土木工程系主要负责本科土木工程(方向一)、给排水工程的专业课和全院相关专业基础课的教学工作，同时承担市政工程专业硕士生的培养工作。现有教师27名，其中教授3名，副教授（高级工程师）7名，讲师（工程师）13名；具有博士学位的教师5名，硕士学位的教师16名。博士后2名，在读博士9名，硕士生导师7名。现任系主任林于东副教授。
　　土木工程专业是我校传统与重点建设专业，2003年通过建设部专业评估，2006年列为福州大学重点建设专业。学生毕业后可以在房屋建筑、道路与桥梁、房地产等系统从事设计、施工、管理和科研等方面的工作。给排水工程专业主要培养市政工程、建筑工程及环境保护等部门从事给排水工程的规划、设计、施工和运行管理工作高级人才。两个专业每年招收学生180名，其中土木工程专业120名，给排水工程专业60名，在校生近700名。现已培养了3000多名合格的本科毕业生，为国家和福建省的经济建设和社会发展做出了积极的贡献。
　　近5年土木工程系承担了10多项省、厅和横向的科研课题和3项校级教研课题，在国内外专业学术刊物上发表100多篇论文，并主编或参编8本教材、专业书籍。