动物研究所在2005年被国家人事部授予“全国优秀博士后科研流动站”称号。

　　动物研究所在2003年全国一级学科生物学学科评估中整体水平排名第二。

1981年，国务院学位委员会批准动物研究所为我国首批具有博士、硕士学位授予权单位；1987年获准开展具有研究生毕业同等学力的在职人员理学硕士学位、博士学位资格授予工作；1988年经全国博士后管委会批准建立博士后科研流动站；1994年获准为博士生导师自行评定单位；1997年后连续两次被评为中国科学院博士生重点培养基地；1998年被国务院学位委员会批准为一级学科（生物学）博士、硕士学位授予权单位；2000年再次被批准为中国科学院博士生重点培养基地。
动物研究所不仅是我国动物学研究领域重要的科学研究基地，也是培养高层次研究人才的重要基地。研究所自招生以来，始终把人才培养作为一项基本任务。多年来，始终坚持出成果、出人才并重的宗旨。从研究所自身的学科发展特点和社会发展的需求出发，实行教育与科研相结合的培养模式，在研究生教育与培养方面，进行了许多有益的尝试，制定了一系列切实可行的具体措施，为国家培养了一批又一批既有坚实而丰厚的理论基础，又具有很强的科研动手能力和创新意识的高层次人才。动物研究所研究生教育经过不断发展与巩固，目前，无论从规模和结构，还是从质量和水平均已经取得了长足的发展。
（一）2003年，动物研究所研究生培养质量，在全国一级学科（生物学）整体水平评估位居第二。
（二） 2005年，动物研究所在全国生物学科博士后流动站的评估中成绩突出，名列前茅，首次获得人事部、全国博士后管委会授予的“全国优秀博士后流动站”称号。动物研究所在全国一级学科（生物学）博士后科研流动站整体评估水平评估位居第二。
（三）动物研究所自主组织开设“研究生思想政治课程暨研究生综合素质教育系列讲座”，已经连续10年。每年度特别聘请国内外著名专家学者，莅临研究所讲授心理、伦理道德、人文历史、军事、政治经济、艺术等领域的热点问题，着力将理论与实际，爱国教育与个人修养融为一体。旨在通过讲座，激发全体研究生的忧患意识和爱国热情，引导学生树立正确的世界观、人生观和价值观。每年从研究生课后政治作业中精选89篇优秀论文，汇编《博士学子的社会思考》论文集。体现了他们政治上的敏锐性和对国家及民族的使命感和责任感。
（四）2005年动物研究所博士研究生李文东作为第一作者，动物研究所为第一完成单位，在《科学》杂志发表一篇关于SARS研究的文章并于2006年度获得了中国科学院院长特别奖。2006年（郑艳华博士）、2007年（李文东博士），共获得两篇中科院优博论文。
（五）2006年，动物研究所与河南济源白云实业有限公司联合共建的企业博士后科研工作站获得国家人事部批准。