摘要： 【目的】窄足真蚋Simulium (Eusimulium) angustipes属嗜血蚋种，并传播禽类疾病。本研究旨在通过RNA-seq技术获得窄足真蚋的转录组数据，进而开发其微卫星标记，为窄足真蚋的种群遗传学研究提供可靠的分子标记。【方法】以采自陕西宝鸡和新疆阿勒泰地区的窄足真蚋幼虫为材料，构建转录组数据库。使用软件MISA (microsatellite identification tool)搜索窄足真蚋unigenes库中的所有SSR位点，并随机挑选SSR位点，利用软件Primer Premier 5.0和Oligo 6.7设计微卫星引物。经PCR扩增和电泳检测，用Cervus 3.0.7等生物信息学软件进行统计分析，筛选多态性微卫星引物。利用BlastX比对Nr和Swiss-Prot蛋白质数据库，对含多态性SSR位点的unigenes进行功能注释。【结果】共鉴定出29 471个SSRs。最丰富的重复基序是单核苷酸重复类型，占总SSR数的87.05%；其次是三核苷酸重复类型，占7.95%。共发现34种碱基重复基序，主要是A/T基序重复，占86.93%。15对微卫星引物均成功扩增出特异性产物，含12对具多态性的微卫星分子标记。比对结果显示，7个SSR位点来自注释基因序列。【结论】基于RNAseq二代测序技术可实现窄足真蚋SSR分子标记的高效率开发，对窄足真蚋的种群遗传学研究具有重要意义。
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基于RNA-seq数据的窄足真蚋SSR分子标记开发
本站小编 Free考研考试/2022-01-03
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