福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。成立伊始，抗战爆发，随即迁址闽中山城沙县。1939年改名为福建省立医学院，1946年初迁回福州。1949年改称福建医学院。“文革”期间，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学，迁址泉州，所有附属医院被撤销，直到1978年迁回福州，学校才逐步走上稳定发展的道路。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
在60多年的办学历程中，学校多次经受住严重曲折的考验，经过几代人的不懈奋斗，发展成为一所以临床医学为重点，预防医学、口腔医学、护理学、药学等多学科协调发展，形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学，是福建省重点建设的8所高校之一。2003年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
学校有交通路和大学城两个校区。交通路校区座落在福州市中心乌山南麓，占地255亩，建筑积20万平方米，是学校目前本部所在地。大学城校区占地1060亩，规划建筑面积32万平方米，一期已投资1.7亿元,完成5.6万平方米；二期10.8万平方米已动工，预算投资3.5亿元。
学校现有14个学院，即基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、药学院、护理学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、成人教育学院、职业技术学院和继续教育学院；2个系（部），即人文社会科学系（马列部）和体育教研部；15个本科专业，即临床医学（七年制）、临床医学（五年制）、临床医学（眼与视光学）、预防医学、口腔医学、医学检验、检验检疫、护理学、麻醉学、医学影像学、药学、康复治疗学、应用心理学、公共事业管理和社会工作；10个高职专业；博士点12个，硕士点45个、硕士专业学位2个。学校是在职人员以研究生毕业同等学力申请硕士学位授权单位和对台湾单独招生学校，可招收外国留学生和港澳台学生，基本形成了以本科教育为主，大力发展研究生教育和长学制教育，适度开展高等职业技术教育和成人教育的办学格局。
学校目前在校研究生1285人（其中博士研究生129人），七年制本科生598人，普通本科生5603人（其中外国留学生9人，港澳台侨学生64人），高职高专学生882人（其中校外办学点447人），成人教育学生4696人（其中校外办学点563人）。现有教职医护员工5359人，其中高级专业技术人员901名，博士146人，在职攻读博士学位的教师103人。在502名专任教师中，高级职称占43.62%。具有研究生学位占59.23%，其中医药类学科教师具有研究生学位占70.96%，35岁以下青年教师具有研究生学位占61.84%。博士生导师42名，硕士生导师424名，国家有突出贡献中青年专家4人，享受国务院特殊津贴专家93人，卫生部有突出贡献中青年专家3人，福建省优秀专家17人，“百千万人才工程”第一、二层次人选3人，第三层次人选49人。
学校有附属医院(含临床医学院)7所，其中综合性附属医院(含临床医学院)6所，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）和附属厦门第一医院；附属口腔医院1所。除新建的附属厦门第一医院外，其余综合性医院均为三级甲等医院。此外，有临床教学医院23所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
学校图书馆面积9165平方米，藏书93万册，是福建省医学图书中心馆，开通电子书刊阅览室和医学文献检索系统。大学城新校区图书馆规划2万平方米，将于2004年底动工兴建。
目前，学校有博士后科研流动站1个，国家药品临床研究基地等科研机构56个，福建省“211工程”重点学科2个，省教育厅重点学科3个，省科技厅优先发展学科8个，学校重点学科8个，省医学重点专科6个，省领先医疗特色专业5个，省教育厅重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著，在基础研究和应用研究等一些领域开始走向国内外学术舞台，如学成回国的我校3名教师在美从事科学研究期间，分以并列第一作者和第二作者在《Science》、《Nature Medicine》和《Nature Neuroscience》杂志上发表了3篇论文。易自翔教授主持的《耳硬化症的临床和基础系列研究》获国家科学技术进步二等奖。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。
学校积极开展对外交流，加强国际间学术往来和科技合作。近五年派出350多人次赴美、英等20多个国家和地区考察、讲学、进修；同时，接受了来自美国、日本等国家和地区的专家、学者160多批700多人次来校访问、讲学、科研开展其学术活动。学校聘请了20多位旅居海外、学有所成的校友兼任学院、系、部或研究所的副职，90多位外国专家、海内外校友为客座教授。还与美国、日本、瑞典、丹麦、芬兰、澳大利亚和加拿大等国家多所医学院校建立了协作关系。
进入新世纪后，我校把发展作为办学第一要务，坚持走超常规、跨越式的发展之路，力争到2010年，综合实力和整体水平跨入国内省属同类高校先进行列。