提高科研能力和理论水平。同时，学生也可通过推荐或1＋1国际项目方式，到加拿大里贾纳大学读取环境工程研究生学位。