福州大学生物工程学科是福建省级重点学科，培养目标是使学生系统地掌握生物工程及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，培养能在生物、制药、食品和环保等科学技术领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发、资源利用等方面的高级科技人才。
　　学院目前有生物化学与分子生物学、发酵工程、食品工程三个硕士点。
　　生物化学与分子生物学
　　培养目标： 1、坚持党的基本路线，热爱祖国，遵纪守法，具有良好的科研道德和敬业精神。品行端正，诚实守信，身心健康。2、适应科技进步和社会发展的需要，掌握生物化学与分子生物学学科坚实的基础理论和系统的专门知识，有较强的自学能力和较宽的知识面，具备进一步深造的学术基础和科研技能。掌握一门外国语。熟悉现代实验技术和计算机技术。具有独立从事科学研究，教学工作和担负专门技术的能力。3、具有创新精神、实践能力和创业素质。
　　主干课程：分子生物学、生物分子分离与表征、生物合成药物学、生化反应工程、高等生化分离工程。
　　发酵工程
　　培养目标：1、坚持党的基本路线，热爱祖国，遵纪守法，具有良好的科研道德和敬业精神。品行端正，诚实守信，身心健康。2、适应科技进步和社会发展的需要，掌握食品科学学科坚实的基础理论和系统的专门知识，有较强的自学能力和较宽的知识面，具备进一步深造的学术基础和科研技能。掌握一门外国语。熟悉现代实验技术和计算机技术。具有独立从事科学研究，教学工作和担负专门技术的能力。3、具有创新精神、实践能力和创业素质。
　　主干课程：高等生化分离工程、生化反应工程、生物合成药物学、现代分子生物学实验技术。
　　食品科学
　　培养目标：1、坚持党的基本路线，热爱祖国，遵纪守法，具有良好的科研道德和敬业精神。品行端正，诚实守信，身心健康。2、适应科技进步和社会发展的需要，掌握食品科学学科坚实的基础理论和系统的专门知识，有较强的自学能力和较宽的知识面，具备进一步深造的学术基础和科研技能。掌握一门外国语。熟悉现代实验技术和计算机技术。具有独立从事科学研究，教学工作和担负专门技术的能力。3、具有创新精神、实践能力和创业素质。
　　主干课程：食品工程高新技术、高等食品化学、酶学及其应用、现代食品质量控制体系、蛋白质化学。