交通运输学院是我校历史最悠久的学院，学院建设最早可追溯到1896年成立的交通大学的前身——南洋公学。1909年，清政府邮传部创办了北京铁路管理传习所及北京邮电大学，铁路管理专业成为最初的学科专业。1921年学校与上海、唐山两所工业专门学校合并，定名为交通大学，下设京、沪、唐三校，我校称交通学北京学校。新中国成立以后，经政务院定名为北方交通大学，毛泽东主席于1951年亲笔为学校题写了校名。1986年，运输管理工程专业被国家批准为全国首批硕士学位授予单位，1986年成为首批博士学位授予单位。1987年运输管理工程学科被国家批准为全国重点学科。2001年，在国家组织的第二批重点学科评比中，交通运输规划与管理继续被评为该领域全国三个重点学科之一。

交通运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、旅游管理系、系统工程与控制研究所、系统科学研究所、交通运输系统模拟实验室及电子商务实验室。目前，学院拥有交通运输工程博士后流动站1个，交通运输规划与管理、系统工程博士点3个，交通运输规划与管理、系统工程、系统分析与集成，系统理论、安全技术及工程和环境工程硕士点6个，交通运输、交通工程、旅游管理、电子商务本科专业4个和1个部级开放实验室。学院还有交通运输工程、控制工程2个工程硕士点，为交通运输工程领域培养高素质的工程应用型人才。到2003年9月，全院有“****计划”特聘教授2人，博士生导师25人，教授34人，副教授35人，全院有博士学位的教师占教师总数的31.4%，有硕士学位的教师占教师总数的80%以上。学院在册全日制本科学生1200余人，全日制硕士研究生250余人，博士研究生100余人，工程硕士120余人。

交通运输学院不断拓展学科发展领域，广泛开展国际学术交流。目前已与美国、英国、荷兰等30多个国家和地区的大学开展了科技交流与合作，并与英国南安普顿大学签定了联合培养研究生的协议，与夏威夷太平洋大学签定了联合培养本科生的协议。学院每两年举办一届交通运输研究国际学术会议（ICTTS），会议论文集由美国土木工程师学会出版并被EI及ISTP检索系统收录。该会议为我校在国际交通运输领域建立了良好的关系，扩大了影响，极大地推动了我校交通运输研究与国际学术界接轨的进程。