作为地理学的二级学科，研究领域是区域发展与资源经济研究，中国科学院地理科学与资源研究所主要从以下五个方向进行研究：

人地系统机理与调控：以人－地地域系统为研究对象，揭示社会经济发展与自然环境的耦合规律。重点研究产业空间结构分异的生成机制与演化规律，空间相互作用“流”的成因、特征及其变化势态；区域PRED协调发展模拟与调控，以及关键产业部门合理空间组织的政策设计与效果模拟。

区域发展与国情分析：主要研究全国及区域的持续发展态势及宏观战略，探讨区域持续发展能力、水平、前景的空间差异及其形成的内在机制与变化趋势，提出完善我国区域经济系统的政策性建议；并紧密结合我国区域发展中的热点地区和热点问题，瞄准国家重大需求，综合分析国情，从综合角度对区域持续发展进行实证研究。

城市与乡村发展：以城市和乡村两种地域类型的可持续发展问题及其相互关系为研究核心，重点研究我国不同类型区域城市化发展机制、空间集聚与扩散过程,以及由此形成的区域居民点体系；我国未来城市化战略、城市边缘区综合治理和城市社会经济的协调发展；区域农业综合示范、规划与乡镇发展规划。

资源经济与资源安全：以资源开发利用和保护中的经济问题以及经济增长的资源保障问题为主线，注重研究资源稀缺、资源核算、资源贸易、资源产权及资源政策等问题；研究经济全球化及环境一体化下的国家资源安全及其保障问题，特别研究资源安全指标体系与资源安全预警系统的构建，国家资源安全态势与策略，世界资源及中国利用世界资源的可能性与对策等。

旅游资源评价与旅游规划：重点研究旅游开发规划中面临的旅游资源分类与标准化、旅游资源评价体系与评价方法、旅游资源环境可持续利用背景值和模式、生态旅游理论、旅游信息标准化和旅游信息管理技术等一系列基础问题；同时开展区域旅游资源普查与评价、 区域旅游资源管理信息系统开发、旅游建设项目的生态与景观环境影响的评估、重点旅游区旅游资源信息系统开发研究、旅游资源环境动态监测评估系统研究、区域可持续发展目标下的区域旅游业发展战略、不同类型旅游资源和旅游区开发总体规划与设计以及专题旅游规划与设计等应用性研究。