2003年漳州师范学院被国务院学位委员会正式批准为硕士学位授予单位，中国古代文学、基础数学两个学科专业新增为硕士学位授予点，并于2004年开始面向全国招收硕士研究生。中国古代文学主要研究方向为唐宋文化与文学、唐前文献与文学和元明清文学，基础数学主要研究方向为一般拓扑学及应用、微分几何、函数论、微分方程及应用、代数学和组合数学与图论。院党委高度重视研究生教育工作，为了加强管理和促成研究生教育发展的不断深入，决定成立了研究生处，下设招生科（研究生招生办公室）、培养科、学科建设与学位科。研究生处将逐步建立有效而精干的研究生管理工作体制与队伍，具体负责实施研究生的规划招生、学籍、培养、学位、政治思想以及学科建设等方面的工作，努力拓展研究生教育，使研究生教育对本科教学、科学研究、学科建设产生强大的拉动作用。