应用科学学院由四系一所两中心组成，即数学力学系、物理系、化学系、生物科学与技术系、应用物理所、现代物理研究中心和化学分析测试中心。设有凝聚态物理博士学科授权点；应用数学、计算数学、运筹学与控制论、固体力学、凝聚态物理、物理电子学、分析化学、应用化学、化学工程等硕士学科授权点；数学与应用数学、信息与计算科学、应用物理学、应用化学、生物技术等五个本科专业。今年将申报固体力学和应用化学博士学科授权点，为学校理科群建设打好基础。
学院学科面宽广，主要从事应用基础理论教学和科学研究。拥有一支结构合理、治学严谨、学术水平高、富有开拓精神的师资队伍。学院共有教职员工151人，其中有中科院院士1人，博士生导师9人，硕士生导师48人，教授27人，副教授40人。由国外学成归国的导师所占比例为31%。学院目前在校本科生980人，研究生267人。
学院不仅承担了全校170门课程的教学任务，同时还承担着国家重点基础研究发展规划项目973、863项目、国家自然科学基金重点课题、北京市自然科学基金项目及中关村风险投资项目等研究任务，研究方向为33个。曾获国家自然科学奖、国家教育部科技进步奖、863项目重大贡献奖等二十余项。近两年学院获得的纵向和横向课题经费已达340万元，在国内外重要期刊发表学术论文240篇。随着“211工程”及世界银行贷款项目的实施，学院共增添大型设备近30台件，建成了具有国内一流先进设备的力学实验室、微机接口实验室、传感器实验室、信息技术实验室、高效液相色谱实验室、色质联用实验室、离子色谱实验室、结构分析实验室等。我院物理系的国家工科物理基础课程教学基地，2004年顺利通过教育部专家组验收。教学基地的经验已在多所高校推广。