刘一



职称：副教授

学历：博士

办公电话：010-51684931

办公邮箱：yiliu@picb.ac.cn,yiliu@bjtu.edu.cn

毕业学校：北京大学








个人简介：
我的研究兴趣主要集中在以下方面：
1.分子系统生物学
通过与国内、国外的高水平研究机构合作，研究面向人类疾病与健康的若干生物学基础问题。

基于新一代深度测序技术的基因调控网络逆向工程方法

人、鼠胚胎干细胞自我更新与分化过程中的表观遗传学机制

卵巢癌等恶性肿瘤发生、发展中的基因组学与表观遗传学分子标记

恒河猴的基因组学与转录组学研究

TALEN，CRISPR/CAS等靶向基因敲除技术

其它分子医学与转化医学研究

2.计算机视觉与模式识别
主要研究图像与形状的相似性度量，图像的特征学习，图像标注与场景识别等问题。

基于核方法的图像特征学习与表示

相似性度量与图像语义学习

图像特征的稀疏化表示

3.数据挖掘与知识工程
面向社会需求，立足于解决前沿科学研究中的实际问题。

系统生物学高通量深度测序数据中的关联规则挖掘

单分子成像技术中的显微图像数据分析

论文情况：
以下是主要代表性论文，*号标注通讯作者或共同通讯作者，^号标注同等贡献的作者。
[1]YiLiu,HongbinZha,HongQin,ShapeTopics:ACompactRepresentationandNewAlgorithmsfor3DPartialShapeRetrieval,IEEEComputerSocietyConferenceonComputerVisionandPatternRecognition(CVPR2006),vol.2,pp:2025-2032,2006.[CCFA类会议]
[2]YiLiu,Xu-LeiWang,HongbinZha,DimensionAmnesicPyramidMatchKernel,theTwenty-ThirdAAAIConferenceonArtificialIntelligence,(AAAI2008)2008.[CCFA类会议]
[3]YiLiu*,Xu-LeiWang,Hua-YanWang,HongbinZha*,HongQin,LearningRobustSimilarityMeasuresfor3DPartialShapeRetrieval,InternationalJournalofComputerVision(IJCV2010),Volume89Issue2-3,September2010.[CCFA类期刊，2013年6月发布的影响因子:3.623]
[4]YiLiu^,DaliHan^,YixingHan^,ZhengYan,BinXie,JingLi,NanQiao,HaiyangHu,PhilippKhaitovich,YuanGaoandJing-DongJ.Han*.AbinitioidentificationoftranscriptionstartsitesintheRhesusmacaquegenomebyhistonemodificationandRNA-Seq.NucleicAcidsResearch(NAR2011),Volume39,Issue4,2011.[2013年6月发布的影响因子:8.278]
[5]YiLiu^,NanQiao^,ShanshanZhu,MingSu,NaSun,JeromeBoyd-KirkupandJing-DongJ.Han*.AnovelBayesiannetworkinferencealgorithmforintegrativeanalysisofheterogeneousdeepsequencingdata.CellResearch,(2013)23:440–443;doi:10.1038/cr.2013.8(NaturePublishingGroup旗下期刊:www.nature.com/cr)[2013年6月发布的影响因子:10.526]
[6]JineLi^,YiLiu^,MinLiu,Jing-DongJackieHan*.FunctionalDissectionofRegulatoryModelsUsingGeneExpressionDataofDeletionMutants.PLoSGenetics.Sep,2013(^:共同第一作者，2013年6月发布的影响因子:8.517)
[7]WeiZhang^,YiLiu^,NaSun,DanWang,JeromeBoyd-Kirkup,XiaoyangDou,andJing-DongJackieHan*.IntegratingGenomic,Epigenomic,andTranscriptomicFeaturesRevealsModularSignaturesUnderlyingPoorPrognosisinOvarianCancer.CellReports.Aug,2013(^:共同第一作者，Cell子刊:http://www.cell.com/cell-reports)
[8]JialiangHuang,YiLiu,WeiZhang,HongYu,Jing-DongJ.Han*,eResponseNet:apackageprioritizingcandidatediseasegenesthroughcellularpathways,Bioinformatics,Volume27,Issue16,pp.2319-2320,2011.[2013年6月发布的影响因子:5.323]
[9]Jing-DongJ.Han*,YiLiu^,HuilingXue^,KaiXia^,HongYu^,ShanshanZhu^,ZhangChen,WeiZhang,ChunyuJin,BoXian,JingLi,LeiHou,YixingHan,ChaoqunNiu,TimothyC.Alcon.Developmentalsystemsbiologyflourishingonnewtechnologies.JournalofGeneticsandGenomics,35:577-584,2008.[2013年6月发布的影响因子:2.076]
[10]YiLiu*andJing-DongJ.Han*.ApplicationofBayesiannetworksonlarge-scalebiologicaldata.FrontiersinBiology,5(2):98-104,2010.
[11]YadongMu,ShuichengYan,YiLiu,ThomasS.Huang,BingfengZhou,DicriminativeLocalBinaryPatternsforHumanDetectioninPersonalAlbum,IEEEComputerSocietyConferenceonComputerVisionandPatternRecognition(CVPR),2008.[CCFA类会议]


获奖情况：
曾获北京大学石青云院士优秀论文奖


项目科研情况：
本人主持的科研项目：
“基于基因缺失突变数据的组合调控规律推断研究”，项目批准号:31371342，2014年1月-2017年12月，国家自然科学基金面上项目。
“基于相似性的图像特征逆向学习算法与应用”，项目批准号:61300072，2014年1月-2016年12月，国家自然科学基金青年项目。
“基于贝叶斯理论的系统生物学因果网络逆向工程研究”，2010年6月-2011年6月，中国科学院遗传与发育生物学研究所知识创新工程青年人才领域前沿项目。
“面向新一代深度测序技术的智能化因果推断算法研究”，(K12RC00090)，2012年10月-2013年10月，北京交通大学人才项目。
本人参与的科研项目：
“恶性肿瘤发生、发展的细胞表观遗传机制”，(2011CB504200)，2011年-至今，国家重点基础研究发展计划(973计划)，首席科学家为尚永丰院士，本人作为“B课题骨干”，参与第六子课题“恶性肿瘤发生发展及侵袭转移的分子调控网络”(2011CB504206)。
“恒河猴与人类大脑衰老过程中组蛋白修饰对基因表达调控网络的发现与比较”，(91019019)，2011年-至今，国家自然科学基金重大研究计划，项目负责人为韩敬东研究员。
“人脑衰老过程中表观遗传组和转录组全景分析”，(31210103916)，2013-至今，国家自然科学基金重大国际合作研究项目，项目负责人为韩敬东研究员。


授课情况：
2012年-2013年第二学期：
智能计算基础，32学时，2学分，本科限选。
生命科学概论，32学时，2学分，本科任选。
2013-2014第一学期：
模式识别，研究生


指导研究生情况：
协助于剑教授指导博士研究生2人，指导硕士研究生1人。


工作经历：
2009.7-2012.3
中国科学院遗传与发育生物学研究所助理研究员
2012.3-
中国科学院上海生命科学研究院中科院-德国马普学会计算生物学伙伴研究所副研究员
2013.6-
中国科学院遗传与发育生物学研究所客座研究人员


社会兼职情况：
SCI期刊FrontiersofComputerScience,青年AssociateEditor