中国科学院福建物质结构研究所（简称福建物构所）创建于1960年，它的前身是中国科学院福建分院筹建的技术物理所、应用化学所、电子学所、数学力所、自动化所、稀有金属所和生物物理研究室。1961年调整合并为理化研究所，1962年改名为华东物质结构研究所，1973年定名为中国科学院福建物质结构研究所。我国著名的科学家、教育家卢嘉锡院士（已故）是我所的创始人。经过几代人的努力，福建物构所逐渐成为在国内外有特色、有影响的我国结构化学和新晶体材料的重要综合研究基地之一。
    福建物构所位于福州市西郊的闽江之畔，风光秀丽，气候宜人，眦邻的世界500强企业“沃尔玛山姆会员店”与所仅一街之隔。全所占地面积约150亩，大院里已形成环境园林化、生态自然化的格局，与相邻的福州江滨公园、金牛山公园相交辉映。
    福建物构所现有职工304人，其中：中国科学院院士2人（吴新涛院士、洪茂椿院士）；研究员29人；副研究员、高级工程师34人。是国家硕士、博士学位授予单位，并设有博士后流动站。现有在学博士生110人、硕士生166人、博士后6人、博士生导师25人。
    2004年，根据中科院提出的“以人为本，创新跨越，竞争合作，持续发展”新科技发展观的要求，对科研系统结构进行了调整，在原有三个研究室的基础上，设立了“三个研究平台”（结构化学国家重点实验室、光电材料工程技术研究中心、纳米材料重点实验室）其中包括“七个研究室”即：结构化学基础研究室、纳米材料研究室、理论计算化学研究室、晶体材料研究室、材料物理与化学研究室、激光工程研究室、应用化学研究室。
    福建物构所是以基础研究为主的研究机构。主要从事新型化合物的晶体和分子结构及其与宏观性能（即化学性能、物理性能和生物活性）之间的相互关系，并重视研究其可能的潜在应用。以无机化学、金属有机化学和物理化学前沿领域的金属簇化学及新技术晶体材料为主攻方向，进行系统的基础研究和应用研究。同时适当开展生物大分子（包括金属酶）的晶体结构和分子结构研究。充分发挥结构化学、新技术晶体材料等学科领域的优势，瞄准二十一世纪科学发展优先领域中重大基础性问题，重点开展结构敏感功能、纳米材料、光电子功能材料的研究，使结构化学和材料科学连成一个有机的整体。形成从基础研究、应用基础研究、应用研究到成果转化的良性循环体系。在科研方法上，重视实验与理论、化学与物理和其它非化学学科、结构与性能、静态与动态、基础与应用的“五重双结合”，形成综合优势。建所以来，共有219项科技成果获得各类科技奖励，其中问鼎国家科技三大奖及中科院科技进步特等奖11项、中国发明专利金奖2项。“八五”以来（至2004年止），共发表科技论文2699篇，论文被SCI收入和引用数一直居全国1500多个研究机构的前列。
    2001年7月，福建物构所获准进入中科院第二期创新工程试点，从此这个中国科学院在闽的唯一研究所，如涅槃后的凤凰一飞冲天，各方面的工作取得骄人的成绩。2001年至2004年，福建物构所共有10项科技成果获得国家和省、部级三等奖以上奖励。其中，洪茂椿、吴新涛院士承担的“新型无机聚合物的设计合成、结构规律与性能研究”既2001年获中科院自然科学奖一等奖之后，2002年又荣获国家自然科学奖二等奖；2003年，由卢绍芳等完成的“钼（钨）硫核或纯核簇的集合、结构和性能研究”获得福建省自然科学奖一等奖。近几年来，福建物构所前沿基础研究学术成果的国际影响力显著增强，尤其是洪茂椿院士、吴新涛院士和曹荣研究员分别以无机化学前沿研究的评述性专章被收入国际学科性重要出版物、多篇论文进入ESI顶级引用率以及有关论文连续入选ISI“十大化学热门文献”等，在国际上产生积极影响并受到国际权威机构的赞赏。
    进入创新工程以来，福建物构所把“人才强所”的战略作为“重中之重”的任务来抓，努力从各个方面为年轻同志创造成才条件，重视和发挥青年科技人员的主动性、创造性和积极性，积极为他们创造一种良好的环境，让更多青年同志有机会进入学科前沿领域，通过组织重大科技活动和加强国际合作与交流，培养和造就了一批优秀学术带头人。继洪茂椿院士之后，曹荣、卢灿忠和郭国聪三位研究员获得国家杰出青年基金资助。卢灿忠、黄艺东二位研究员入选首批国家级新世纪百千万人才工程。郭国聪、毛江高、杨国昱三位研究员入选福建省第六批百千万人才工程，使一批优秀年轻的学术带头人脱颖而出。
    福建物构所积极参与和融入地方社会经济建设，积极发挥中科院在闽的窗口和纽带作用,通过项目带动战略，为提高福建省的自主科技创新能力和促进社会经济发展做出了重要贡献。 2003年3月，福建省批准依托福建物构所、联合省内高等院校、科研院所、企业等同行的优势组建“福建光电子材料工程技术研究中心”，并纳入福建省与中科院共建的重要内容加以推进。2004年又批准实施以福建物构所为牵头单位的重大科技专项“新材料与器件”，加快促进福建光电子材料工程技术的研究和发展。同时福建物构所与福州大学和福建师范大学签订了共建协议,标志着所校的合作与交流走向规范化和法理化的层面。由福建物构所控股的福建福晶科技有限公司，拥有世界一流自主知识产权的专利和非线性光学晶体材料和器件的产品。公司依靠所里雄厚的科技实力和人才优势，根据中科院的要求，正加快实现中国人工晶体产业整合的定位和人工晶体市场的产业升级，一方面靠市场化整合（产业平台），另一方面完成与资本市场接轨，尽快成为上市公司（资本平台），并联合省内高等院校、科研院所、企业等同行的优势，加快促进福建省光电子材料的建设和发展，起到了示范和带头作用。对推进福建的社会经济、科技的和谐快速发展，加快福建省全面小康社会和海峡西岸经济区的建设都具有重要的意义，得到省委、省政府充分肯定。
    福建物构所坚持科学的发展观和可持续发展战略，在设备购置、基础建设等方面保持较大投入力度。2001年以来，仪器装备总投资5400万元，目前有各类科研仪器3700多台，总价值达6600多万元，其中价值200万元以上的仪器设备有8台，为所里的科研和可持续发展提供了强有力的保障。在园区基础建设方面，建筑面积7960平方米的物理楼改造装修工程，已于2003年交付使用，装修改造后的物理大楼，设施完善、功能齐全、面貌一新。新落成的研究生公寓（7182多平方米），从建筑造型，到室内装饰都让人耳目一新，为广大学生创造了一种优美、舒适的学习和生活环境。新建化学综合实验楼（建筑面积12000平方米）在时间紧、要求高的情况下，已进行基础施工，2006年底化学综合实验楼的建成，将使福建物构所具备了在结构化学与新材料学科基础设施方面达到国际先进水平的研究所。
    福建物构所出版的刊物有中英文版《结构化学》（收入SCI）,影响因子为0.548，是国家一级学术刊物。图书馆藏书45000余册，期刊400余种13万余册。