生物分离工程是生物化工的一个重要组成部分，其目的是从微生物细胞或其发酵液、酶反应液和动植物细胞或其培养液中分离、提取、精制生化产品和处理副产物，它是生物技术成果产业化的必备环节。本研究方向的特点是：针对生物技术产品和生物活性物质的特点（如生物大分子结构和构象上的特点），以氨基酸、酶、抗生素、有机酸和醇类等生化产品为对象，开展如双水相萃取，反胶团萃取、亲和分配、亲和层析等分离技术以及脱色、结晶、浓缩、精馏和干燥等单元操作的研究（福建省自然科学基金e9910018、e0210019、2004h013等），结合光谱分析研究生化模型体系的分子热力学（国家自然科学基金29976035）、从事生物反应与生物分离藕合过程的研究（福建省自然科学基金e0210022），从事从海洋生物及陆地动植物材料中分离提取具有重要经济价值的生物活性物质（国家自然科学基金20276015）的研究。