在2020年度北京市科技奖励评选中，中国科学院软件研究所参与完成的项目“科技期刊一体化融合出版关键技术研究与产业化应用”荣获北京市科学技术进步奖二等奖。
　　主要完成单位包括：北京仁和汇智信息技术有限公司、中国科学院文献情报中心、中国科学院软件研究所、中国科学院自动化研究所、中国科学院物理研究所。
　　软件所主要完成人为期刊联合编辑部副编审祁丽娟(排名第7)。
　　科技期刊是科技创新、发明创造的成果首发竞争的主战场，也是弘扬科学精神、传播科学方法、服务社会发展的重要支撑体系。我国是科技期刊论文出版大国，但出版能力明显落后于发达国家，期刊影响力更是远低于国际先进水平，为此造成巨额论文版面费外流，面对如此惨痛的现状，习近平总书记在2016 年中国科协全国代表大会上，号召全体科研工作者“把论文写在祖国的大地上”。
　　该项目响应国家号召，依托强大的技术实力与行业理解能力，启动自主研发，创新性突破解决自定义模板驱动下XML 结构化自动排版难点技术，实现期刊论文的全文结构化即时发布与优先出版；创新性突破解决XML/HTML 非结构化整体界面可视化修改同时实现结构化存储的难点技术，实现期刊数字出版全流程在线作业；创新性提出并实现微信公众号加密扫码关注方法，实现以精准推送带动的移动媒体传播融合，创新性利用海量数据基础，基于相似性算法、规则匹配算法，以及专业关键词库，实现内容智能校对。该项目解决了“XML 结构化在线排版”和“XML 一体化融合出版”两个关键的核心问题，实现产品化服务化应用落地，并推广投入行业产业化应用。目前已广泛应用到国内外1000 多种科技期刊，产生了显著的经济效益和社会效益。