柯荣秦教授
联系方式：rke(at)hqu.edu.cn

教育背景:
2001.9 – 2005.7 厦门大学生命科学学院生物科学学士
2005.9 – 2008.8 厦门大学生命科学学院生物化学与分子生物学硕士
2008.9 – 2012.1 瑞典乌普萨拉大学医学科学博士

工作经历：
2016.05 – 华侨大学医学院教授
2015.01 – 2016.03 美国加州Complete Genomics, Inc. Senior Scientist
2013.11 – 2015.01 美国加州Complete Genomics, Inc. Scientist
2013.01 – 2013.06 瑞典Science for Life Laboratory博士后

研究内容及兴趣：
本实验室致力于开发新型核酸以及蛋白质检测技术并将所开发技术应用于基础研究和临床诊断。目前，我们主要关注的领域包括癌症诊断以及脑科学。作为一个交叉学科实验室，我们积极与各个领域的研究者开展合作，通过应用与传统分子生物学方法不同的新型分子分析技术探索生命科学问题，最终目标是将我们所开发的技术转化为能够服务基础研究以及临床诊断实验室的工业产品。

本实验室长期欢迎优秀硕士、博士研究生以及博士后、青年教师加盟，感兴趣者请联系柯荣秦老师。

个人简介：
柯荣秦博士，华侨大学医学院教授。2005年本科毕业于厦门大学生命科学学院，2008年获得硕士学位。2012年12月获得瑞典乌普萨拉大学（Uppsala University）博士学位，研究方向为分子诊断学。2013年加入位于美国加州的二代测序领域的知名公司Complete Genomics公司，先后担任Scientist和Sr. Scientist，期间作为核心成员深度参与研发新型二代测序方法和无创产前诊断技术，并发明了基于DNA纳米球的双端测序技术，现为华大基因自主研发的国产二代测序系统的核心技术之一。RNA原位测序技术发明人，该技术入选了Nature Methods杂志2013年度的Method of the Year，现已成为新兴空间转录组学以及多组学研究的重要技术手段之一。长期从事分子诊断相关领域新方法新技术的开发，申请了多项技术专利，其中包含一项授权国际专利，相关技术和专利产生了较大的社会经济效益。主持并参与了包括国家自然科学基金面上项目和科技部重点研发计划等在内的多项国家和省部级研究课题，入选了国家级人才计划青年项目、福建省“闽江****”****奖励计划、福建省“****”、福建省高校青年拔尖人才以及厦门市首批****人才和“双百计划”领军型创业人才等人才项目。

发表文章:
1.Lin C, Jiang M, Liu L, Chen X, Zhao Y, Chen L, Hong Y, Wang X, Hong C, Yao X,Ke R. Imaging of individual transcripts by amplification-based single-molecule fluorescence in situ hybridization.New Biotechnology.2021. 61:116-123.
2.Zhao Y, Lin C, Wu P, Chen X, Zhao Y, Li Y, Chen L, Nilsson M, Ke R.Single Cell RNA Expression Analysis Using Flow Cytometry Based on Specific Probe Ligation and Rolling Circle Amplification.ACS Sensors.2020. 5(10):3031-3036.
3.Lin C, Jiang M, Duan S, Qiu J, Hong Y, Wang X, Chen X,Ke R.Visualization of individual microRNA molecules in fixed cells and tissues using target-primed padlock probe assay. Biochem Biophys Res Commun. 2020. 526(3):607-611.
4.Jiang M, Liu L, Hong C, Chen D, Yao X, Chen X, Lin C, Ke R.Single molecule chromogenic in situ hybridization assay for RNA visualization in fixed cells and tissues. RNA. 2019; 25(8):1038-1046.
5.Ke R, Mignardi M, Hauling T, Nilsson M. Fourth Generation of Next-Generation Sequencing Technologies: Promise and Consequences. Human Mutation.2016 Jul 13. doi: 10.1002/humu.23051.
6.Ke R*, Mignardi M*, Botling J, W?hlby C, and Nilsson M. In situ sequencing for RNA analysis in preserved cells and tissue. Nature Methods. 2013, 10: 857–860. *共同一作（入选2013年度Method of the Year）
7.Ke R*, Nong RY*, Fredriksson S, Landegren U, Nilsson M. Improving precision of proximity ligation assay by amplified single molecule detection. PLoS One. 2013, 8(7): e69813. *共同一作
8.Gómez de la Torre TZ*, Ke R*, Mezger A, Svedlindh P, Str?mme M, Nilsson M. Sensitive detection of spores using volume-amplified magnetic nanobeads. Small. 2012, 8:2174-7. *共同一作
9.Sun S, Ke R, Hughes D, Nilsson M, Andersson DI. Genome-Wide Detection of Spontaneous Chromosomal Rearrangements in Bacteria. PLoS One. 2012, 7: e42639.
10.G?ransson J, Ke R, Nong RY, Howell WM, Karman A, Grawé J, Stenberg J, Granberg M, Elgh M, Herthnek D, Wikstr?m P, Jarvius J, Nilsson M. Rapid identification of bio-molecules applied for detection of biosecurity agents using rolling circle amplification. PLoS One. 2012, 7: e31068.
11.Ke R, Zorzet A, G?ransson J, Lindegren G, Sharifi-Mood B, Chinikar S, Mardani M, Mirazimi A, Nilsson M. Colorimetric nucleic acid testing assay for RNA virus detection based on circle-to-circle amplification of padlock probes. Journal of Clinical Microbiology. 2011, 49:4279-85.
12.Ke R*, Yang W*, Xia X, Xu Y, Li Q. Tandem conjugation of enzyme and antibody on silica nanoparticle for enzyme immunoassay. Analytical Biochemistry. 2010, 406:8-13. (selected for cover) *共同一作 （封面文章）
13.Bari?i? I, Schoenthaler S, Ke R, Nilsson M, Noehammer C, Wiesinger-Mayr H, Multiplex detection of antibiotic resistance genes using padlock probes. Diagnostic microbiology and infectious disease. 2013, 77: 118-125.
14.Xia X, Xu Y, Ke R, Zhang H, Zou M, Yang W, Li Q, A highly sensitive europium nanoparticle-based lateral flow immunoassay for detection of chloramphenicol residue, Analytical Bioanalytical Chemistry. 2013, 45: 7541-7544.
15.Pacureanu A, Ke R, Mignardi M, Nilsson M, W?hlby C, Image based in situ sequencing for RNA analysis in tissue. Biomedical Imaging (ISBI), IEEE 11th International Symposium on, 2014: 286-289.
16.New technologies for DNA analysis--a review of the READNA Project, New Biotechnology. 2016, 33:311-330.

其它文章:
1.Jiang M, Lin C, Ke R.Detection of Individual RNA in Fixed Cells and Tissues by Chromogenic ISH.Bio Protoc.2020:10(3):e3510.
2.Zeng F, Ma X, Zhu L, Xu Q, Zeng Y, Gao Y, Li G, Guo T, Zhang H, Tang X, Wang Z, Ye Z, Zheng L, Zhang H, Zheng Q, Li K, Lu J, Qi X, Luo H, Zhang X, Wang Z, Zhou Y, Yao Y, Ke R,Zhou Y, Liu Y, Sun H, Huang T, Shao Z, Xu H, Wang X. The deubiquitinase USP6 affects memory and synaptic plasticity through modulating NMDA receptor stability.PLoS Biol.2019. 17(12):e**.
3.Hauling T, Ke R,Krzywkowski T, Nilsson M. In situdetection of individual mRNA molecules with padlock probes and target-primed rolling-circle amplification in fixed mouse brain tissues. In Situ Hybridization Methods,2015: 485-507

所获荣誉：
福建省“闽江****”****（2015年）
第五批福建省“****”（2017年）
厦门市首批****人才（2017年）
福建省高校青年拔尖人才（2018年）

承担课题：
1.国家自然科学基金(面上项目)：新型单分子RNA原位检测技术的开发及其在空间基因表达分析中的应用（2018.01-2021.12）
2.国家重点研发计划“干细胞及转化研究重点专项”（青年科学家项目）：造血干细胞分化中的选择性剪切调控机制子课题（2018.01-2021.12）