基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性

苏佳¹, 何锴², 连春盎¹, 张雪¹, 余珂^1,?

1. 北京大学深圳研究生院环境与能源学院, 深圳 5180552. 南方医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室, 广东省单细胞技术与应用重点实验室, 广州 510515

收稿日期:2021-03-31修回日期:2021-05-28出版日期:2022-03-20

基金资助:国家自然科学基金(51709005)资助

Diversity Analysis of Intestine Microbiota of Yunnan Small WildlifeMammals Based on 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing Technology

SU Jia¹, HE Kai², LIAN Chun’ang¹, ZHANG Xue¹, YU Ke^1,?

1. Department of Environment and Energy, Peking University Shenzhen Graduate School, Shenzhen 5180552. Southern Medical University, School of Basic Medical Science, Guangdong Provincial Key Laboratory of Single Cell Technology and Application, Guangzhou 510515

Received:2021-03-31Revised:2021-05-28Published:2022-03-20

摘要/Abstract

摘要： 以生活在同一生境, 但具有不同进化关系和不同食性的野生哺乳类动物(鼠科、猬科和鼩鼱科)为研究对象, 通过16S rRNA基因扩增子测序, 分析和比较其肠道菌群。共识别出5378个操作分类单位(OTUs), 主要隶属Firmicutes (40.55%), Proteobacteria (34.60%)和Bacteroidetes (13.67%)。Firmicutes和Bacteroidetes是鼠科的优势菌门, Proteobacteria是猬科和鼩鼱科的优势菌门。多样性分析表明, 鼠科、猬科与鼩鼱科的肠道微生物多样性及群落结构具有显著性差异; LEfSe分析表明, 鼠科中存在更多与复杂碳水化合物发酵相关的细菌, 猬科和鼩鼱科中含较多氨基酸发酵菌; 益生菌(如Lactobacillus和Lactococcus等)共存于这3类野生小型哺乳类动物中, 起调控宿主健康的作用。研究结果揭示, 宿主食性与进化关系影响着野生小型哺乳动物肠道菌群结构, 而肠道菌群可能在多种方面对宿主起益生作用。

引用本文

苏佳, 何锴, 连春盎, 张雪, 余珂. 基于16S rRNA基因扩增子测序技术研究云南野生小型哺乳动物肠道菌群多样性[J]. 北京大学学报自然科学版, 2022, 58(2): 326-336.
SU Jia, HE Kai, LIAN Chun’ang, ZHANG Xue, YU Ke. Diversity Analysis of Intestine Microbiota of Yunnan Small WildlifeMammals Based on 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing Technology
[J]. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Pekinensis, 2022, 58(2): 326-336.





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