医院专业设置齐全，设有内、外、妇、儿等临床科室46个，药学部、检验科、放射科、超声科等医技科室13个，设有省心血管病研究所、省急诊医学研究所、省胃肠病研究所、省老年病研究所、省核医学研究所等省级医学研究所5个，省心脏介入治疗中心、省消化内镜中心、省微创外科治疗中心等省级医学中心3个，临床检验、急诊、高压氧、病理、影像医学、病案、心血管介入、护理、感染性疾病等省级专业质控中心9个。福建省紧急医疗救援中心，福州市120指挥调度中心以及全省唯一的宁养院和全国唯一设在综合性医院的赴美移民健康体检中心均设在医院。
全院现有在岗职工3700余人，其中博、硕士人才560多人。急诊医学、重症医学、心脏大血管外科、护理被列为国家级临床重点专科建设项目，省心血管病研究所是省科技厅的优先发展单位，消化内科、内分泌科、普外科、骨外科、泌尿外科、肿瘤外科列入省科技厅优先发展学科。心内科、心外科、消化内科被省卫生和计划生育委员会首批列为省医学重点专科，糖尿病专业被列为省领先医疗特色专业。心血管病重点实验室是全省医院系统唯一的省级重点实验室，并获省科技厅资助建设全国第一个心血管病领域的细胞生物学研究平台。2009年获批福建省研究生教育内科学创新基地。国家卫生和计划生育委员会冠心病介入诊疗培训基地和心律失常介入诊疗（导管消融和植入器械）培训基地、脑卒中筛查与防治工程基地、四级妇科内镜手术培训基地培育单位、临床药师培训基地、腹膜透析培训示范中心培育单位、癌痛规范化治疗示范病房以及远程病理会诊中心均获批设立。
近10年来，中标各类课题491项，获得科研经费2418万元，获得科研成果奖93项（省部级二等奖12项，省部级三等奖36项）。每年完成国家级、省级继续医学教育近100项。在全国性专科学会任职的专家有30位，在省级各专科学会任职的有116位，全院享受政府特殊津贴专家48人，20多位专家分获中央保健工作突出贡献者、卫生部突出贡献中青年专家、省运盛青年科技奖、省青年科技奖等奖项。每年开展新技术、新项目30多项，一大批新技术、新疗法达到省内领先、国内先进水平。
医院重视与国内外的学术交流，先后与美国克利夫兰医学中心、美国蒙山纳医学中心结为友好医院，与新加坡心胸外科中心、日本冲绳中部病院建立友好协作关系。近年，又与美国布鲁克林医学中心、德国国家（柏林）心脏中心达成缔结合作关系，进一步推进国际间交流。医院坚持以病人为中心，科教兴院、质量建院、人才立院，致力于创建数字化医院、人性化服务、花园式环境，全面提升医疗水平、建设水平、管理水平、服务水平，以严谨的医疗作风、精湛的医疗技术和严格的科学管理，努力为国内外病人提供更好更多的医疗服务，为保障人民健康、建设海峡西岸经济区做出新的贡献。

福总临床医学院简介
福建医科大学福总临床医学院成立于2001年12月，1989年开始培养硕士研究生，2006年开始培养博士研究生。2010年学院对四七六医院、一七四医院、一七五医院三个研究生培养单位进行归并管理，导师队伍不断壮大。学院设有国家人事部博士后科研工作站，拥有7个博士后带教学科，2016年招生的博士生导师3人，硕士生导师39人。此外，医院每年还承担学校200余名本科生临床大课、临床见习、临床实习教学任务，每年接收军内外进修生200余人次。
学院的临床教学医院南京军区福州总医院（原九三医院）又称东方医院，建于1949年8月。医院由院本部、莆田九五临床部、宁德442临床部、福州476临床部组成。医院院本部占地面积38万平方米（570亩），医疗用房面积10多万平方米。医院院本部开展床位2300多张，年门诊量达近186.5万人次、年住院量7.18万余人次，年手术量2.79万多台次。医院技术力量雄厚，拥有高级技术职称专家近300名，具有博士学位者119名、硕士学位者221名，在国家、军队及省级担任学术职务490多人次，其中领军人才3人，国家级学科带头人5人次，全军级学科带头人9人，军区级、省级学科带头人120人次。
医院拥有国内领先的医疗、教学、科研设备，设备总值已超过7亿元，主要有PET-CT、磁共振仪4台、高速CT2台、全身γ-刀、ECT、DSA、数字胃肠机（DR）、数字拍片机（CR）、头颅X-刀、检验自动化流水线系统、全层流净化手术室等。
医院院本部设有53个专业学科，拥有3个国家级重点学科：国家中医药管理局肿瘤重点学科、国家卫生部脑卒中筛查防治基地、国家临床重点专科军队建设项目（器官移植科）；2013年被科技部认定为环境影响早期个体发育示范型国际科技合作基地；现有9个全军级重点学科：全军临床检验医学研究所、全军细胞与器官移植研究所、全军儿科疾病诊治中心、全军妇产科中心、全军微创神经外科中心、全军计划生育优生优育研究所、全军临床药理基地、全军医院信息化研究与技术支持基地、全军卫生音像制作中心；14个南京军区重点学科：军区普通外科研究所、肝胆外科研究所、骨科研究所、肿瘤中心、肾脏病中心、呼吸内科中心、中医中心、消化内科中心、糖尿病诊疗中心、药学中心、病理诊断中心、医学影像中心和白内障中心。拥有福建省和全军重点实验室各1个：全军组织修复与器官重建重点实验室、福建省移植生物学重点实验室。
器官移植是医院的主要特色，已先后开展肾脏、肝脏、肝-胰-肾、肝-肾、胰-肾、心脏、心肺、肺脏、角膜、骨髓等移植，手术的种类、数量和质量居国内领先水平，成为国内重要的大型器官移植中心之一。同时，医院在肾脏病、肝胆疾病、女性尿失禁、脊柱疾病、颅脑疾病、老年病、心脑血管病、消化病、肿瘤等疾病诊治方面处于国内先进水平。医院开展的临床检验技术、血液净化技术、放射介入技术、病理诊断技术、微创技术、超声诊治技术等处于军内外、省内外先进水平。
医院科研能力较强、研究水平较高。近三年，获批国家自然科学基金24项，获批国家科技部重大支撑计划项目1项，获批“863”青年科学家项目1项，福建省科技重大专项3项，获各类课题资助3870万元；获军队和省部级科技（医疗）成果一等奖2项、二等奖19项、三等奖25项；获得专利45项；在统计源期刊发表论文1860篇，发表SCI论文128篇，谭建明副院长的原创性临床研究论著发表在世界顶级医学杂志《JAMA》上，单篇影响因子30.026分；主编专著16部；主办《功能与分子医学影像学》和《中华细胞与干细胞杂志》2本期刊。