华侨大学土木工程系创办于1964年春，师资骨干力量主要来自清华大学土木工程系。同年，由本校62、63级数学系学生转入工业与民用建筑专业学习，成为华侨大学土木工程系的第一批学生。同时，还招收工业与民用建筑专业和水利水电工程专业的本科生。在创办后的短短几年中，各项教学、科研等工作逐步走向正轨。后因十年动乱，华侨大学于1970年被迫停办。华侨大学土木工程系在停办前六年中所培养的216名本科毕业生，目前大部分定居在东南亚及港澳地区，为侨居国（地区）的社会繁荣做出积极的贡献。
　　
　　国务院于1978年4月决定复办华侨大学，土木工程系是首批复办的系之一。当年秋季招收工业与民用建筑专业的学生。复办后的土木工程系师资多来自清华、同济、天津大学等国内著名学府的土木工程系。很多教师有研究生学历或硕士学位，是华侨大学当时拥有最多正教授的系。由于我系师资力量较强，1984年华侨大学土木工程系获得国务院学位委员会公布的第二批结构工程硕士学位授予权，也是我校首批3个硕士点之一。1987年，土木工程系建筑工程专业被国务院侨办和福建省教委批准为重点学科，在省内与全国重点大学同时第一批录取新生，是我校首批2个省部级重点学科之一。1993年为了适应海内外房地产市场开发与经营日益增加的人才需求，经国务院侨办报请国家教委批准，土木工程系增设？quot；房地产经营与管理本科专业，并于次年招收新生。1996年4月国务院侨办与福建省人民政府协议联合共建华侨大学，确定土木工程系地震工程与防护工程为省重点学科。同年，经国家教委职改办[1996]5号文批准华侨大学具有土木学科副教授任职资格评审权。1998年，经国务院侨办报请国家教委批准房地产经营与管理专业改设为工程管理专业。2000年，经国务院学位委员会批准，土木工程系增设了工程力学学科硕士学位授权点，土木系的高学位点教学建设取得新的发展。
　　
　　为了教学实践以及工程学科必须面向国民经济建设主战场的需要，1985年土木工程系申办成立了建筑设计事务所（即现在华侨大学建筑设计院的前身）。根据国务院侨办（88）人字第143文批准，1990年成立了华侨大学土木与环境工程研究所，并挂靠在土木工程系。1993年经福建省标准计量局多方论证，认为土木工程系实验人员及设备均已达标，同意华侨大学土木工程实验室通过计量认证[证书编号（93）量认（闽）字（U0132）号].1999年，经过省教委高校专家组严格考察审核，土木工程系基础课实验室通过了省高校基础课实验室评估。同年，为了紧密结合国家建设的需要，以土木工程系为主，成立了九洲工程建设监理公司。该公司在参与福建省经济建设中发挥了积极的作用，并成为土木工程系教师和学生重要的实习基地。
　　
　　华侨大学土木工程系自创办以来，始终重视教学质量的提高和良好的教风、学风的培养。近五年来，在我校系级办学水平、学生工作评估中我系均名列学校前列，不少课程被评为省级、校级优秀课程。至今土木工程系已培养研究生16届，本科生23届，毕业生共3000余人。不少学生毕业后到美国、英国、加拿大、菲律宾、泰国、葡萄牙、澳大利亚、日本等国继续深造，攻读博士、硕士学位；毕业后在国内工作的学生，相当一部分已晋升高级职称，大部分毕业生已成为单位的业务骨干。值得一提的是，土木工程系历届毕业生得到澳门各界的好评。澳门回归前，华侨大学土木工程系毕业生的学位证书就已得到澳门政府的正式承认。现在不少澳门毕业生在澳门政府部门工作，并担任高级职务。我系为1999年澳门回归祖国培养了大批有用人才。
　　
　　1997年5月，经过全国高等学校建筑工程专业教育评估委员会严格的考察和评审，华侨大学土木工程系通过了第二批全国高校建筑工程专业教育评估。此后，在国家教委、建设部、国务院侨办、福建省政府关怀和指导下，在海外爱国华侨和各界知名人士关心、支持下，建筑工程专业得到了迅速成长和发展，并拓宽至土木工程专业。如今土木工程专业教学设施完善，师资队伍不断壮大并具有相当实力，科研方向稳定而具有特色，毕业生倍受用人单位欢迎和好评，这一切可以说明，华侨大学土木工程专业已经是一个成熟的、高质量的且具有良好发展势头的教育实体。