摘要： 【目的】利用已获得的纳米孔长读段测序数据完善现有的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis参考基因组注释信息，并对未注释的新基因和新转录本进行鉴定和功能注释。【方法】基于已获得的纳米孔长读段测序数据，采用gffcompare软件将蜜蜂球囊菌全长转录本与参考基因组注释的转录本进行比较，进而对参考基因组注释基因的非翻译区(untranslated region, UTR)进行延长。利用TransDecoder软件对蜜蜂球囊菌基因的开放阅读框(open reading frame, ORF)及相应的氨基酸序列进行预测。通过MISA软件发掘长度在500 bp以上的全长转录本的SSR位点。通过Blast工具将鉴定到的新基因和新转录本比对Nr,KOG, eggNOG, Swiss-Prot, Pfam, GO和KEGG数据库进行功能注释。【结果】共对蜜蜂球囊菌的9 481个基因进行了UTR延长，其中5′UTR和3′UTR延长的基因分别有4 744和4 737个。共预测出10 492个完整ORF，其中编码长度分布在0~100和100~200个氨基酸的ORF最多，分别占ORF总数的38.96%和36.90%。共鉴定到5 286个SSR，其中单核苷酸重复、二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复的SSR分别为1 870, 826, 2 398, 138, 43和11个。共鉴定到1 558个新基因，其中有1556, 731, 330, 592, 1 177, 709和589个新基因可分别被注释到Nr, Swiss-Prot, Pfam, KOG,eggNOG, GO和KEGG数据库。此外，还鉴定到14 403条新转录本，其中有14 376, 8 524, 7 276, 7 405,12 035, 7 891和6 855条新转录本可分别被注释到上述7个数据库。【结论】本研究利用已获得的纳米孔长读段测序数据对蜜蜂球囊菌的完整ORF进行了预测，对参考基因组的已注释基因进行了UTR延长，对未注释的SSR位点进行了发掘，此外还鉴定到大量未注释的新基因和新转录本，并对它们进行了功能注释。研究结果较好地完善了现有的蜜蜂球囊菌的基因组注释，为其组学和分子生物学研究的深入开展提供了基础。
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基于蜜蜂球囊菌纳米孔测序数据的基因非翻译区延长、SSR位点发掘及未注释基因和转录本鉴定
本站小编 Free考研考试/2022-01-03
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