2018年7月21日，微生物所向院条财局提交了所级公共服务中心（所级中心）的建设方案。经专家函评和9月28日专家组进行现场答辩和考查后，院条财局已于10月31日正式批准所级中心重新进入择优支持行列。在本次申报过程中，所领导班子予以高度重视，对所级中心的人事、管理与架构进行了改革。新组建的所级中心在科技处、财务处和人事处等部门的全力支持下，调整和积极申报。重新申请工作得到了专家的高度认可。
　　新组建的微生物所所级公共服务中心目前共有94台套共享设备，总值约1亿元。在2016－2018年，设备共享机时和获补助经费额度在北京生命科学大型仪器区域中心（共9家单位）连续排名第一，为本所及数百家研究单位、高技术企业的研发项目提供了强有力的支撑。此次重获择优资助后，所级中心将继续加强共享设备的装备力量、服务质量、管理水平和技术能力，为保障我所微生物学科发展的战略目标做出全新的贡献。