本系自1979年开始招收基础数学专业研究生以来，经过近20年的发展，目前有三个硕士学位授予点：基础数学、应用数学、概率论与数理统计；基础数学成为重庆市重点学科。目前在代数学、课程与教学论（数学）、泛函分析、生物数学四个方向博士生。同时招收代数学（群论、群表示论）、课程与教学论（数学）、生物数学、代数数论、泛函分析、应用泛函、微分几何、概率论随机分析、金融统计等方向硕士研究生。还招收培养“数学教育学教育硕士”，数学教育研究生课程进修班，现代统计与经济管理研究生课程进修班。受理具有研究生同等学历的人员申请硕士学位。